I de seneste år er adskillige LGBT-personer blevet myrdet, og nogle giver politikere og det religiøse samfund skylden for disse handlinger.
Det lemlæstede lig af den 19-årige universitetsstuderende Jorge Steven López Mercado blev fundet den 14. november 2009 i Cayey, en by beliggende i øens indre område. López var bredt kendt som frivillig i organisationer, der gik ind for homoseksuelles rettigheder og forebyggelse af hiv, og aktivister planlagde mindehøjtideligheder for ham i byer som San Juan, Chicago og New York. Ifølge det lokale politi er det under efterforskning som en mulig hadforbrydelse i henhold til den nyligt godkendte amerikanske forbundslov om hadforbrydelser, som omfatter forbrydelser mod personer, der er (eller opfattes som) homoseksuelle eller transseksuelle personer. Juan A. Martinez Matos blev anholdt et par dage efter, at López Mercados lig blev fundet. Den 12. maj 2010 erklærede Martinez Matos sig skyldig og blev idømt 99 års fængsel for mordet på López Mercado.
Den 19. april 2010 blev liget af Ashley Santiago, en transkønnet kvinde, der boede i byen Corozal, fundet i køkkenet i hendes hjem. Santiago, der var stylist i en lokal salon, blev fundet nøgen på gulvet og blev stukket 14 gange med kniv af en ukendt gerningsmand.
Den 13. september 2010 blev ligene af Justo Luis “Michelle” Gonzalez og Miguel Orlando “La Flaca” Soto, to transseksuelle, fundet myrdet langs en vej i den lille by Juana Diaz. Med disse to dødsfald har LGBT-aktivister på øen oplyst, at ni homoseksuelle og transseksuelle personer er blevet dræbt i løbet af de sidste 10 måneder på øen, og at de lokale myndigheder ikke har reageret tilstrækkeligt på disse forbrydelser. I oktober 2012 blev Malena Suarez, en transkønnet kvinde, der bor i Carolina, fundet død i sit hjem som følge af flere knivstikkerier. Hendes død markerede det 30. anti-LGBT-mord i Puerto Rico i løbet af et årti.