På grund af den høje modtagelighed for infektioner er antibiotika de mest anvendte lægemidler til nyfødte. Resultatet af antibiotikaanvendelse kan imidlertid være stærkt påvirket af det nyfødte barns særlige fysiologi, der er kendetegnet ved den delikate tilpasningsproces fra intra- til extrauterint liv. Andre vigtige faktorer, der kan påvirke antibiotikabehandlingen, er gestationsalder, fødselsvægt, intrauterin væksthæmning, kronologisk alder og især den umodne nyre- og leverfunktion. Ved dosering, timing og indgiftsvej skal der derfor tages nøje hensyn til den neonatale variabilitet i biotilgængelighed, distribution, metabolisme, biotransformation og udskillelse. Finjusteringen af dosering og behandlingsvarighed bør baseres på farmakokinetiske og farmakodynamiske parametre. På trods af betydelige variationer i sepsisætiologien er den bedste indledende empiriske behandling af en formodet systemisk infektion stadig, som for flere år siden, en kombination af ampicillin og gentamicin. Andre meget effektive og nyttige antibiotika som f.eks. cefalosporiner, carbanepemer eller glycopeptider bør gives med omtanke til spædbørn i overensstemmelse med anbefalingerne om begrænset anvendelse for at opnå maksimal effekt og minimal toksicitet. Endelig er makrolidantibiotika på grund af deres særlige egenskaber for nylig blevet foreslået til andre indikationer end den antibakterielle aktivitet. Anvendelse af oral erythromycin til behandling af gastrointestinal dysmotilitet hos for tidligt fødte børn kunne reducere forekomsten af parenteral ernæringsassocieret kolestase med næsten 50 %, mens azithromycin på grund af de kombinerede antibiotiske og antiinflammatoriske virkninger med succes er blevet anvendt i en pilotundersøgelse hos spædbørn med ekstremt lav fødselsvægt til forebyggelse af bronchopulmonal dysplasi.