1 Introducere
Clonorchis sinensis, Opisthorchis felineus și Opisthorchis viverrini (phylum Platyhelminthes; clasa Trematoda; familia Opisthorchiidae) sunt fluviile hepatice importante de origine alimentară care infectează ~ 24 de milioane de persoane din întreaga lume și provoacă o povară globală de peste 349 737 de ani de viață ajustați în funcție de invaliditate (Furst et al., 2012). Fiind un fluke hepatic larg răspândit, C. sinensis infectează cel puțin 15 milioane de persoane, predominant în China, Vietnam, Coreea și Orientul Îndepărtat al Rusiei (Furst et al., 2012; Qian et al., 2016).
Infecția cu C. sinensis provoacă clonorhioza, care este o boală tropicală neglijată (Qian et al., 2016). Infecția cu C. sinensis duce adesea la boli hepatobiliare cronice, cum ar fi fibroza hepatică, și poate induce colangiocarcinomul (CCA), un cancer malign al sistemului biliar. Prin urmare, C. sinensis a fost clasificat ca agent cancerigen de clasa I de către Agenția Internațională pentru Cercetare în Domeniul Cancerului (Choi et al., 2004, 2011; Grosse et al., 2009).
Până în prezent, nu există niciun vaccin disponibil pentru a preveni clonorhioza, iar oamenii nu au rezistență la reinfecție (Qian et al., 2016). Utilizarea repetată a singurului medicament recomandat, praziquantel (PZQ), crește riscul ca fluviul să dezvolte rezistență la medicament (OMS, 2013). Pentru a controla mai bine clonorexia, s-au efectuat cercetări privind biologia și epidemiologia parazitului și s-au axat pe diagnostic și tratament. În prezent, este posibilă o înțelegere profundă a biologiei moleculare a C. sinensis, susținută de utilizarea de noi resurse transcriptomice și genomice produse cu ajutorul tehnologiilor de secvențiere de mare capacitate (Huang et al., 2013; Wang et al., 2011; Yoo et al., 2011; Young et al., 2010). Genomul de C. sinensis din China oferă o bază pentru a explora căile și procesele moleculare la acest fluviu hepatic. De exemplu, genomul lui C. sinensis codifică o gamă completă de gene necesare pentru a metaboliza lipidele gazdei, dar nu conține gene legate de biosinteza canonică a acizilor grași (Huang et al., 2013; Wang et al., 2011). În plus, acest genom codifică un număr mare de proteine excretoare-secretoare (ESP), dintre care multe sunt presupuse a fi implicate în interacțiunile gazdă-parazit. Cu toate acestea, nu există informații detaliate privind funcțiile genelor/produselor genetice relevante din punct de vedere biologic sau nivelurile de variație genetică între diferitele izolate geografice de C. sinensis.
S-a presupus că un singur genom nuclear de C. sinensis este suficient pentru a reprezenta toate izolatele distincte din punct de vedere geografic ale acestei specii (Huang et al., 2013; Wang et al., 2011). Cu toate acestea, dovezile de variație cariotipică în cadrul C. sinensis și a speciilor criptice din cadrul fluke opisthorchiidelor înrudite, O. viverrini (cf. Petney et al., 2013), evidențiază importanța studierii și comparării geneticii izolatelor distincte din punct de vedere geografic ale C. sinensis. Studiile anterioare ale unor loci genetici selectați sugerează că variația acestui parazit a fost influențată de factori multipli, cum ar fi ciclul de viață, schimbările climatice și adaptarea la mediu (Chelomina et al., 2014; Tatonova et al., 2012, 2013). De exemplu, se pare că variația nucleotidă scăzută și haplotipică ridicată în gena mitocondrială cox1 în cadrul C. sinensis este legată de o expansiune rapidă a populației după epoca glaciară (Chelomina et al., 2014; Tatonova et al., 2012). Cu toate acestea, o astfel de concluzie necesită investigații aprofundate de genetică a populației.
În prezent, este posibil să se efectueze astfel de investigații la nivelul întregului genom cu ajutorul tehnologiilor de secvențiere de mare randament și al bioinformaticii avansate. Astfel de cercetări ar permite explorarea structurilor și substructurilor genetice ale populațiilor de C. sinensis, precum și a variației genelor/produselor genice care sunt implicate în procesele de infectare și/sau de adaptare. Scopul acestui capitol este de a oferi o prezentare generală a biologiei, epidemiologiei, patogenezei, diagnosticului și controlului C. sinensis/clonocarozei; de a trece în revistă în mod critic cunoștințele actuale de genetică, biologie moleculară și genomică a C. sinensis; și de a evidenția noile tehnologii de secvențiere, precum și instrumentele și resursele genomice care pot fi utilizate acum pentru viitoarele studii genetice ale acestui parazit important.
.