San Diego PadresEdit
Lee a fost recrutat în prima rundă (a 14-a la general) a draftului MLB din 1993 de către San Diego Padres, și a debutat în MLB la 28 aprilie 1997.
Florida MarlinsEdit
Tranzacționat, împreună cu jucători de perspectivă, la Florida Marlins un an mai târziu pentru Kevin Brown, Lee a fost membru al echipei Marlins din campionatul World Series 2003. Lee a câștigat prima sa Mănușă de Aur în timpul sezonului de campionat din 2003, iar apucarea sa spectaculoasă și scoaterea neasistată la o lovitură dură a lui Hideki Matsui cu o lovitură de linie cu un singur hop a oprit un raliu al lui Yankees și a încheiat meciul 5 din World Series cu o victorie a lui Marlins. Marlins au continuat să câștige World Series în Meciul 6.
Chicago CubsEdit
Lee a fost transferat la Cubs pentru Hee-seop Choi. El a lovit .278 cu 32 de home run-uri și 98 de RBI-uri în primul său an cu Cubs. În 2005, Lee a avut o primă jumătate de sezon de carieră, cu o medie la bătaie de .376, lider în MLB, 72 de RBI-uri și o egalitate pentru poziția de lider al ligii majore la numărul de home run-uri cu 27.
Cubs l-au tranzacționat pe superstarul Sammy Sosa, care fusese anterior unul dintre cei mai buni lovitori ai lor, înainte de sezonul 2005. Lee a arătat de timpuriu că poate mai mult decât să compenseze pierderea și, în timp ce Sosa a avut un sezon 2005 dezamăgitor cu Baltimore Orioles, Lee a avut un an de carieră. Până la jumătatea sezonului, el se afla printre liderii MLB la fiecare dintre categoriile triplei coroane: medie la bătaie, home run-uri și RBI-uri. Lee a reușit cel de-al 200-lea home run din carieră la 28 august 2005, în fața lui Josh Beckett, titularul echipei Florida Marlins. A terminat anul cu cel mai bun rezultat din carieră, 46 de home run-uri. Media sa de 0,335 la bătaie a fost cea mai mare a unui Cub de la 0,339 a lui Bill Madlock în 1976 și l-a făcut să fie primul Cub de la Bill Buckner în 1980 care a câștigat un titlu la bătaie în Liga Națională. El a terminat, de asemenea, pe locul al treilea în votul NL MVP și a câștigat premiile NL Gold Glove și Silver Slugger la prima bază în acel an.
Lee a fost numit pe lista SUA pentru World Baseball Classic 2006, unde a fost primul jucător care a lovit un home run pentru echipa SUA în World Baseball Classic.
La 10 aprilie 2006, Lee a semnat o prelungire de cinci ani, 65 milioane de dolari cu Chicago Cubs. Înțelegerea a înlocuit contractul său pentru sezonul 2006 și l-a prelungit ca jucător de primă bază al lui Cubs până în sezonul 2010 și a inclus o clauză de netranzacționare. El și-a rupt încheietura mâinii la mai puțin de două săptămâni mai târziu, într-o coliziune în care a fost implicat basistul Rafael Furcal, și a ratat 59 de meciuri din cauza acestei accidentări. Cubs a înregistrat un record de 19-40 în timpul perioadei în care Lee a stat pe lista de invaliditate. Mai târziu, Lee a intrat din nou pe lista persoanelor cu dizabilități cu o inflamație post-traumatică la nivelul osului exterior al părții mediale a încheieturii mâinii.
În 2008, Lee a reușit 20 de home run-uri, 90 de RBI-uri și a avut un .291 la bătaie în timp ce Cubs a avut cel mai bun record al sezonului regulat din Liga Națională, conducându-i pe Cubs la campionatul NL Central, pierzând ulterior în NLDS în fața celor de la Los Angeles Dodgers, 3-0. În 2009, Lee a depășit un început lent cu o serie de 21 de meciuri de lovituri, de la 29 mai până la 24 iunie, și a terminat pe locul nouă în voturile pentru NL MVP, deoarece a avut o medie la bătaie de .306 și a reușit 35 de home run-uri și 111 RBI-uri.
La 9 iunie 2010, Lee a reușit al 300-lea home run din carieră într-un meci împotriva celor de la Milwaukee Brewers.
La 25 iunie 2010, Lee a fost implicat într-o altercație în dugout cu aruncătorul Cubs Carlos Zambrano după ce aruncătorul a renunțat la patru alergări în prima repriză și se pare că i-a reproșat lui Lee faptul că nu a reușit să rețină o dublă de la începutul meciului, lovită puternic. Zambrano a fost suspendat pentru comportamentul său.
Atlanta BravesEdit
La sfârșitul lunii iulie 2010, Lee și-a folosit drepturile de zece și cinci pentru a se opune unui schimb cu Los Angeles Angels. La 18 august 2010, Lee, cu aprobarea sa, a fost tranzacționat la Atlanta Braves în schimbul unor aruncători de ligă secundară Robinson Lopez, Tyrelle Harris și Jeffrey Lorick. Lee a început să fie titular la Braves la 20 august 2010, inclusiv în postsezon în NLDS.
Baltimore OriolesEdit
Lee a fost semnat de la agenția liberă pentru un contract pe un an cu Baltimore Orioles pentru sezonul 2011. El a jucat în 85 de meciuri cu Orioles, care se confruntă cu dificultăți, având un indice de 0,246, cu 12 home run-uri și 41 de puncte reușite.
Pittsburgh PiratesEdit
La 30 iulie 2011, Lee a fost transferat la Pirates pentru jucătorul de primă bază din liga secundară de clasa A Aaron Baker și bani. Lee a lovit două home run-uri în primul său meci ca Pirate. El a fost lovit de o aruncare și și-a rupt un os de la încheietura mâinii stângi pe 3 august și a ratat cea mai mare parte a lunii următoare, dar apoi a terminat sezonul în mod productiv ca jucător de primă bază la Pittsburgh. Jucând în 28 de meciuri ca Pirate în 2011, Lee a avut o medie de 0,337 la bătaie, cu 7 home run-uri și 18 RBI.
.