Termenul de pictură flamandă se referă la operele produse între secolele al XV-lea și al XVII-lea în regiunea care coincide aproximativ cu Belgia de astăzi. În secolul al XV-lea au început să fie produse acolo picturi care au captivat iubitorii de artă din întreaga Europă datorită realismului detaliilor și strălucirii suprafețelor, obținute prin noua utilizare a vopselei în ulei. Având în vedere că, începând cu sfârșitul secolului al XV-lea, Spania și vechile Țări de Jos se aflau sub dominația comună a dinastiei Habsburgilor, monarhii spanioli se aflau într-o poziție avantajoasă pentru a colecta picturi din această regiune. Ca urmare, Museo del Prado deține una dintre cele mai bune și mai mari colecții de pictură flamandă existente, numărând aproape 1.000 de lucrări.
În cadrul colecției de pictură din secolul al XV-lea se remarcă Coborârea de pe cruce de Rogier van der Weyden (cca. 1399-1464), una dintre marile opere canonice din istoria artei europene. De asemenea, bine reprezentați în Prado sunt Robert Campin (cca.1375-1444), Hans Memling (activ între 1465 și 1494) și, la începutul secolului al XVI-lea, Gerard David (cca.1460-1523) și Jan Gossaert (cca.1478-1532)).
Hieronmyous Bosch, cunoscut în Spania sub numele de El Bosco, este unul dintre pictorii care fascinează cel mai mult vizitatorii muzeelor moderne datorită lumii fantastice remarcabile care poate fi văzută în picturile sale și a tonului satiric pe care l-a folosit pentru a critica comportamentul uman. La câteva decenii după moartea artistului, Filip al II-lea a devenit principalul colecționar al operelor sale, ceea ce explică de ce Museo del Prado are cea mai bună și mai mare colecție din lume.
În secolele al XVI-lea și al XVII-lea, Anvers a devenit unul dintre principalele centre artistice ale Europei. Din piața sa de artă competitivă au ieșit primele peisaje cunoscute, pictate de Joachim Patinir (cca.1480-1524), iar Prado deține patru dintre cele mai importante lucrări ale sale. De asemenea, activ în secolul al XVI-lea a fost marele Pieter Brueghel cel Bătrân (1552/30-1569), creatorul rafinatului și macabrului Triumf al morții, dar și al Vinului din ziua Sfântului Martin, una dintre cele mai importante achiziții făcute de muzeu în ultimele decenii.
Mare figură a picturii flamande din secolul al XVII-lea a fost Rubens (1577-1640), care a devenit cel mai celebru artist din Europa și a fost, de asemenea, pictorul preferat al marelui său patron spaniol, Filip al IV-lea. Rubens a produs o operă senzuală și maiestuoasă, inspirată de arta antichității. Museo del Prado deține cea mai mare colecție de lucrări ale sale existentă, numărând aproximativ nouăzeci de tablouri (în funcție de acceptarea sau respingerea uneia sau a două atribuții). Extrem de importante sunt, de asemenea, operele din muzeu ale altor artiști flamanzi din secolul al XVII-lea, cum ar fi Jan Brueghel cel Bătrân (1568-1625), Jordaens (1593-1678) și Van Dyck (1599-1641).
Colecția de pictură renascentistă germană din Prado este mică, dar de înaltă calitate. Aceasta include patru tablouri importante de Dürer (1471-1528), inclusiv un autoportret, și două scene de vânătoare importante de Lucas Cranach cel Bătrân (1472-1553).
Cei din colecțiile de pictură olandeză din secolul al XVII-lea ale muzeului sunt, de asemenea, mici, din cauza războiului dintre monarhia spaniolă și provinciile din nordul Țărilor de Jos în momentul în care colecțiile regale au fost asamblate în principal. Cu toate acestea, Prado deține un tablou important de Rembrandt, Judith la banchetul lui Holofernes, și un grup notabil de peisaje de Jan Both (1618/22-1652) și Herman van Swanevelt (1603/4-1655), doi artiști olandezi care au lucrat la Roma.
.