1 Úvod
Clonorchis sinensis, Opisthorchis felineus a Opisthorchis viverrini (phylum Platyhelminthes; třída Trematoda; čeleď Opisthorchiidae) jsou významné jaterní motolice přenášené potravinami, které infikují ~ 24 milionů lidí na celém světě a způsobují celosvětovou zátěž více než 349 737 let života v závislosti na invaliditě (Furst et al., 2012). Jako široce rozšířená jaterní motolice C. sinensis infikuje nejméně 15 milionů lidí převážně v Číně, Vietnamu, Koreji a na ruském Dálném východě (Furst et al., 2012; Qian et al., 2016).
Infekce C. sinensis způsobuje klonorchiózu, která je zanedbávaným tropickým onemocněním (Qian et al., 2016). Infekce C. sinensis často vede k chronickým hepatobiliárním onemocněním, jako je jaterní fibróza, a může vyvolat cholangiokarcinom (CCA), zhoubný nádor žlučového systému. Proto byla C. sinensis Mezinárodní agenturou pro výzkum rakoviny klasifikována jako karcinogen I. třídy (Choi et al., 2004, 2011; Grosse et al., 2009).
Do dnešního dne není k dispozici žádná vakcína k prevenci klonorózy a lidé nemají odolnost vůči reinfekci (Qian et al., 2016). Opakované používání jediného doporučeného léku, praziquantelu (PZQ), zvyšuje riziko vzniku rezistence motolice vůči léku (WHO, 2013). Za účelem lepší kontroly klonorchiázy byl proveden výzkum biologie a epidemiologie parazita a zaměřil se na diagnostiku a léčbu. V současné době je možné hluboce porozumět molekulární biologii C. sinensis, což je podloženo využitím nových transkriptomických a genomických zdrojů vytvořených pomocí vysoce výkonných sekvenačních technologií (Huang et al., 2013; Wang et al., 2011; Yoo et al., 2011; Young et al., 2010). Genom C. sinensis z Číny poskytuje základ pro zkoumání molekulárních drah a procesů u této jaterní motolice. Například genom C. sinensis kóduje kompletní komplement genů potřebných k metabolismu hostitelských lipidů, ale neobsahuje geny spojené s kanonickou biosyntézou mastných kyselin (Huang et al., 2013; Wang et al., 2011). Kromě toho tento genom kóduje velké množství exkrečně-sekrečních proteinů (ESP), z nichž mnohé se podle předpokladů podílejí na interakcích mezi hostitelem a parazitem. Neexistují však žádné podrobné informace o funkcích biologicky relevantních genů/genových produktů ani o míře genetické variability mezi různými geografickými izoláty C. sinensis.
Předpokládá se, že jediný jaderný genom C. sinensis je dostatečný k tomu, aby reprezentoval všechny geograficky odlišné izoláty tohoto druhu (Huang et al., 2013; Wang et al., 2011). Nicméně důkazy o karyotypové variabilitě v rámci C. sinensis a kryptických druhů v rámci příbuzné opistorchiální motolice O. viverrini (srov. Petney et al., 2013) zdůrazňují význam studia a porovnávání genetiky geograficky odlišných izolátů C. sinensis. Předchozí studie vybraných genetických lokusů naznačují, že variabilita tohoto parazita byla ovlivněna mnoha faktory, jako je životní cyklus, klimatické změny a adaptace na prostředí (Chelomina et al., 2014; Tatonova et al., 2012, 2013). Například se zdá, že nízká nukleotidová a vysoká haplotypová variabilita v mitochondriálním genu cox1 v rámci C. sinensis souvisí s rychlou populační expanzí po době ledové (Chelomina et al., 2014; Tatonova et al., 2012). Takový závěr však vyžaduje hloubkový populačně genetický výzkum.
V současné době je možné provádět takový výzkum na úrovni celého genomu pomocí vysoce výkonných sekvenačních technologií a pokročilé bioinformatiky. Takový výzkum by umožnil prozkoumat genetické struktury a substruktury populací C. sinensis a variabilitu genů/genových produktů, které se podílejí na infekci a/nebo adaptačních procesech. Účelem této kapitoly je poskytnout základní informace o biologii, epidemiologii, patogenezi, diagnostice a kontrole C. sinensis/klonorchiázy; kriticky zhodnotit současné znalosti genetiky, molekulární biologie a genomiky C. sinensis; a upozornit na nové sekvenační technologie i genomické nástroje a zdroje, které lze nyní využít pro budoucí genetické studie tohoto významného parazita.