După încetarea apartheidului în 1994, întreprinderile sud-africane au căutat profesioniști care să emigreze, iar un număr mare de nigerieni au făcut acest lucru. Se estimează că existau 24.000 de nigerieni care trăiau în Africa de Sud în 2011.
Multă din bunăvoința Africii de Sud față de nigerieni pentru că au sprijinit ANC în timpul apartheidului a dispărut din cauza activităților crimei organizate nigeriene din țară. Grupurile de crimă organizată nigeriene, implicate în principal în traficul ilegal de droguri, în Africa de Sud au crescut rapid între 1994 și 1998.
Se consideră, de asemenea, că înrăutățirea relațiilor a fost cauzată de concurența tot mai mare dintre cele două țări pentru posturi în cadrul organizațiilor multilaterale. Nigeria a acționat împotriva Africii de Sud pentru a o înlocui pe actuala președintă Jean Ping, pe care Nigeria o susține, cu ministrul sud-african de interne Nkosazana Dlamini-Zuma pentru puternica poziție de președinte al Comisiei Uniunii Africane. Relațiile s-au deteriorat și mai mult atunci când Africa de Sud l-a susținut pe președintele în exercițiu Laurent Gbagbo pentru controlul Coastei de Fildeș în 2011. Cu toate acestea, după ce Dlamini-Zuma a câștigat alegerile, ministrul nigerian al afacerilor externe, ambasadorul Olugbenga Ashiru, a declarat că, deși Nigeria l-a susținut pe Ping pentru funcția de președinte al UA, „o poziție care a fost una de principiu, alături de membrii ECOWAS, și am susținut-o”. Dar, ca de obicei, oamenii pot insinua că, odată ce Nigeria nu a fost în tabăra Africii de Sud, înseamnă că Nigeria este împotriva Africii de Sud. Noi nu suntem împotriva Africii de Sud”.
Critici la adresa drepturilor omuluiEdit
ANC-ul condus de Mandela a încercat să ajute la rezolvarea crizei politice din Nigeria încă din 1993, ca urmare a anulării alegerilor din Nigeria din iunie 1993. În iunie 1994, conducătorul militar al Nigeriei, generalul Sani Abacha, a arestat și condamnat la execuție 40 de opozanți politici, printre care fostul șef de stat nigerian Olusegun Obasanjo, precum și șeful Moshood Abiola. Mandela i-a trimis pe arhiepiscopul Desmond Tutu și pe vicepreședintele de atunci Thabo Mbeki în misiuni succesive în Nigeria pentru a face lobby pentru eliberarea lui Obasanjo, Abiola și a altor nouă persoane.
Până la summitul Commonwealth din 1995, Mandela a fost indus în eroare de Abacha, făcându-l să creadă că va exista o suspendare a execuției. Cu toate acestea, unul dintre primele experimente ale Africii de Sud în materie de diplomație discretă a eșuat atunci când, în noiembrie 1995, Abacha a mers mai departe cu execuția celor nouă lideri Ogoni, inclusiv a lui Ken Saro-Wiwa. După care președintele sud-african Mandela l-a criticat apoi public pe generalul Abacha pentru abuzurile împotriva drepturilor omului și a făcut presiuni personale pentru o suspendare de doi ani a apartenenței Nigeriei la Commonwealth of Nations:177 Mandela a criticat, de asemenea, Royal Dutch Shell pentru că a mers mai departe cu un proiect de gaz de 4 miliarde de dolari în Nigeria, în ciuda impopularității sale în Nigeria și în restul lumii.
Aceasta a dus la izolarea Africii de Sud în Africa, pe fondul acuzațiilor că ar fi:
„anipulată” în adoptarea unei poziții anti-nigeriene de către „forțele imperialismului britanic și american”.
Într-o lună, Africa de Sud a început să dea înapoi în încercarea de a-și repara relațiile cu alte națiuni africane; și în încercarea de a-și recâștiga prestigiul regional în rândul altor guverne africane, în detrimentul prestigiului său internațional. La 29 martie 1995, Wole Soyinka, liderul unei mișcări democratice nigeriene în exil, a încercat să organizeze o conferință în Africa de Sud. Guvernul sud-african a răspuns prin refuzul de a acorda vize democraților nigerieni timp de șase săptămâni înainte de conferință. Partidul politic aflat la putere în Africa de Sud, ANC, a cerut anularea conferinței.
Dezastrul nigerian a forțat Africa de Sud să adopte o nouă abordare de politică externă. A determinat țara să abandoneze politica de „a merge pe cont propriu” și să treacă la o politică care căuta să construiască parteneriate cu alte state africane prin intermediul organismelor regionale și continentale. De asemenea, a făcut ca Africa de Sud să fie reticentă în a se angaja în orice confruntare cu orice alt stat african.:178
Restricții privind vizele și expulzăriEdit
Relațiile dintre cele două țări au fost afectate în 2012, când 125 de călători nigerieni în Africa de Sud au fost expulzați din cauza faptului că nu aveau certificate valabile de febră galbenă. Ca represalii, Nigeria a expulzat 56 de oameni de afaceri sud-africani. Acest lucru a determinat cele două țări să intre în discuții cu privire la relaxarea restricțiilor de călătorie și a vizelor între cele două țări ca mijloc de îmbunătățire a relațiilor bilaterale și a comerțului.
.