Madagaskar blev først beboet af mennesker for ca. 2000 år siden. Madagaskars bosættere var enten indonesere eller mennesker af blandet indonesisk/afrikansk afstamning. Arabiske handelsmænd kom til omkring 800-900 e.Kr., da købmænd begyndte at handle langs den nordlige kyst.
Den første kendte europæer, der så Madagaskar, var en portugisisk søkaptajn, Diogo Dias, som opdagede øen den 10. august 1500, efter at han var blevet blæst ud af kurs på vej til Indien. Han kaldte øen St. Lawrence. Senere i 1500-tallet forsøgte portugisere, franskmænd, hollændere og englændere alle at etablere handelsbyer på Madagaskar. Alle disse forsøg mislykkedes på grund af fjendtlige forhold og voldsomme kampe fra lokale madagaskiske krigere.
Europæerne fik først fodfæste på Madagaskar i slutningen af 1600-tallet, da pirater herskede på øens østkyst. Disse pirater brugte Madagaskar som base til at angribe skibe, der bragte varer tilbage til Europa fra Indien. I 1700-tallet forsøgte franskmændene at etablere militære stillinger på østkysten, men det mislykkedes igen. I begyndelsen af det 19. århundrede var den eneste bosættelse, som franskmændene kunne gøre krav på, øen Sainte Marie.
I mellemtiden, i løbet af 1700-tallet, etablerede Sakalavas på vestkysten det første kongedømme på Madagaskar. I 1810 etablerede deres rivaler, Merina, et kongerige over det meste af resten af øen. Deres konge, Radama I, etablerede forbindelser med briterne og åbnede landet for engelske missionærer, som spredte kristendommen over hele øen og omskrev malagasy til et skriftsprog. Under Radamas regeringstid blev øen industrialiseret i en miniature af en industriel revolution. Efter Radamas død blev han efterfulgt af sin enke, Ranavalona I, som terroriserede landet i 33 år ved at forfølge kristne, fordrive udlændinge, henrette politiske rivaler og genoplive skikken med at dræbe babyer, der blev født på uheldige dage. Efter hendes død blev forbindelserne med Europa genoprettet.
I 1883 invaderede Frankrig Madagaskar og havde i 1896 etableret herredømmet over øen, som blev en fransk koloni. Frankrig brugte Madagaskar som kilde til tømmer og eksotiske krydderier, som f.eks. vanilje. Madagaskerne havde to store opstande mod franskmændene i 1918 og 1947, men landet blev først uafhængigt den 26. juni 1960.
I 1975 overtog Didier Ratsiraka kontrollen over landet. Han regerede Madagaskar som diktator, indtil han blev væltet i 1991 i forbindelse med et økonomisk sammenbrud. Han genvandt præsidentposten kort tid efter og regerede, indtil han tabte et omstridt valg i 2001. Den nye præsident, Marc Ravalomanana, lovede at indføre demokrati i landet. Ravalomanana, der startede med at sælge yoghurt på gaden bag på sin cykel, opbyggede et forretningsimperium og blev Madagaskars rigeste mand. I 2005 var han stadig præsident, og økonomien er fortsat i fremgang.
