În 1995, FACTNet a apărut la știri din cauza unui proces privind confiscarea serverelor și fișierelor FACTNet de către Religious Technology Center (RTC), o suborganizație a Bisericii Scientologice creată pentru a supraveghea protecția mărcilor sale comerciale și a drepturilor de autor. În august 1995, avocații RTC s-au adresat unui judecător din Denver, acuzând încălcarea drepturilor de autor și utilizarea ilegală a documentelor scientologice de către FACTNet, un critic vocal al practicilor organizației. La 21 august 1995 a avut loc o percheziție la domiciliul a doi directori de către doi șerifi americani și șase reprezentanți ai RTC, căutarea propriu-zisă a documentelor incriminatoare fiind efectuată doar de către RTC. Martori ai perchezițiilor au declarat că șerifii au permis reprezentanților RTC să depășească cu mult sfera de aplicare a ordinului în căutarea informațiilor. De asemenea, ofițerii de poliție nu i-au percheziționat pe reprezentanți înainte sau după percheziție, ceea ce le-a permis acestora să ia cu ei dischete și alte documente care conțineau informații esențiale. FACTNet a acuzat imediat Biserica Scientologică de încercarea de a le reduce vocea la tăcere prin furtul și contaminarea informațiilor vitale pentru atacurile și procesele lor continue împotriva Bisericii. Raidurile au provocat dezbateri atât pe internet, cât și în mediul universitar, protestatarii universitari din Denver, Colorado, purtând pancarte pe care scria: „Jos mâinile de pe internet” și „Scientologia îi hărțuiește pe critici”, în timp ce contraprotestatarii de la tribunalul din comitatul Boulder purtau pancarte precum: „Jos mâinile de pe internet” și „Scientologia îi hărțuiește pe critici”: „Numai infractorii răspândesc fărădelegea pe internet.”
FACTNet a intentat un proces, iar la 14 septembrie 1995, un judecător federal a declarat sechestrul ilegal deoarece a încălcat dreptul FACTNet la libertatea de exprimare pe internet și a ordonat RTC să returneze toate computerele și fișierele care au fost sechestrate. În hotărârea pronunțată la Curtea Districtuală a Statelor Unite, judecătorul John Kane a declarat: „Interesul public este cel mai bine servit de schimbul liber de idei”. Cu toate acestea, FACTNet afirmă că a suferit un prejudiciu ireparabil, deoarece secretul documentelor sale a fost încălcat de către RTC. Un avocat al Electronic Frontier Foundation a aprobat decizia judecătorului în această chestiune, declarând: „Cu siguranță nu au dreptul să confiște totul și să pescuiască în jurul lor. Se pare că există această idee că lucrurile care sunt conținute într-un computer nu sunt supuse acelorași protecții. Cred că legea recuperează din urmă.” Helena K. Kobrin, o avocată a Bisericii Scientologice din cadrul firmei Moxon & Kobrin, a apărat confiscarea computerelor, spunând după decizia judecătorului: „Decizia de ieri a fost o zi foarte tristă pentru deținătorii de proprietate intelectuală și o zi foarte tristă pentru Internet.”
Într-o serie de cazuri, Scientologia (prin subsidiara Bridge Publications) a dat în judecată FACTNet pentru presupuse încălcări ale drepturilor de autor. În 1998, judecătorul federal John Kane a respins cererea Scientology de judecată sumară, deoarece FACTNet a contestat proprietatea Scientologiei asupra drepturilor de autor ale documentelor. Ulterior, în 1999, s-a ajuns la o înțelegere, ai cărei termeni au fost că, dacă FACTNet va fi vreodată găsită vinovată de încălcarea drepturilor de autor ale bisericii, i se va interzice permanent să plătească bisericii 1 milion de dolari.
FACTNet a menținut un profil relativ scăzut în presă din 1999, fiind citată ocazional pentru că s-a pronunțat împotriva unor subiecte pe care le consideră importante. Filmul Battlefield Earth din 2000, cu John Travolta în rolul principal, a stârnit controverse, deoarece se baza pe o carte a lui L. R. Hubbard, fondatorul Bisericii Scientologice, iar Travolta era un scientolog cunoscut. The Guardian a relatat despre afirmațiile lui FACTnet potrivit cărora filmul ar fi fost o piesă de prozelitism pentru scientologie, notând: „FACTnet a sugerat că mesajele subliminale au fost inserate cu viclenie de către scientologi pentru a câștiga noi convertiți care să se alăture bisericii.” Realizatorii filmului au afirmat că acesta nu are nicio legătură cu Biserica Scientologică, dar The New York Times a relatat despre afirmațiile FACTnet că: „…filmul a fost finanțat în secret de scientologie și că scientologia plănuiește eforturi de recrutare care să coincidă cu lansarea filmului”. Profesorul de sociologie James Richardson nu a fost de acord cu afirmațiile FACTnet, declarând: „Mă îndoiesc serios că cineva va ieși și se va alătura scientologiei doar pentru că a văzut acest film.” În 2002, după ce Lawrence Wollersheim a câștigat o sentință de 8,7 milioane de dolari americani împotriva Bisericii Scientologice, FACTnet a postat pe site o declarație a acestuia, citând: „Cultul care a jurat că nu-mi va plăti niciodată nici măcar un bănuț a plătit acum peste 86 de milioane de bănuți.” FACTNet s-a pronunțat în sprijinul unui episod din serialul South Park, acordând personalului său titlul de „Persoana (persoanele) FACTNet a anului 2005” pentru episodul satiric despre Scientologie, „Trapped in the Closet”. În 2006, directorul FACTnet, Wollersheim, a fost consultat pentru reportajul din cadrul emisiunii 48 Hours despre moartea scientologului Elli Perkins, „Scientology – A Question of Faith”. Wollersheim a fost citat în reportaj, declarând „Scientologia. Sunt cel mai prost exemplu de control al minții într-un cadru religios care a existat vreodată”. De asemenea, în emisiune s-a menționat că Biserica Scientologică îl caracterizează drept „mincinos și escroc” și afirmă că majoritatea membrilor săi trăiesc vieți fericite și împlinite.
.