Există în prezent patru exemplare care au supraviețuit din Apocalipsa secretă a lui Ioan. Ele sunt în mare parte aceleași în structura și conținutul lor de bază. O diferență notabilă între codicile este lungimea lor individuală. Codexul Berlin și Codexul Nag Hammadi III sunt mai scurte decât Codicele Nag Hammadi I și II. Un alt punct de departajare între codice este reprezentarea figurii Mântuitorului/Cristos. Codexul Berlin folosește în general mai frecvent termenul „Hristos”, în timp ce narațiunea din Codexul Nag Hammadi III înlocuiește adesea termenul „Domnul” sau „Mântuitorul”. Cu toate acestea, Codexul Nag Hammadi III își încheie textul cu rugăciunea „Iisus Hristos, Amin”. O distincție suplimentară, în ceea ce privește încadrarea creștină a textelor, este faptul că Nag Hammadi Codex III intră mai în detaliu în ceea ce privește coborârea figurii lui Hristos/Salvator în lumea-închisoare a Demiurgului și rolul său în facilitarea trezirii și eliberării omenirii. Aceste distincții pot reprezenta un anumit grad de variație în modul în care cosmologia gnostică a fost împletită într-un context creștin.
Rezumatul de mai jos al apocrifului provine din traducerea lui Wisse.
Textul începe cu Ioan descriindu-și propria stare de durere și nedumerire după răstignirea lui Hristos. Mântuitorul apare apoi, ia diferite forme și, după ce alungă temerile lui Ioan, oferă următoarea narațiune cosmologică.
Cel mai înalt principiu divin este Monada. Monada este descrisă ca o „monarhie fără nimic deasupra ei”. El este suprem, absolut, etern, infinit, perfect, sfânt și autosuficient. Cu toate acestea, inefabilitatea sa transcendentă este, de asemenea, subliniată. El nu este nici cuantificabil și nici calitățile sale nu pot fi vreodată descrise cu adevărat. Monada există într-o perfecțiune de neconceput.
Monada produce din gândirea sa o entitate sau principiu divin feminin numit Barbelo. Ea este descrisă ca fiind „primul gând” și „imaginea” Monadei. În timp ce Barbelo este întotdeauna menționată ca „ea”, ea este, de asemenea, descrisă atât ca mamă, cât și ca tată primordial. Ea este, de asemenea, considerată ca fiind „primul om” și descrisă în diverși termeni de androginie. Ea este prima dintr-o clasă de ființe denumite Eoni, iar un schimb între ea și Monadă îi aduce la existență pe ceilalți Eoni. În plus, proprietățile de Lumină și Minte se nasc din reflecția Monadei asupra lui Barbelo. Lumina este sinonimă cu Hristos, numit și „Hristos Autogenul”. Lumina și Mintea se angajează într-o activitate creatoare ulterioară, ajutată de și glorificând principiile superioare ale lui Barbelo și ale Monadei. Împreună, ele dau naștere altor Eoni și puteri.
În cele din urmă, unul dintre Eoni, Sophia „din Epinoia”, întrerupe armonia acestor procese, angajându-se în activitatea creatoare fără participarea sau consimțământul Spiritului Monadei și fără ajutorul unui consort masculin. Puterea creatoare a gândului ei produce o entitate numită Yaltabaoth, care este prima dintr-o serie de entități demonice incomplete, numite Arhonii. Yaltabaoth, al cărui caracter este răuvoitor și arogant, are, de asemenea, o formă grotescă. Capul său este cel al unui leu, în timp ce posedă un corp șerpuitor. Recunoscând natura diformă și imperfectă a urmașului său, Sophia încearcă să îl ascundă undeva unde ceilalți eoni nu îl vor descoperi. Actul de a-l ascunde pe Yaltabaoth are ca rezultat și faptul că Yaltabaoth însuși rămâne ignorant față de lumea superioară și față de ceilalți Eoni.
În ciuda faptului că Yaltabaoth posedă doar un singur părinte și a fost creat fără consimțământul Spiritului Monadei, el este suficient de puternic pentru a imita procesele creative ale Eonilor superiori. El creează o serie întreagă de alți Arhonți, fiecare dintre ei împărtășind caracterul său fundamental deficitar, și creează o lume pentru ca ei să locuiască. Această lume este în mod fundamental inferioară lumii de deasupra. Este modelată din întuneric, dar este animată de lumina furată de la Sophia. Rezultatul este o lume care nu este nici „lumină, nici întuneric”, ci mai degrabă „întunecată”. În aroganța și ignoranța sa, Yaltabaoth se declară singurul și gelosul Dumnezeu al acestui tărâm.
Recunoscând imperfecțiunea lui Yaltabaoth și a lumii sale contrafăcute, Sophia se pocăiește. Iertându-și greșeala, Spiritul Monadei asistă celelalte eoni și puteri în încercarea de a o răscumpăra pe Sophia și creația ei bastardă. În timpul acestui proces, Yaltabaoth și arhonii săi aud vocea Spiritului Monadei. Deși sunt îngroziți de voce, ecoul ei lasă o urmă a unei imagini a Spiritului pe „apele” care formează acoperișul tărâmului lor. Sperând să valorifice această putere pentru ei înșiși, ei încearcă să creeze o copie a acestei imagini. Rezultatul final al acestui proces este primul om uman, Adam.
Recunoscând o oportunitate de a recupera lumina întemnițată în întunericul lui Yaltabaoth și al lumii sale, Sophia și agenții ordinului superior, numiți în mod diferit „plenoria” sau „Epinoia”, iar mai târziu „pleroma”, pun la cale un plan. Aceștia îl păcălesc pe Yaltabaoth să sufle în Adam propria sa esență spirituală. Acest lucru îl animă simultan pe Adam și îl golește pe Yaltabaoth de porțiunea din ființa sa derivată din Sophia.
Văzând luminozitatea, inteligența și superioritatea generală a lui Adam, acum animat, Yaltabaoth și Arhonii regretă creația lor și fac tot posibilul să îl întemnițeze sau să scape de el. Nereușind să facă acest lucru, ei încearcă apoi să îl neutralizeze plasându-l în Grădina Edenului. În această narațiune, Grădina Edenului este un paradis fals în care fructele pomilor sunt păcatul, pofta, ignoranța, închisoarea și moartea. În timp ce îi oferă lui Adam acces la Pomul Vieții, ei ascund Pomul Cunoașterii Binelui și Răului. Potrivit acestei narațiuni, Pomul Cunoașterii reprezintă de fapt pătrunderea forțelor pozitive ale lumii superioare și ale Epinoiei în domeniul lui Yaltabaoth.
În acest punct al narațiunii, Hristos îi dezvăluie lui Ioan că el a fost cel care l-a determinat pe Adam să consume fructul Pomului Cunoașterii. În plus, este dezvăluit faptul că Eva este un ajutor trimis de agenți ai ordinii superioare pentru a ajuta la eliberarea luminii întemnițate în creația lui Yaltabaoth și în Adam. Ea este creată atunci când Yaltabaoth încearcă să scoată lumina din Adam. Acest lucru duce la crearea corpului feminin. Când Adam o percepe, el vede o reflectare a propriei sale esențe și este eliberat de puterea vrăjitoare a lui Yaltabaoth.
Narațiunea detaliază apoi încercările lui Yaltabaoth de a recâștiga controlul asupra esenței Luminii. Schema sa principală este de a iniția activitatea de reproducere umană, prin care speră să creeze noi corpuri umane locuite de un spirit contrafăcut. Acest spirit contrafăcut îi permite lui Yaltabaoth și agenților săi să înșele rasa umană, menținându-i în ignoranța adevăratei lor naturi, și este principalul mijloc prin care Yaltabaoth menține umanitatea în subjugare. Este sursa tuturor relelor și confuziei pământești și îi face pe oameni să moară „fără să fi găsit adevărul și fără să-L cunoască pe Dumnezeul adevărului”.
După această revelație, narațiunea ia apoi forma unei serii de întrebări și răspunsuri între Ioan și Mântuitorul. Acestea abordează o serie de subiecte, dar sunt în mare parte de natură soteriologică. Ioan Îl întreabă pe Hristos cine este eligibil pentru mântuire, iar Hristos îi răspunde că cei care intră în contact cu adevăratul Duh vor primi mântuirea, în timp ce cei care sunt dominați de duhul contrafăcut vor primi damnarea. În acest context, Hristos își dezvăluie, de asemenea, propriul rol de agent eliberator al tărâmului superior. Hristos, care se descrie pe Sine însuși ca fiind „amintirea Pronoiei” și „amintirea pleromei”, aduce lumină în întunericul închisorii lui Ialtabaoth. Aici, el trezește prizonierii la trezire și la aducere aminte. Cei care primesc și sunt treziți de revelația lui Hristos sunt înviați și „pecetluiți… în lumina apei cu cinci peceți”. Ei sunt astfel feriți de moarte și de damnare. Acest aspect al rolului lui Hristos este dezvoltat mai pe larg de Codexul III de la Nag Hammadi, în timp ce este omis în Codexul Berlin.
Acesta încheie mesajul lui Hristos. În cele din urmă, Mântuitorul afirmă că oricine va împărtăși aceste revelații pentru profit personal va fi blestemat. Versiunea din Codexul Nag Hammadi III a textului se încheie cu rugăciunea: „Iisus Hristos, Amin”.
.