Efter apartheidens ophør i 1994 søgte sydafrikanske virksomheder efter fagfolk til at indvandre, og et stort antal nigerianere gjorde det. Det anslås, at der boede 24.000 nigerianere i Sydafrika i 2011.
Meget af Sydafrikas gode vilje over for nigerianerne for at have støttet ANC under apartheid er forsvundet på grund af nigeriansk organiseret kriminalitets aktiviteter i landet. Nigerianske organiserede kriminelle grupper, der hovedsagelig er involveret i ulovlig narkotikahandel, i Sydafrika voksede hurtigt mellem 1994 og 1998.
Den stigende konkurrence mellem de to lande om stillinger i multilaterale organisationer menes også at have forværret forholdet. Nigeria handlede imod Sydafrika for at erstatte den siddende Jean Ping, som Nigeria støtter, med den sydafrikanske indenrigsminister Nkosazana Dlamini-Zuma til den magtfulde post som formand for Den Afrikanske Unions Kommission. Forbindelserne blev yderligere forværret, da Sydafrika støttede den siddende præsident Laurent Gbagbo i kampen om magten i Côte d’Ivoire i 2011. Efter at Dlamini-Zuma vandt valget, erklærede Nigerias udenrigsminister, ambassadør Olugbenga Ashiru, at selv om Nigeria støttede Ping til posten som AU-formand i “en holdning, der var principiel sammen med vores ECOWAS-medlemmer, og vi stod ved den. Men som sædvanlig kan folk insinuere, at når Nigeria ikke var med i Sydafrikas lejr, betyder det, at Nigeria er imod Sydafrika. Vi er ikke imod Sydafrika”.
MenneskerettighedskritikRediger
Den Mandela-ledede ANC havde siden 1993 forsøgt at hjælpe med at løse den politiske krise i Nigeria efter aflysningen af det nigerianske valg i juni 1993. I juni 1994 arresterede Nigerias militærhersker, general Sani Abacha, 40 politiske modstandere, herunder Nigerias tidligere statsoverhoved Olusegun Obasanjo samt høvding Moshood Abiola, og dømte dem til henrettelse. Mandela sendte ærkebiskop Desmond Tutu og den daværende vicepræsident Thabo Mbeki på flere missioner til Nigeria for at lobbye for at få Obasanjo, Abiola og ni andre løsladt.
Lige indtil Commonwealth-topmødet i 1995 blev Mandela vildledt af Abacha til at tro, at der ville blive udsat for henrettelse. Et af Sydafrikas første eksperimenter med stille diplomati mislykkedes imidlertid, da Abacha i november 1995 gik videre med henrettelsen af de ni Ogoni-ledere, herunder Ken Saro-Wiwa. Hvorefter den sydafrikanske præsident Mandela derefter offentligt kritiserede general Abacha for menneskerettighedskrænkelser og personligt pressede på for en toårig suspension af Nigerias medlemskab af Commonwealth of Nations:177 Mandela kritiserede også Royal Dutch Shell for at gå videre med et gasprojekt i Nigeria til en værdi af 4 mia. dollar på trods af dets upopularitet i Nigeria og resten af verden.
Dette førte til, at Sydafrika blev isoleret i Afrika under beskyldninger om, at det var:
“manipuleret” til at indtage en anti-nigeriansk holdning af “den britiske og amerikanske imperialismes kræfter”.
I løbet af en måned begyndte Sydafrika at gå tilbage i et forsøg på at lappe sit forhold til andre afrikanske nationer; og i et forsøg på at genvinde sin regionale prestige blandt andre afrikanske regeringer på bekostning af sin internationale prestige. Den 29. marts 1995 forsøgte Wole Soyinka, leder af en nigeriansk demokratisk bevægelse i eksil, at afholde en konference i Sydafrika. Den sydafrikanske regering reagerede ved at nægte at udstede visa til nigerianske demokrater i seks uger forud for konferencen. Sydafrikas regerende politiske parti, ANC, opfordrede til, at konferencen blev aflyst.
Den nigerianske debakle tvang Sydafrika til en ny udenrigspolitisk tilgang. Det fik landet til at opgive en politik, der gik ud på at gøre det alene, og overgå til en politik, der søgte at opbygge partnerskaber med andre afrikanske stater gennem regionale og kontinentale organer. Det fik også Sydafrika til at være tilbageholdende med at indgå i en konfrontation med andre afrikanske stater:178
Visumrestriktioner og udvisningerRediger
Relationerne mellem de to lande blev skadet i 2012, da 125 nigerianske rejsende til Sydafrika blev udvist, fordi de ikke havde gyldige certifikater for gul feber. Som gengældelse udviste Nigeria 56 sydafrikanske forretningsfolk. Dette fik de to lande til at indlede drøftelser om lempelse af rejse- og visumrestriktioner mellem de to lande som et middel til at styrke de bilaterale forbindelser og handel.