Marion foi nomeada Atleta do Ano da Associated Press Female Athlete of the Year para 2000. Ela ganhou cinco medalhas durante os Jogos Olímpicos de Verão de 2000 em Sydney, Austrália. Ela teve três medalhas de ouro para os 100m, 200m e o revezamento 4x400m. Ela teve duas medalhas de bronze no revezamento 4x100m e no salto em distância. No entanto, todas as medalhas e prémios de Setembro de 2000 foram confiscados depois de ter admitido, em Outubro de 2007, que tinha tomado drogas que melhoravam o desempenho desde os Jogos Olímpicos de Verão de 2000 e que mentiu sobre isso a um grande júri que investigava as criações que melhoravam o desempenho de Victor Conte e da Bay Area Laboratory Cooperative (BALCO). Ela também anunciou sua aposentadoria durante sua admissão.
Jones foi uma das pessoas mais famosas a ser ligada ao escândalo BALCO na época de sua admissão e subsequente confissão de culpa. O caso abrangeu mais de 20 atletas de alto nível, incluindo o seu ex-marido C.J. Hunter e o pai do seu primeiro filho, Tim Montgomery, velocista de 100m. Ela é atualmente casada com Oba Thompson e usa o sobrenome dele. Ela agora é conhecida como Marion Jones-Thompson e eles têm dois filhos.