Agaroza sub formă de plăci de gel 1% cu o grosime de aproximativ 1 mm tamponată la un pH ridicat (aproximativ 8,6) este în mod tradițional preferată pentru electroforeză, precum și pentru reacția cu anticorpi. Agaroza a fost aleasă ca matrice de gel deoarece are pori mari care permit trecerea liberă și separarea proteinelor, dar oferă o ancoră pentru imunoprecipitatele de proteine și anticorpii specifici. pH-ul ridicat a fost ales deoarece anticorpii sunt practic imobili la un pH ridicat. Un echipament de electroforeză cu o placă de răcire orizontală a fost în mod normal recomandat pentru electroforeză.
Imunoprecipitatele pot fi observate în gelul de agaroză umed, dar sunt colorate cu coloranți de proteine precum Coomassie Brilliant Blue în gelul uscat. Spre deosebire de electroforeza în gel SDS, electroforeza în agaroză permite condiții native, păstrând structura nativă și activitățile native ale proteinelor investigate, de aceea imunoelectroforeza permite caracterizarea activităților enzimatice și a legării liganzilor etc. în plus față de separarea electroforetică.
Analiza imunoelectroforetică ad modum Grabar este metoda clasică de imunoelectroforeză. Proteinele sunt separate prin electroforeză, apoi anticorpii sunt aplicați într-o cuvă lângă proteinele separate și se formează imunoprecipitate după o perioadă de difuzie a proteinelor separate și a anticorpilor unul față de celălalt. Introducerea analizei imunoelectroforetice a dat un mare impuls chimiei proteinelor, unele dintre primele rezultate fiind rezoluția proteinelor din fluidele biologice și extractele biologice. Printre observațiile importante făcute se numără numărul mare de proteine diferite din ser, existența mai multor clase de imunoglobuline și eterogenitatea lor electroforetică.
Imunoelectroforeza încrucișată se mai numește și imunoelectroforeză cantitativă bidimensională ad modum Clarke și Freeman sau ad modum Laurell. În această metodă, proteinele sunt mai întâi separate în timpul electroforezei în prima dimensiune, apoi, în locul difuziei spre anticorpi, proteinele sunt electroforezate într-un gel care conține anticorpi în a doua dimensiune. Imunoprecipitarea va avea loc în timpul electroforezei în a doua dimensiune, iar imunoprecipitatele au o formă caracteristică de clopot, fiecare precipitat reprezentând un antigen, poziția precipitatului fiind dependentă de cantitatea de proteină, precum și de cantitatea de anticorp specific din gel, astfel încât se poate efectua o cuantificare relativă. Sensibilitatea și puterea de rezoluție a imunoelectroforezei încrucișate este mai mare decât cea a analizei imunoelectroforetice clasice și există multiple variante ale tehnicii, utile în diverse scopuri. Imunoelectroforeza încrucișată a fost utilizată pentru studii ale proteinelor din fluidele biologice, în special din serul uman, și din extractele biologice.
Imunoelectroforeza în cruce este imunoelectroforeza cantitativă unidimensională. Metoda a fost utilizată pentru cuantificarea proteinelor din serul uman înainte ca metodele automatizate să devină disponibile.
Imunoelectroforeza cu rachete fuzionate este o modificare a imunoelectroforezei cantitative unidimensionale utilizată pentru măsurarea detaliată a proteinelor în fracțiuni din experimentele de separare a proteinelor.
Imunoelectroforeza de afinitate se bazează pe modificări ale tiparului electroforetic al proteinelor prin interacțiune specifică sau formare de complexe cu alte macromolecule sau liganzi. Imunoelectroforeza de afinitate a fost utilizată pentru estimarea constantelor de legare, ca de exemplu în cazul lectinelor sau pentru caracterizarea proteinelor cu caracteristici specifice, cum ar fi conținutul de glicani sau legarea de liganzi. Unele variante ale imunoelectroforezei de afinitate sunt similare cu cromatografia de afinitate prin utilizarea liganzilor imobilizați.
Structura deschisă a imunoprecipitatului în gelul de agaroză va permite legarea suplimentară a anticorpilor marcați radioactiv pentru a evidenția proteine specifice. Această variantă a fost utilizată pentru identificarea alergenilor prin reacția cu IgE.
Doi factori determină ca metodele imunoelectroforetice să nu fie utilizate pe scară largă. În primul rând, ele necesită mai degrabă multă muncă și necesită o anumită expertiză manuală. În al doilea rând, ele necesită cantități destul de mari de anticorpi policlonali. În prezent, electroforeza pe gel urmată de electroblotting este metoda preferată pentru caracterizarea proteinelor datorită ușurinței de operare, sensibilității sale ridicate și cerinței reduse de anticorpi specifici. În plus, proteinele sunt separate prin electroforeză pe gel pe baza greutății lor moleculare aparente, ceea ce nu se realizează prin imunoelectroforeză, dar, cu toate acestea, metodele imunoelectroforetice sunt încă utile atunci când sunt necesare condiții nereducătoare.
.