În ultimii ani, numeroase persoane LGBT au fost asasinate, unii dând vina pentru aceste acte pe politicieni și pe comunitatea religioasă.
Corpul dezmembrat al studentului Jorge Steven López Mercado, în vârstă de 19 ani, a fost descoperit la 14 noiembrie 2009 în Cayey, un oraș situat în regiunea interioară a insulei. López era cunoscut pe scară largă ca voluntar pentru organizațiile care militau pentru drepturile homosexualilor și prevenirea HIV, iar activiștii au planificat priveghiuri de comemorare pentru el în orașe precum San Juan, Chicago și New York. Potrivit poliției locale, este în curs de investigare ca posibilă crimă motivată de ură, în conformitate cu legea federală americană recent aprobată privind crimele motivate de ură, care include infracțiunile împotriva persoanelor care sunt (sau sunt percepute ca fiind) homosexuale sau transsexuale. Juan A. Martinez Matos a fost arestat la câteva zile după ce a fost descoperit cadavrul lui López Mercado. La 12 mai 2010, Martinez Matos a pledat vinovat și a fost condamnat la 99 de ani de închisoare pentru uciderea lui López Mercado.
La 19 aprilie 2010, cadavrul lui Ashley Santiago, o femeie transgender care locuia în orașul Corozal, a fost descoperit în bucătăria locuinței sale. Santiago, stilistă la un salon local, a fost găsită goală pe podea și a fost înjunghiată de 14 ori de un atacator necunoscut.
La 13 septembrie 2010, corpurile lui Justo Luis „Michelle” Gonzalez și Miguel Orlando „La Flaca” Soto, doi transsexuali, au fost găsite asasinate de-a lungul unui drum din orășelul Juana Diaz. Odată cu aceste două decese, activiștii LGBT de pe insulă au declarat că nouă persoane homosexuale și transsexuale au fost ucise în ultimele 10 luni pe insulă, iar autoritățile locale nu au reacționat în mod adecvat la aceste crime. În octombrie 2012, Malena Suarez, o femeie transsexual care locuia în Carolina, a fost găsită moartă în locuința sa în urma mai multor înjunghieri. Moartea ei a marcat cea de-a 30-a omucidere anti-LGBT din Puerto Rico într-un deceniu.
.