Amonificarea este procesul prin care azotul legat organic din biomasa microbiană, vegetală și animală este reciclat după moartea acestora. Amonificarea este realizată de o gamă variată de microorganisme care efectuează servicii de descompunere ecologică, iar produsul său este amoniacul sau ionul de amoniu. Amoniul este o sursă adecvată de nutriție pentru multe specii de plante, în special pentru cele care trăiesc în soluri acide. Cu toate acestea, majoritatea plantelor nu pot utiliza eficient amoniul și au nevoie de nitrat ca sursă esențială de nutriție cu azot.
Nitratul este sintetizat din amoniu printr-un proces bacterian important cunoscut sub numele de nitrificare. Primul pas în nitrificare este oxidarea amoniului în nitriți (NO- 2 ), o funcție realizată de bacteriile din genul Nitrosomonas. Odată format, nitritul este rapid oxidat în continuare în nitrat, de către bacteriile din genul Nitrobacter. Bacteriile responsabile de nitrificare sunt foarte sensibile la aciditate, astfel încât acest proces nu are loc în proporții semnificative în sol sau apă acidă. Acesta este motivul pentru care plantele din habitatele acide trebuie să fie capabile să utilizeze amoniul ca sursă de nutriție cu azot.
.