Eleanor & Park foregår i Omaha, Nebraska, i løbet af skoleåret fra efteråret 1986 til sommeren 1987. Bogen er i tredje person, og fortællingen veksler mellem Eleanors perspektiv og Parks perspektiv. Eleanor Douglas er en 10. klasse, som netop er flyttet til en ny high school. Eleanor skiller sig ud fra resten af eleverne ved sit udseende, da hun er “stor og akavet”, har krøllet rødt hår og går i herretøj med usædvanligt tilbehør. Ingen vil give plads til hende i bussen, men Park lader hende til sidst sidde ved siden af ham. Eleanor er ekstremt klog og skarp, og hun udmærker sig især i engelskundervisningen. Hendes hjemmeliv er imidlertid dybt uroligt. Eleanor, hendes mor, hendes voldelige og alkoholiserede stedfar Richie og hendes fire yngre søskende lever i fattigdom. Alle børnene skal dele et soveværelse, og de har ikke råd til en telefon. Eleanor er netop vendt tilbage til sit hus, efter at den onde Richie har smidt hende ud i et år. Richie terroriserer hele familien. Eleanors mor vil gerne være fredsmægler og lade som om, at alt er i orden, selv om Richie er voldelig og voldelig. Eleanor føler sig ikke tryg derhjemme.
Den anden elev i 10. klasse Park Sheridan føler sig også som en outsider, selv om de andre børn i modsætning til Eleanor ikke rigtig driller ham. Selv om han har boet i Omaha hele sit liv, føler han ikke nogen dyb forbindelse til de andre elever på skolen. Han er asiatisk amerikaner, hvilket er meget sjældent i Omaha, og han kan lide musik og tegneserier. Parks hjemmeliv er meget mere indbydende end Eleanors, da hans forældre har et kærligt forhold, og de har en behagelig livsstil. Park oplever dog spændinger derhjemme, da hans far ønsker, at han skal være mere maskulin, og Park føler altid, at han svigter ham
Når Eleanor sætter sig i bussen ved siden af Park, er de begge mutte og forbitrede over situationen, især fordi de begge kender den uudtalte sociale kodeks, at når man først har valgt sin plads i bussen, er man låst fast på den for hele året. Snart ændrer dette sig dog radikalt. Eleanor og Park begynder langsomt at skabe en forbindelse i løbet af deres busture. De opbygger først deres forhold i stilhed ved at lytte til musik og læse tegneserier sammen. Efterhånden vokser deres forhold, de begynder at tale sammen, og busturene bliver de bedste dele af deres dage. Da de endelig holder hinanden i hånden, slår det gnister. Park og Eleanor bliver forelsket i hinanden. Park fortæller Eleanor, at han elsker hende, og Eleanor udtrykker sin hengivenhed på mange måder, men hun siger aldrig, at hun elsker ham tilbage.
Men selv om Eleanor og Parks forhold blomstrer, går det ikke lige så godt i andre dele af deres liv. Eleanor bliver mobbet i skolen, især i gymnastiksalens omklædningsrum, hvor de andre piger dækker hendes skab med hygiejnebind og skyller hendes tøj ud i toilettet. Park tæsker Steve, en mobber, for at føre hån mod Eleanor. Eleanors hjemmeliv bliver også værre og værre. Da Eleanor en aften hører skud, ringer hun til politiet, hvilket gør Richie mere vred end nogensinde.
Park og Eleanor udviser begge en vis spændvidde i deres kønsudtryk. Eleanor kan lide at gå med mænds slips og skjorter. Parks mor har i begyndelsen svært ved at acceptere Eleanor, fordi Eleanor er ligeglad med de traditionelt feminine skønhedsstandarder. Men da Parks mor indser de prøvelser, som Eleanor har været igennem, kan hun relatere til hende, og hun kan se, at Eleanor er god for Park. Park opdager, at han nyder at gå med eyeliner, hvilket gør hans far rasende, da hans far ønsker, at han skal være mere traditionelt maskulin. Men da Park forsvarer Eleanor og kommer til sig selv som en selvsikker person, accepterer Parks far til sidst Park for den, han er.
Historiens højdepunkt kommer, da Eleanor en aften vender hjem, lige efter at hun og Park har kysset hinanden, for at finde ud af, at Richie har ødelagt hendes kasse med private ejendele, som omfatter mixbånd, som Park havde lavet til hende, og makeup fra Parks mor. Richie efterlader Eleanor en truende seddel, hvilket får Eleanor til at indse, at det er Richie, der har lagt utugtige beskeder ud over hendes skolebøger det år. Eleanor flygter fra huset. To af de største bøller på skolen, Tina og Steve, hjælper hende, selvom de aldrig har været søde ved hende før, fordi de kan se, at Richie er den rene ondskab. Eleanor indser, at den eneste person, hun måske vil kunne bo hos, er hendes onkel i Minnesota, og Park tilbyder straks at køre hende dertil. Eleanor og Park har en meget bittersød tur, fordi de ved, at det måske er sidste gang de ser hinanden i lang tid. Efter de er gået fra hinanden, forsøger Park at sende breve og pakker til Eleanor, men hun er for ked af det til at lade sig selv åbne dem, og hun svarer aldrig. Til sidst afbryder en knust Park kommunikationen og forsøger at komme videre. Til sidst i romanen skriver Eleanor endelig et postkort til Park, som kun indeholder tre ord. Disse ord bliver ikke afsløret over for læseren.