Afilierea religioasă în Nigeria este strâns legată de etnie, cu diviziuni regionale destul de distincte între grupurile etnice. Statele din nord, dominate de grupurile Hausa și Fulani, sunt predominant musulmane, în timp ce grupurile etnice din sud au un număr mare de creștini. În sud-vest, nu există o religie predominantă. Tribul Yoruba, care este grupul etnic majoritar în sud-vest, practică creștinismul, religia musulmană și/sau religia tradițională Yoruba, care se axează pe credința într-un singur zeu suprem și mai multe zeități mai mici.
Statisticile generale indică faptul că aproximativ 50% din populație este musulmană, majoritatea practicând ramura sunnită a credinței. Aproximativ 40% sunt creștini și aproximativ 10% practică religiile tradiționale africane sau nu practică nicio religie. Mulți oameni
includ elemente ale credințelor tradiționale în propria lor practică a creștinismului sau a islamului. Comunitatea creștină este compusă din romano-catolici (cea mai mare confesiune), metodiști, anglicani, baptiști, prezbiterieni și membri ai grupurilor evanghelice și penticostale.
Deși constituția interzice guvernelor statale și locale să declare o religie oficială, o serie de state au adoptat recent diverse forme ale dreptului penal și civil islamic cunoscut sub numele de Shari’ah, o mișcare pe care mulți creștini o consideră ca fiind o adoptare a islamului ca religie de facto. Constituția prevede, de asemenea, libertatea religioasă, cu toate acestea, unele state au restricționat demonstrațiile, procesiunile sau adunările religioase ca o chestiune de securitate publică. Proprietarii de afaceri și funcționarii publici sunt cunoscuți pentru discriminarea persoanelor de o credință diferită de a lor în ceea ce privește furnizarea de servicii și practicile de angajare. Același tip de discriminare există între membrii unor grupuri etnice diferite. Anumite sărbători creștine și musulmane sunt respectate în mod oficial.
Există un grad ridicat de tensiune între creștini și musulmani, cu un istoric de violență împotriva ambelor grupuri. Cu toate acestea, conflictele pot proveni în primul rând din diferențele etnice și regionale, deoarece există o serie de rapoarte de violență între diferite grupuri etnice de aceeași religie.