Mens landbruget var grundlaget for mayaernes civilisation, var handel lige så vigtig. I den tidlige præklassiske periode var mayaer, der boede i små landsbyer, nogenlunde selvforsynende. Men da mayaerne begyndte at bygge deres store byer, var det kun handel, der kunne skaffe dem de vigtige varer, de havde brug for, som f.eks. salt og obsidian.
Maya-købmænd handlede med to slags varer, nemlig varer til subsistens og luksusvarer. Subsistensvarer var ting, der blev brugt hver dag som f.eks. salt, der især var nødvendigt i et varmt klima, fødevarer, tøj og værktøj. Luksusvarer var de ting, som kongelige og adelige brugte til at vise deres rigdom og magt frem. De omfattede jade, guld, smuk keramik, smykker og fjerarbejder.
Store byer med store befolkninger krævede fødevarer, der blev bragt ind på markederne. De fleste fødevarer blev dyrket af landmænd, der boede uden for byen. Men det, der ikke blev dyrket i nærheden, måtte bringes ind via handel eller tribut. De fleste fødevarer blev handlet regionalt eller på lokale markeder. Luksusvarer var derimod oftest involveret i langdistancehandel. Kulturelle værdier og idéer ville også være rejst sammen med købmændene, hvilket er den måde, hvorpå de forskellige kulturer i Mesoamerika påvirkede hinanden.
Livsvarer, der blev bragt til markedet, omfattede kalkuner, ænder, hunde, fisk, honning, bønner og frugt. Kakaobønner blev brugt som valuta, men også til at fremstille chokolade, en drik, der primært blev nydt af de velhavende. Købmænd handlede med kakaobønner i hele Mesoamerika, ikke kun i mayaernes land, men også til olmekerne, zapotekerne, aztekerne og andre steder. Handlende handlede også med råmaterialer, herunder jade, kobber, guld, granit, marmor, kalksten og træ. Blandt de fremstillede varer var tekstiler, især broderet stof, tøj, fjerkapper og hovedbeklædninger, papir, møbler, smykker, legetøj og våben. Specialister som arkitekter, matematikere, skribenter og ingeniører solgte også deres tjenester på markedet.
I den præklassiske periode dannede købmændene og de håndværkere, der fremstillede varer til luksusmarkedet, en ny middelklasse, hvor der førhen kun havde været adelige og almindelige borgere. Efterhånden som handelen blev vigtigere, voksede også købmændenes magt, som lettede denne handel. Langdistancehandlere bragte deres varer ad de etablerede handelsruter, der dækkede Mexico mod nord hele vejen gennem Mellemamerika og endog ned til Sydamerika og Cuba og andre caribiske øer. Da der ikke fandtes trækdyr som heste eller okser og ingen køretøjer med hjul, rejste alle langdistancehandlerne til fods eller i båd. Hyrede bærere bar varerne i en stor kurv på ryggen, hvilket blev lettere ved, at en del af vægten blev båret af et pandebånd kaldet mecapal.
Nogle Maya bystater blev kommercielle knudepunkter langs vigtige handelsruter. Tikal var f.eks. ikke rig på naturressourcer, men blev rig gennem sin evne til at lette handelen med resten af Guatemalas maya byer. Tikal, Copan og Cancuen udviklede alle deres økonomier ved at fungere som vigtige handelsknudepunkter.
Suden handelsruten på landjorden fandt der også en vigtig søhandel sted. Tainoerne fra den caribiske ø Cuba og Quechuaerne fra Sydamerika handlede med mayaerne om kakaobønner. Store handelskanoer, der kunne rumme op til 20 personer samt en betydelig mængde handelsvarer, sejlede op og ned langs kysterne.