Der findes i øjeblikket fire overlevende eksemplarer af Johannes’ hemmelige åbenbaring. De er stort set ens i deres grundlæggende struktur og indhold. En bemærkelsesværdig forskel mellem kodekserne er deres individuelle længde. Berlin Codex og Nag Hammadi Codex III er kortere end Nag Hammadi Codex I og II. Et andet afvigende punkt mellem kodekserne er skildringen af Frelseren/Christusfiguren. Berlin-kodexet anvender generelt oftere udtrykket “Kristus”, mens Nag Hammadi Codex III-fortællingen ofte erstatter udtrykket “Herre” eller “Frelser”. Nag Hammadi Codex III afslutter dog sin tekst med bønnen “Jesus Kristus, Amen”. En yderligere forskel med hensyn til den kristne indramning af teksterne er, at Nag Hammadi Codex III går mere i detaljer om Kristus/frelser-figurens nedstigning i Demiurgens fængselsverden og hans rolle i forbindelse med at fremme menneskehedens genopvågning og befrielse. Disse forskelle kan repræsentere en vis grad af variation i den måde, hvorpå den gnostiske kosmologi blev vævet ind i en kristen kontekst.
Nedenstående resumé af apokryfen stammer fra Wisses oversættelse.
Teksten begynder med, at Johannes beskriver sin egen tilstand af sorg og forvirring efter Kristi korsfæstelse. Frelseren dukker derefter op, antager forskellige former og giver efter at have fordrevet Johannes’ frygt følgende kosmologiske fortælling.
Det højeste guddommelige princip er Monaden. Monaden beskrives som et “monarki med intet over sig”. Han er suveræn, absolut, evig, uendelig, fuldkommen, hellig og selvtilstrækkelig. Men hans transcendente ubeskrivelighed understreges også. Han er hverken kvantificerbar eller kan hans kvaliteter nogensinde virkelig beskrives. Monaden eksisterer i ufattelig fuldkommenhed.
Monaden frembringer fra sin tanke en feminin guddommelig entitet eller et feminint guddommeligt princip ved navn Barbelo. Hun beskrives som “den første tanke” og “billedet” af Monaden. Mens Barbelo altid omtales som en “hun”, beskrives hun også som både den oprindelige mor og den oprindelige far. Hun betragtes også som “den første mand” og beskrives i forskellige androgyne termer. Hun er den første af en klasse af væsener, der kaldes æonerne, og en udveksling mellem hende og monaden bringer de andre æoner til verden. Desuden er lysets og sindets egenskaber født af monadens refleksion over Barbelo. Lys er synonymt med Kristus, også kaldet “Kristus Autogenes”. Lyset og Sindet engagerer sig i yderligere skabende aktivitet, der hjælpes af og forherliger Barbelos og Monadens overlegne principper. Sammen frembringer de yderligere Æoner og kræfter.
Eventuelt forstyrrer en af Æonerne, Sophia “af Epinoia”, harmonien i disse processer ved at engagere sig i skabende aktivitet uden deltagelse eller samtykke fra Monadens Ånd og uden hjælp fra en mandlig ledsager. Hendes tankers skabende kraft frembringer et væsen ved navn Yaltabaoth, som er det første af en række ufuldstændige, dæmoniske væsener kaldet Archonerne. Yaltabaoth, hvis karakter er ondskabsfuld og arrogant, har også en grotesk form. Hans hoved er som en løve, mens han har en slangeformet krop. Sophia, der erkender sit afkoms deforme og ufuldkomne natur, forsøger at skjule det et sted, hvor de andre Æoner ikke vil opdage det. Handlingen med at skjule Yaltabaoth har også det resultat, at Yaltabaoth selv forbliver uvidende om den øvre verden og de andre Æoner.
Trods det faktum, at Yaltabaoth kun besidder en enkelt forælder og blev skabt uden samtykke fra Monadens Ånd, er han kraftfuld nok til at efterligne de højere Æoners skabelsesprocesser. Han skaber et helt væld af andre Archons, som hver især deler hans egen grundlæggende mangelfulde karakter, og skaber en verden, som de kan bebo. Denne verden er grundlæggende underlegen i forhold til den øverste verden. Den er skabt af mørke, men animeret af lys, der er stjålet fra Sophia. Resultatet er en verden, der hverken er “lys eller mørk”, men som i stedet er “dyster”. I sin arrogance og uvidenhed erklærer Yaltabaoth sig selv for den eneste og jaloux Gud i dette rige.
I erkendelse af Yaltabaoths og hans forfalskede verdens ufuldkommenhed angrer Sophia. I tilgivelse for sin fejltagelse hjælper Monadens Ånd de andre Æoner og magter i et forsøg på at forløse Sophia og hendes uægte skabelse. Under denne proces hører Yaltabaoth og hans arkoner Monadens ånds stemme. Selv om de bliver skræmt af stemmen, efterlader dens ekko et spor af et billede af ånden på “vandet”, der udgør taget på deres rige. I håb om at udnytte denne kraft til sig selv forsøger de at skabe en kopi af dette billede. Slutresultatet af denne proces er det første menneske, Adam.
I erkendelse af en mulighed for at genfinde lyset, der er indespærret i mørket i Yaltabaoth og hans verden, udtænker Sophia og agenter af den højere orden, der på forskellig vis omtales som “plenoria” eller “Epinoia” og senere som “pleroma”, en plan. De narrer Yaltabaoth til at blæse sin egen åndelige essens ind i Adam. Dette besjæler samtidig Adam og tømmer Yaltabaoth for den del af hans væsen, der stammer fra Sophia.
Idet de ser den nu levende Adams lysstyrke, intelligens og generelle overlegenhed, fortryder Yaltabaoth og arkonerne deres skabelse og gør deres bedste for at fængsle eller skaffe sig af med ham. Da det ikke lykkes dem, forsøger de derefter at neutralisere ham ved at placere ham i Edens Have. I denne fortælling er Edens Have et falsk paradis, hvor frugten af træerne er synd, begær, uvidenhed, indespærring og død. Mens de giver Adam adgang til livets træ, skjuler de træet til kundskab om godt og ondt. Ifølge denne fortælling repræsenterer kundskabens træ i virkeligheden indtrængningen af de positive kræfter fra den højere verden og Epinoia i Jaltabaoths rige.
På dette tidspunkt i fortællingen afslører Kristus over for Johannes, at det var ham, der fik Adam til at spise frugten fra kundskabens træ. Desuden afsløres det, at Eva er en hjælper, der er sendt af agenter af den højere orden for at hjælpe med at frigøre lyset, der er fængslet i Yaltabaoths skabelse og i Adam. Hun bliver skabt, da Yaltabaoth forsøger at trække lyset ud af Adam. Dette resulterer i skabelsen af det kvindelige legeme. Da Adam opfatter hende, ser han et spejlbillede af sin egen essens og bliver befriet fra Yaltabaoths fortryllende magt.
Derpå beskriver fortællingen Yaltabaoths forsøg på at genvinde kontrollen over lysets essens. Hans primære plan er at igangsætte den menneskelige reproduktionsaktivitet, hvorved han håber at skabe nye menneskekroppe beboet af en forfalsket ånd. Denne falske ånd gør det muligt for Yaltabaoth og hans agenter at bedrage den menneskelige race og holde dem i uvidenhed om deres sande natur, og den er det primære middel, hvormed Yaltabaoth holder menneskeheden i undertrykkelse. Den er kilden til al jordisk ondskab og forvirring og får folk til at dø “uden at have fundet sandheden og uden at kende sandhedens Gud”.
Efter denne åbenbaring tager fortællingen derefter form af en række spørgsmål og svar mellem Johannes og Frelseren. Disse omhandler en række emner, men er i høj grad af soteriologisk karakter. Johannes spørger Kristus, hvem der er berettiget til frelse, og Kristus svarer med det svar, at de, der kommer i kontakt med den sande ånd, vil modtage frelse, mens de, der er domineret af den falske ånd, vil modtage fordømmelse. Kristus afslører også sin egen rolle som en befriende agent fra det højere rige i denne sammenhæng. Kristus, der beskriver sig selv som “Pronoia’s ihukommelse” og “Pleroma’s ihukommelse”, bringer lys ind i mørket i Jaltabaoths fængsel. Her vækker han fangerne til vågenhed og erindring. De, der modtager og vækkes af Kristi åbenbaring, bliver rejst op og “forseglet … i vandets lys med fem segl”. De bliver således skånet fra død og fordømmelse. Dette aspekt af Kristi rolle er uddybet mere udførligt i Nag Hammadi Codex III, mens det er udeladt i Berlin Codex.
Dermed slutter Kristi budskab. Endelig fastslår frelseren, at enhver, der deler disse åbenbaringer med henblik på personlig vinding, vil blive forbandet. Nag Hammadi Codex III-versionen af teksten slutter med bønnen: “Jesus Kristus, Amen”.