Madagascar a fost colonizat pentru prima dată de oameni în urmă cu aproximativ 2000 de ani. Coloniștii din Madagascar au fost fie indonezieni, fie oameni de origine mixtă indoneziană și africană. Comercianții arabi au intrat în scenă în jurul anilor 800-900 d.Hr. când negustorii încep să facă comerț de-a lungul coastei de nord.
Primul european cunoscut care a văzut Madagascar a fost un căpitan de vas portughez, Diogo Dias, care a zărit insula la 10 august 1500, după ce a fost dus de vânt în afara cursului în drum spre India. El a numit insula St. Lawrence. Mai târziu, în anii 1500, portughezii, francezii, olandezii și englezii au încercat cu toții să înființeze așezări comerciale în Madagascar. Toate acestea au eșuat din cauza condițiilor ostile și a luptelor aprige ale războinicilor malgași locali.
Europenii au pus pentru prima dată piciorul în Madagascar la sfârșitul anilor 1600, când pirații stăpâneau coasta de est a insulei. Acești pirați foloseau Madagascarul ca bază pentru a ataca navele care aduceau bunuri în Europa din India. În anii 1700, francezii au încercat să stabilească poziții militare pe coasta de est, dar au eșuat din nou. Până la începutul secolului al XIX-lea, singura așezare pe care francezii o puteau revendica era insula Sainte Marie.
Între timp, în cursul anilor 1700, Sakalavas de pe coasta de vest au înființat primul regat din Madagascar. În 1810, rivalii lor, Merina, au înființat un regat pe cea mai mare parte a restului insulei. Regele lor, Radama I, a stabilit relații cu britanicii și a deschis țara misionarilor englezi care au răspândit creștinismul pe întreaga insulă și au transcris malgașa într-o limbă scrisă. Sub domnia lui Radama, o revoluție industrială în miniatură a adus industria pe insulă. După moartea lui Radama, acesta a fost succedat de văduva sa, Ranavalona I, care a terorizat țara timp de 33 de ani, persecutând creștinii, evacuând străinii, executând rivalii politici și reînviind obiceiul de a ucide copiii născuți în zile cu ghinion. După moartea ei, relațiile cu Europa au fost restabilite.
În 1883, Franța a invadat Madagascarul și, până în 1896, a instaurat dominația asupra insulei, care a devenit colonie franceză. Franța a folosit Madagascar ca sursă de lemn și de mirodenii exotice, precum vanilia. Malgașii au avut două revolte majore împotriva francezilor, în 1918 și 1947, dar țara nu a obținut independența până la 26 iunie 1960.
În 1975, Didier Ratsiraka a preluat controlul țării. El a condus Madagascarul ca un dictator până când a fost răsturnat în 1991 pe fondul unui colaps economic. A redobândit președinția la scurt timp după aceea și a condus până când a pierdut alegerile contestate din 2001. Noul președinte, Marc Ravalomanana, a promis să aducă democrația în țară. După ce a început prin a vinde iaurt pe străzi din spatele bicicletei sale, Ravalomanana a construit un imperiu de afaceri și a devenit cel mai bogat om din Madagascar. Din 2005, el este încă președinte, iar economia continuă să se îmbunătățească.
