Musikvideoen til Judith er instrueret af David Fincher, instruktøren bag Fight Club, Se7en og musikvideoer til Aerosmith, Madonna og The Wallflowers. Videoen består af bandet, der optræder i et stort, tomt studie med mange af Finchers karakteristiske filmiske tricks anvendt: mørk, røgfyldt belysning, sløring af ansigter, omfattende filmskrabning og billedmanipulation. Alle medlemmer er vist ved at spille deres instrumenter i videoen. I slutningen af det første omkvæd og i begyndelsen af andet vers, hvor bassen falder ud til fordel for en sektion med kun trommer og leadguitar, ses bassist Paz Lenchantin sætte sit hår op i en knold. Hun kunne dog ikke gøre det hurtigt nok i realtid under optagelserne, og derfor blev sektionen sat en smule op i fart til den filmede handling, så den passede til pladsen i sangen. I et interview med Sook-Yin Lee, en tidligere MuchMusic VJ, afslørede Howerdel, at bandet oprindeligt havde til hensigt at videoen skulle have en historie, men at de på grund af tidspres ikke var i stand til at gøre det.