Andros havde tidligere været guvernør i New York; han ankom til Boston den 20. december 1686 og overtog straks magten. Han indtog en hård holdning og hævdede, at kolonisterne havde efterladt alle deres rettigheder som englændere, da de forlod England. Pastor John Wise samlede sine sognebørn i 1687 til protest og modstand mod skatterne; Andros fik ham arresteret, dømt og idømt en bøde. En embedsmand fra Andros forklarede: “Hr. Wise, du har ikke flere privilegier tilbage end ikke at blive solgt til slaver.”
Hans kommission opfordrede til at styre selv, igen med et råd. Den oprindelige sammensætning af rådet omfattede repræsentanter fra hver af de kolonier, som dominionet absorberede, men rådets kvorer blev domineret af repræsentanter fra Massachusetts og Plymouth på grund af de ulemper, der var forbundet med rejserne, og fordi rejseudgifterne ikke blev refunderet.
Church of EnglandEdit
Kort efter sin ankomst spurgte Andros hver af de puritanske kirker i Boston, om deres forsamlingshus kunne bruges til gudstjenester for Church of England, men han blev konsekvent afvist. Han krævede derefter nøgler til Samuel Willards Third Church i 1687, og gudstjenester blev afholdt der under ledelse af Robert Ratcliff indtil 1688, hvor King’s Chapel blev bygget.
SkatteloveRediger
Efter Andros’ ankomst begyndte rådet en lang proces med at harmonisere lovene i hele dominionet, så de i højere grad var i overensstemmelse med de engelske love. Dette arbejde var så tidskrævende, at Andros udstedte en proklamation i marts 1687, hvori han erklærede, at allerede eksisterende love ville forblive i kraft, indtil de blev revideret. Massachusetts havde ingen allerede eksisterende skattelove, så der blev udviklet en beskatningsordning, som skulle gælde for hele dominionet, og som blev udarbejdet af et udvalg af godsejere. Det første forslag fik sine indtægter fra importafgifter, hovedsageligt alkohol. Efter megen debat blev der pludselig fremsat og vedtaget et andet forslag, som i det væsentlige genoplivede de tidligere skattelove i Massachusetts. Disse love havde været upopulære hos landmændene, som mente, at skatterne var for høje på husdyrholdet. For at skaffe øjeblikkelige indtægter fik Andros også godkendelse til at øge importafgifterne på alkohol.
De første forsøg på at håndhæve skattelovgivningen blev mødt af hård modstand fra en række samfund i Massachusetts. Flere byer nægtede at vælge kommissærer til at vurdere byens befolkning og ejendomme, og embedsmænd fra en række af dem blev derfor arresteret og bragt til Boston. Nogle blev idømt bøder og løsladt, mens andre blev fængslet, indtil de lovede at udføre deres pligter. Lederne i Ipswich havde været mest højlydte i deres modstand mod loven; de blev retsforfulgt og dømt for forseelser.
De andre provinser gjorde ikke modstand mod indførelsen af den nye lov, selv om satserne var højere end de havde været under den tidligere koloniadministration, i det mindste i Rhode Island. Plymouths relativt fattige godsejere blev hårdt ramt på grund af de høje satser på husdyr.
Love om bymøderRediger
En konsekvens af skatteprotesten var, at Andros søgte at begrænse bymøderne, da det var her, protesten var begyndt. Han indførte derfor en lov, der begrænsede møderne til et enkelt årligt møde, udelukkende med det formål at vælge embedsmænd, og som udtrykkeligt forbød møder på andre tidspunkter af enhver grund. Dette tab af lokal magt blev hadet af mange. Der blev fremsat mange protester om, at bymøde- og skattelovgivningen var en overtrædelse af Magna Carta, som garanterede beskatning af folkets repræsentanter.
Jordrettigheder og skatterRediger
Andros gav kolonisterne et stort slag ved at anfægte deres ejendomsret til jorden; i modsætning til England var langt de fleste amerikanere jordbesiddere. Taylor siger, at fordi de “betragtede sikker fast ejendom som grundlæggende for deres frihed, status og velstand, følte kolonisterne sig forfærdet over den omfattende og dyre udfordring af deres jordrettigheder”. Andros havde fået til opgave at bringe koloniens praksis med hensyn til ejendomsrettigheder mere på linje med den i England og at indføre quit-rents som et middel til at øge koloniens indtægter. De titler, der blev udstedt i Massachusetts, New Hampshire og Maine under koloniadministrationen, var ofte behæftet med formelle mangler (f.eks. manglede de et aftryk af koloniens segl), og de fleste af dem omfattede ikke betaling af en quit-rente. Landtildelinger i koloniale Connecticut og Rhode Island var blevet foretaget, før begge kolonier havde fået en charter, og der var modstridende krav i en række områder.
Den måde, hvorpå Andros greb spørgsmålet an, var dobbelt splittende, da den truede enhver godsejer, hvis titel på nogen måde var tvivlsom. Nogle jordejere gennemgik bekræftelsesprocessen, men mange nægtede, da de ikke ønskede at stå over for muligheden for at miste deres jord, og de betragtede processen som en slet skjult jordbesiddelse. Puritanerne i Plymouth og Massachusetts Bay var blandt de sidstnævnte, hvoraf nogle havde omfattende jordbesiddelser. Alle de eksisterende ejendomsrettigheder i Massachusetts var blevet tildelt under det nu ophævede koloniale charter; i det væsentlige erklærede Andros dem for ugyldige og krævede, at jordejerne skulle bekræfte deres ejerskab på ny, betale gebyrer til herredømmet og blive pålagt en quit-rent.
Andros forsøgte at fremtvinge bekræftelse af ejerskab ved at udstede indgrebsbreve, men store jordejere, der ejede mange parceller, anfægtede disse individuelt i stedet for at bekræfte alle deres jorder på ny. Antallet var lille af nye titler udstedt under Andros’ regime; der blev indgivet 200 ansøgninger, men kun omkring 20 af disse blev godkendt.
Connecticut charterEdit
Andros’ kommissorium omfattede Connecticut, og han bad Connecticuts guvernør Robert Treat om at aflevere koloniens charter ikke længe efter sin ankomst til Boston. Embedsmænd fra Connecticut anerkendte formelt Andros’ autoritet, i modsætning til Rhode Island, hvis embedsmænd tiltrådte dominansen, men i realiteten ikke gjorde meget for at hjælpe ham. Connecticut fortsatte med at lede sin regering i henhold til charteret, holdt kvartalsvise møder i den lovgivende forsamling og valgte embedsmænd i hele kolonien, mens Treat og Andros forhandlede om overgivelsen af charteret. I oktober 1687 besluttede Andros endelig at rejse til Connecticut for personligt at tage sig af sagen. Han ankom til Hartford den 31. oktober, ledsaget af en æresgarde, og mødtes samme aften med koloniens ledelse. Ifølge legenden blev charteret lagt ud på bordet, så alle kunne se det under dette møde. Lyset i lokalet gik uventet ud, og da det blev tændt igen, var charteret forsvundet. Den skulle efter sigende være blevet gemt i et nærliggende egetræ (senere omtalt som Charter Oak), så en eftersøgning i de nærliggende bygninger ikke kunne finde dokumentet.
Hvad end legenden er sandt, viser optegnelser fra Connecticut, at regeringen i Connecticut formelt afleverede sine segl og indstillede sin virksomhed den dag. Andros rejste derefter rundt i hele kolonien og foretog retslige og andre udnævnelser, inden han vendte tilbage til Boston. Den 29. december 1687 udvidede dominionsrådet formelt sine love til også at omfatte Connecticut, hvilket fuldendte assimileringen af de nyengelske kolonier.
Inklusion af New York og JerseysRediger
Den 7. maj 1688 blev provinserne New York, East Jersey og West Jersey føjet til dominionet. De lå langt fra Boston, hvor Andros havde sit sæde, så New York og Jerseys blev styret af løjtnantguvernør Francis Nicholson fra New York City. Nicholson var en hærkaptajn og protegé af kolonisekretær William Blathwayt, der kom til Boston i begyndelsen af 1687 som en del af Andros’ æresgarde og var blevet forfremmet til hans råd. I løbet af sommeren 1688 rejste Andros først til New York og derefter til Jerseys for at etablere sin kommission. Dominions styring af Jerseys blev kompliceret af, at ejernes charter var blevet tilbagekaldt, men at de alligevel havde beholdt deres ejendom og anmodede Andros om det, der var traditionelle herredsrettigheder. Dominionsperioden i Jerseys var relativt begivenhedsløs på grund af deres afstand fra magtcentrene og dominionets uventede afslutning i 1689.
IndianerdiplomatiRediger
I 1687 iværksatte guvernør i Ny Frankrig Jacques-René de Brisay de Denonville, Marquis de Denonville et angreb mod Seneca-landsbyer i det, der nu er det vestlige New York. Hans mål var at afbryde handelen mellem englænderne i Albany og Iroquois-konføderationen, som senecaerne tilhørte, og at bryde pagten Covenant Chain, en fred, som Andros havde forhandlet sig frem til i 1677, mens han var guvernør i New York. New Yorks guvernør Thomas Dongan appellerede om hjælp, og kong James beordrede Andros til at yde bistand. James indledte også forhandlinger med Ludvig XIV af Frankrig, hvilket resulterede i en lempelse af spændingerne på den nordvestlige grænse.
På New Englands nordøstlige grænse nærede Abenakierne imidlertid klager over de engelske bosættere, og de indledte en offensiv i begyndelsen af 1688. Andros foretog en ekspedition ind i Maine tidligt på året, hvor han plyndrede en række indianske bosættelser. Han plyndrede også Jean-Vincent d’Abbadie de Saint-Castins handelsforpost og hjem ved Penobscot Bay. Hans omhyggelige bevarelse af den katolske Castins kapel var en kilde til senere beskyldninger om “pavelighed” mod Andros.
Andros overtog administrationen af New York i august 1688, og han mødtes med iroquoiserne i Albany for at forny pagten. På dette møde irriterede han irokeserne ved at omtale dem som “børn” (det vil sige underlagt englænderne) i stedet for “brødre” (det vil sige ligeværdige). Han vendte tilbage til Boston midt i yderligere angreb på grænsen til New England fra Abenaki-partier, som indrømmede, at de gjorde det til dels på grund af fransk opmuntring. Situationen i Maine var også blevet forværret igen, idet engelske kolonister foretog overfald på indianske landsbyer og sendte fangerne til Boston. Andros skældte mainerne ud for denne ubegrundede handling og beordrede indianerne løsladt og sendt tilbage til Maine, hvilket gav Maine- bosætterne hadet fra dem. Han vendte derefter tilbage til Maine med en betydelig styrke og påbegyndte opførelsen af yderligere befæstninger for at beskytte bosætterne. Andros tilbragte vinteren i Maine og vendte tilbage til Boston i marts, da han hørte rygter om revolution i England og utilfredshed i Boston.