În ultimii o sută de ani, descoperirea de noi virusuri a fost un proces gradual. Virușii au fost descriși unul câte unul folosind o suită de tehnici, cum ar fi microscopia electronică și cultura virală. Investigatorii erau de obicei interesați de o stare de boală în cadrul unui organism, iar expedițiile în domeniul ecologiei virale erau rare. Apariția metagenomicii cu ajutorul secvențierii de mare capacitate a revoluționat nu numai rata de descoperire a virusurilor, ci și natura descoperirilor. De exemplu, în prezent, mult mai multe boli pot fi atribuite agenților virali, virușii comensali nepatogeni sunt omniprezenți, iar descrierea viromurilor de mediu face progrese.
Acest ritm accelerat de descoperire a virusurilor vine atât cu posibilități fantastice, cât și cu riscuri semnificative. În prezent, era genomică definește universul viral prin caracterizarea genotipurilor, dar aceste genotipuri sunt rareori asociate cu un fenotip și/sau o entitate fizică. În plus, clasificarea taxonomică de ultimă oră a virusurilor recunoaște doar câteva mii de specii virale, dintre care o mare parte infectează oamenii. Acest lucru contrastează puternic cu diversitatea organismelor celulare de care toți virușii depind pentru replicarea lor.
În acest subiect de cercetare Frontiers in Virology Research Topic on Virus Discovery by Metagenomics (Descoperirea virușilor prin metagenomică), vom discuta despre modul în care abordările metagenomice și bioinformatice au fost utilizate pentru a descoperi, clasifica și caracteriza virusurile noi. Întrebările dificile trebuie să fie confruntate și trebuie instituite controale. La fel ca în goana după aur din California, marile descoperiri în metagenomica virală pot fi făcute doar prin recunoașterea și abordarea celor mai importante capcane.
Ce abordări experimentale și conducte de analiză există pentru metagenomica virală? Când putem fi convinși că am identificat un nou genom viral? Sunt depășite regulile actuale privind ceea ce este acceptat ca fiind un genom viral? Cât de grav amenință recombinarea genomică virală o asamblare fiabilă? Cum putem adnota sau înțelege funcțiile noilor gene virale? Cum putem determina rolul unui virus nou descoperit în procesele de ordin superior? Cum poate fi implementată abordarea metagenomică într-un cadru clinic? Ce ne spune compoziția unei comunități virale asociate cu gazda despre starea de sănătate a acesteia? Cât de stabilă este compoziția comunității virale în timp și spațiu? Și, bineînțeles: ce perle din universul viral am descoperit deja prin utilizarea metagenomicii?
Pentru această temă de cercetare, solicităm lucrări de cercetare originale atât de la grupuri experimentale, cât și bioinformatice. În plus, vom rezerva, de asemenea, un anumit spațiu pentru recenzii și perspective care abordează întrebările enumerate mai sus sau alte subiecte fierbinți de la frontierele domeniului descoperirii virusurilor prin metagenomică.
Notă importantă: Toate contribuțiile la această temă de cercetare trebuie să se încadreze în domeniul de aplicare al secțiunii și al revistei la care sunt trimise, așa cum sunt definite în declarațiile lor de misiune. Frontiers își rezervă dreptul de a îndruma un manuscris care nu face parte din domeniul de aplicare către o secțiune sau o revistă mai potrivită în orice etapă a evaluării colegiale.