Vzhledem k vysoké náchylnosti k infekcím jsou antibiotika nejčastěji používanými léky u novorozenců. Výsledek používání antibiotik však může být silně ovlivněn zvláštní fyziologií novorozence, která se vyznačuje jemným procesem adaptace z intra- na extrauterinní život. Dalšími důležitými faktory, které mohou ovlivnit antibiotickou terapii, jsou gestační věk, porodní hmotnost, intrauterinní růstová restrikce, chronologický věk a zejména nezralost funkce ledvin a jater. Dávkování, načasování a způsob podání proto musí pečlivě zohledňovat variabilitu biologické dostupnosti, distribuce, metabolismu, biotransformace a vylučování u novorozenců. Jemná úprava dávkování a trvání léčby by měla vycházet z farmakokinetických a farmakodynamických parametrů. I přes značné rozdíly v etiologii sepse zůstává nejlepší počáteční empirickou terapií při podezření na systémovou infekci, stejně jako před několika lety, kombinace ampicilinu a gentamicinu. Další velmi účinná a užitečná antibiotika, jako jsou cefalosporiny, karbanepemy nebo glykopeptidy, by měla být kojencům podávána uvážlivě, podle doporučení omezeného použití, aby bylo dosaženo maximální účinnosti a minimální toxicity. A konečně, vzhledem ke svým zvláštním vlastnostem byla nedávno navržena makrolidová antibiotika pro jiné indikace, než je antibakteriální aktivita. Použití perorálního erytromycinu k léčbě gastrointestinální dysmotility u předčasně narozených dětí by mohlo snížit výskyt cholestázy spojené s parenterální výživou téměř o 50 %, zatímco azitromycin byl díky kombinovaným antibiotickým a protizánětlivým účinkům úspěšně použit v pilotní studii u dětí s extrémně nízkou porodní hmotností k prevenci bronchopulmonální dysplazie.