Istoria precolonială a Pohnpei este împărțită în trei etape: Mwehin Kawa sau Mwehin Aramas (cca. 1100); Mwehin Sau Deleur (de la cca. 11001 până la cca. 1628); și Mwehin Nahnmwarki (de la cca. 1628 până la cca. 1885).
În Pohnpei există ruine interesante ale unei civilizații microneziene, în special ruinele de la Nan Madol.
Colonizarea spaniolăEdit
Isulele Caroline, în cadrul cărora este inclusă în prezent insula Pohnpei, au fost descoperite la 22 august 1526 de către exploratorul spaniol Toribio Alonso de Salazar. La 1 ianuarie 1528, descoperitorul Alonso de Saavedra a intrat în posesia insulelor Uluti în numele regelui Spaniei. Arhipelagul a fost vizitat în 1542, de insulele Matelotes în 1543 și 1545 și de Legazpi în 1565.
Primul vizitator european la Ponapé a fost Pedro Fernández de Quirós, comandând nava spaniolă San Geronimo. El a zărit insula la 23 decembrie 1595; descrierea sa este scurtă și nu a debarcat niciodată acolo. A doua vizită europeană cunoscută a avut loc abia mult mai târziu, de către australianul John Henry Rowe, nava sa John Bull a ajuns pe insulă la 10 septembrie 1825, fiind atacată de băștinași. Pohnpei, împreună cu Insulele Senyavin, a fost inclusă definitiv în hărțile de navigație europene după ce a fost reperată de navigatorul rus Fiodor Litke în 1828, la mai bine de două secole după restul Insulelor Caroline. Principalul sediu al guvernului Carolinelor se afla pe această insulă. Spaniolii au numit insula Ponapé și au înființat orașul Santiago de la Ascensión, care a devenit prima lor capitală. Fiind sediul coloniei spaniole (formată din funcționari, militari, misionari și muncitori filipinezi), a devenit cunoscută pur și simplu sub numele de Colonia sau Kolonia, adiacentă actualei capitale, Palikir.
În 1885, la ordinul guvernului spaniol, o nouă expediție a fost organizată în Filipine, pe atunci colonie a Spaniei, pentru a proceda la ocuparea definitivă a arhipelagului Carolinele, aflat sub suveranitate spaniolă. Insula Ponapé, în partea estică a arhipelagului, întinsă pe 2.000.000 de kilometri pătrați de ocean, a fost aleasă ca sediu al guvernului prin intermediul triplului suport Manila-Guaján-Ponapé, ceea ce a permis, de asemenea, patrularea eficientă a acelei vaste întinderi de ape jurisdicționale.
Comandorul Posadillo a fost numit șef al expediției și a ajuns pe insulă la sfârșitul anului 1885. Pe insulă a fost instalată garnizoana rară și echipamentul administrativ. Întreprinderea nu era rentabilă din punct de vedere economic din cauza „micii varietăți de produse de export, a distanței față de piețe, a faptului că nu putea ocupa decât un număr mic de kilometri pătrați și a costurilor de întreținere a unui număr tot mai mare de detașamente”; aceasta se datora mai degrabă unor cerințe de prestigiu. Din acest motiv, când în 1887 a avut loc o revoltă a indigenilor, care au asasinat întreaga colonie spaniolă, s-a ordonat imediat plecarea unei noi expediții.
Trupele care au compus următoarea expediție spaniolă au fost comandate de comandantul Diaz Varela. Un alt șef al marinei, Don Luis Cadarso y Rey, s-a alăturat expediției în calitate de guvernator al arhipelagului. El avea să moară unsprezece ani mai târziu în Cavite, la bordul cuirasatului american Olímpia, nava amiral a flotei americane. La Ponapé s-a ajuns după douăsprezece zile de călătorie dureroasă și ceea ce au distrus băștinașii a fost reconstruit, închizându-l într-un fort. Când au văzut o prezență militară importantă pe insulă, au acceptat autoritatea spaniolă, sfătuiți de un european pe nume Deoane, care trăia printre ei și care este posibil să fi fost instigatorul rebeliunii anterioare.
În timp ce dominația spaniolă a durat pe insulă, au avut loc perioade pașnice și încăierări pe acel teritoriu cu o morfologie complicată care făcea operațiunile dificile. La rebeliuni s-au alăturat adesea indigeni din insulele adiacente, asupra cărora nu s-a putut exercita un control eficient. De-a lungul acelor ani, victimele spaniole ca urmare a acestor confruntări au fost proporțional numeroase: într-una dintre ele, de exemplu, au fost treizeci de morți și cincizeci de răniți. A fost adesea necesar să se aplice autoritatea cu o forță absolută. Rămășițele Fortului Alfonso XIII, cunoscut sub numele de „Zidul spaniol”, datează din perioada colonială.
Controlul german și japonezEdit
După Războiul hispano-american din 1898, Germania a cumpărat insula de la Spania; sub suveranitate germană, colonia a fost numită oficial Kolonia. Ponapé a fost ocupată de Japonia în timpul Primului Război Mondial, după care Liga Națiunilor a declarat că Insulele Caroline trebuie să treacă în administrarea japoneză, ca datorie de război pentru înfrângerea germană, împreună cu Insulele Marshall și Insulele Mariane (cu excepția Guam, teritoriu american). Suveranitatea japoneză a durat din 1914 până în 1945.
Teritoriu al Statelor UniteEdit
Pohnpei, când era un district al Teritoriului de Trust al Insulelor Pacificului, conținea inițial Kosrae, care era o municipalitate a districtului. În timpul celui de-al Doilea Război Mondial, insula a fost ocolită în campaniile amfibii americane dintre 1943 și 1945. Instalațiile militare au fost bombardate în mai multe rânduri, inclusiv prin bombardamentele navelor de luptă USS Massachusetts (BB-59) și USS Iowa (BB-61), precum și prin atacul aerian Cowpens (CVL-25). La sfârșitul războiului, Insulele Caroline au devenit parte a Teritoriului de Trust al Insulelor din Pacific.
Statele Federate ale Microneziei au obținut independența deplină în 1990. De atunci, Pohnpei a fost un port tropical protejat sub controlul indirect al SUA.
.