Din cauza susceptibilității ridicate la infecții, antibioticele sunt cele mai utilizate medicamente la nou-născuți. Cu toate acestea, rezultatul utilizării antibioticelor poate fi puternic influențat de fiziologia particulară a nou-născutului, caracterizată de procesul delicat de adaptare de la viața intrauterină la cea extrauterină. Alți factori importanți care pot influența terapia cu antibiotice sunt vârsta gestațională, greutatea la naștere, restricția de creștere intrauterină, vârsta cronologică și, mai ales, imaturitatea funcției renale și hepatice. Dozarea, momentul și calea de administrare trebuie, prin urmare, să ia în considerare cu atenție variabilitatea neonatală a biodisponibilității, distribuției, metabolismului, biotransformării și excreției. Ajustarea fină a dozei și a duratei tratamentului trebuie să se bazeze pe parametrii farmacocinetici și farmacodinamici. În ciuda variațiilor semnificative ale etiologiei sepsisului, cea mai bună terapie empirică inițială a unei infecții sistemice suspecte rămâne în continuare, ca și în urmă cu câțiva ani, asocierea ampicilinei și gentamicinei. Alte antibiotice foarte eficiente și utile, cum ar fi cefalosporinele, carbanepemele sau glicopeptidele, trebuie administrate cu discernământ la sugari, urmând recomandările de utilizare restrânsă, pentru a obține o eficacitate maximă și o toxicitate minimă. În sfârșit, datorită caracteristicilor lor particulare, antibioticele macrolide au fost propuse recent pentru indicații diferite de activitatea antibacteriană. Utilizarea eritromicinei pe cale orală pentru tratamentul dismotilității gastrointestinale la nou-născuții prematuri ar putea reduce cu aproape 50% incidența colestazei asociate nutriției parenterale, în timp ce azitromicina, datorită efectelor combinate de antibiotic și antiinflamator, a fost utilizată cu succes într-un studiu pilot la sugarul cu greutate extrem de mică la naștere pentru prevenirea displaziei bronhopulmonare.