1 Introduktion
Clonorchis sinensis, Opisthorchis felineus og Opisthorchis viverrini (phylum Platyhelminthes; klasse Trematoda; familie Opisthorchiidae) er vigtige fødevarebårne leverorm, der inficerer ~ 24 millioner mennesker på verdensplan og forårsager en global byrde på mere end 349 737 handicapjusterede leveår (Furst et al., 2012). Som en udbredt leverfluke inficerer C. sinensis mindst 15 millioner mennesker overvejende i Kina, Vietnam, Korea og det russiske Fjernøsten (Furst et al., 2012; Qian et al., 2016).
C. sinensis-infektion forårsager clonorchiasis, som er en forsømt tropisk sygdom (Qian et al., 2016). Infektion med C. sinensis fører ofte til kroniske hepatobiliære sygdomme, såsom hepatisk fibrose, og kan inducere kolangiokarcinom (CCA), en malign cancer i galdevejssystemet. Derfor er C. sinensis blevet klassificeret som et kræftfremkaldende stof i klasse I af Det Internationale Agentur for Kræftforskning (Choi et al., 2004, 2011; Grosse et al., 2009).
Der findes til dato ingen vaccine til forebyggelse af klonorchiasis, og mennesker har ingen resistens over for reinfektion (Qian et al., 2016). Den gentagne brug af det eneste anbefalede lægemiddel, praziquantel (PZQ), øger risikoen for, at fluke udvikler lægemiddelresistens (WHO, 2013). For bedre at kunne kontrollere klonorchiasis er der blevet forsket i parasittens biologi og epidemiologi og fokuseret på diagnose og behandling. Det er nu muligt at opnå en dybtgående forståelse af C. sinensis’ molekylære biologi, hvilket understøttes af brugen af nye transkriptomiske og genomiske ressourcer, der er produceret ved hjælp af sekventeringsteknologier med højt gennemløb (Huang et al., 2013; Wang et al., 2011; Yoo et al., 2011; Young et al., 2010). Genomet af C. sinensis fra Kina giver et grundlag for at udforske molekylære veje og processer i denne leverflue. For eksempel koder genomet af C. sinensis for et komplet supplement af gener, der er nødvendige for at metabolisere værtslipider, men indeholder ikke gener, der er knyttet til den kanoniske fedtsyrebiosyntese (Huang et al., 2013; Wang et al., 2011). Desuden koder dette genom for et stort antal ekskretorisk-sekretoriske proteiner (ESP’er), hvoraf mange formodes at være involveret i interaktioner mellem vært og parasit. Der findes imidlertid ingen detaljerede oplysninger om funktionerne af biologisk relevante gener/genprodukter eller niveauet af genetisk variation blandt forskellige geografiske isolater af C. sinensis.
Det er blevet antaget, at et enkelt nukleært genom af C. sinensis er tilstrækkeligt til at repræsentere alle geografisk forskellige isolater af denne art (Huang et al., 2013; Wang et al., 2011). Imidlertid understreger beviser for karyotypisk variation inden for C. sinensis og kryptiske arter inden for den beslægtede opisthorchiid fluke, O. viverrini (jf. Petney et al., 2013), vigtigheden af at studere og sammenligne genetikken af geografisk adskilte isolater af C. sinensis. Tidligere undersøgelser af udvalgte genetiske loci tyder på, at variationen i denne parasit er blevet påvirket af flere faktorer, såsom livscyklus, klimaændringer og miljøtilpasning (Chelomina et al., 2014; Tatonova et al., 2012, 2013). For eksempel ser det ud til, at lav nukleotid- og høj haplotypisk variation i det mitokondrielle cox1-gen inden for C. sinensis hænger sammen med en hurtig populationsekspansion efter istiden (Chelomina et al., 2014; Tatonova et al., 2012). En sådan konklusion kræver imidlertid dybtgående populationsgenetiske undersøgelser.
Det er nu muligt at foretage sådanne undersøgelser på helgenomniveau ved hjælp af sekventeringsteknologier med højt gennemløb og avanceret bioinformatik. Sådanne undersøgelser vil gøre det muligt at udforske de genetiske strukturer og understrukturer i C. sinensis-populationer og variationen i gener/genprodukter, der er involveret i infektion og/eller adaptive processer. Formålet med dette kapitel er at give en baggrund om biologi, epidemiologi, patogenese, diagnose og kontrol af C. sinensis/klonorchiasis, at foretage en kritisk gennemgang af den nuværende viden om genetik, molekylærbiologi og genomik af C. sinensis og at fremhæve nye sekventeringsteknologier samt genomiske værktøjer og ressourcer, som nu kan anvendes til fremtidige genetiske undersøgelser af denne vigtige parasit.