I 1995 blev FACTNet omtalt i nyhederne på grund af en retssag om beslaglæggelse af FACTNet-servere og filer af Religious Technology Center (RTC), en underorganisation af Scientology Kirken, der er oprettet for at overvåge beskyttelsen af dens varemærker og ophavsrettigheder. I august 1995 gik RTC’s advokater til en dommer i Denver og påstod, at FACTNet, som er en højlydt kritiker af organisationens praksis, havde krænket ophavsretten og brugt Scientology-dokumenter ulovligt. Den 21. august 1995 blev der foretaget en razzia i to direktørers hjem af to U.S. Marshals og seks repræsentanter for RTC, og den egentlige søgning efter belastende dokumenter blev foretaget af RTC alene. Vidner til ransagningerne vidnede om, at marshallerne tillod RTC-repræsentanterne at gå langt ud over ordreens omfang i deres søgen efter oplysninger. Marshalls undlod også at visitere repræsentanterne før eller efter ransagningen, hvilket gjorde det muligt for dem at tage diske og andre dokumenter med kritiske oplysninger med sig. FACTNet beskyldte straks Scientology Kirken for at forsøge at lukke munden på dem ved at stjæle og forurene oplysninger, der er afgørende for deres fortsatte angreb og retssager mod kirken. Razziaerne fremkaldte debat både på internettet og i universitetsmiljøet, hvor demonstranter fra universitetet i Denver, Colorado, holdt skilte med følgende tekst: “Fingrene væk fra internettet” og “Scientology chikanerer kritikere”, mens moddemonstranterne ved Boulder County Courthouse bar skilte som f.eks: “
FACTNet anlagde sag, og den 14. september 1995 erklærede en føderal dommer beslaglæggelsen ulovlig, fordi den krænkede FACTNets ret til ytringsfrihed på internettet, og beordrede RTC til at tilbagelevere alle computere og filer, der blev beslaglagt. I sin afgørelse i United States District Court udtalte dommer John Kane følgende: “Den offentlige interesse er bedst tjent med fri udveksling af idéer.” Ikke desto mindre hævder FACTNet, at det har lidt uoprettelig skade, da RTC havde krænket hemmeligholdelsen af dets dokumenter. En advokat for Electronic Frontier Foundation godkendte dommerens afgørelse i sagen, idet han udtalte “De har bestemt ikke ret til at beslaglægge alt og fiske rundt. Der synes at være denne tanke, at ting, der ligger på en computer, ikke er omfattet af den samme beskyttelse. Jeg tror, at loven er ved at indhente os.” Helena K. Kobrin, en af Scientology-kirkens advokater med firmaet Moxon & Kobrin, forsvarede beslaglæggelserne af computerne og sagde efter dommerens afgørelse: “Beslutningen i går var en meget trist dag for ejere af intellektuel ejendomsret og en meget trist dag for internettet.”
I en række sager har Scientology (gennem datterselskabet Bridge Publications) sagsøgt FACTNet for påståede krænkelser af ophavsretten. I 1998 afviste den føderale dommer John Kane Scientologys anmodning om en summarisk dom, fordi FACTNet anfægtede Scientologys ejendomsret til ophavsretten til dokumenterne. Der blev senere indgået et forlig i 1999, hvis vilkår var, at hvis FACTNet nogensinde bliver fundet skyldig i krænkelser af kirkens ophavsrettigheder, bliver de permanent påbudt at betale kirken 1 million dollars.
FACTNet har holdt en relativt lav nyhedsprofil siden 1999 og er lejlighedsvis blevet citeret for at udtale sig om emner, som de anser for vigtige. Filmen Battlefield Earth fra 2000 med John Travolta i hovedrollen vakte kontroverser, fordi den var baseret på en bog af L. R. Hubbard, grundlæggeren af Scientology Kirken, og Travolta var en kendt scientolog. The Guardian rapporterede om FACTnets påstande om, at filmen var et stykke proselytisme for Scientology, og bemærkede: “FACTnet antydede, at subliminale budskaber var blevet snedigt indsat af scientologer for at vinde nye konvertitter til at slutte sig til kirken.” Producenterne af filmen hævdede, at den ikke havde noget med Scientology-kirken at gøre, men The New York Times rapporterede om FACTnets påstande, at: “…filmen er hemmeligt finansieret af Scientology, og at Scientology planlægger en rekrutteringsindsats, der skal falde sammen med filmens udgivelse.” Sociologiprofessor James Richardson var ikke enig i FACTnet’s påstande og udtalte: “Jeg tvivler alvorligt på, at nogen vil gå ud og blive medlem af Scientology, bare fordi de ser denne film.” I 2002, efter at Lawrence Wollersheim vandt en dom på 8,7 millioner dollars mod Scientology Kirken, lagde FACTnet en udtalelse fra ham ud på hjemmesiden med følgende citat: “Den kult, der svor, at den aldrig ville betale mig en eneste krone, har nu betalt over 86 millioner krone.” FACTNet udtalte sig til støtte for et afsnit af tv-serien South Park og udnævnte deres medarbejdere til “Årets FACTNet-person(er) i 2005” for det satiriske afsnit om Scientology, “Trapped in the Closet”. I 2006 blev FACTnet-direktør Wollersheim konsulteret i forbindelse med 48 Hours-reportagen om scientologen Elli Perkins’ død, “Scientology – A Question of Faith” (Scientologi – et spørgsmål om tro). Wollersheim blev citeret i indslaget og udtalte følgende: “Scientology. De er det værste eksempel på tankekontrol i et religiøst miljø, der nogensinde har eksisteret”. I programmet blev det også bemærket, at Scientology Kirken karakteriserer ham som en “løgner og svindler” og hævder, at de fleste af dens medlemmer lever et lykkeligt og tilfredsstillende liv.