Aqueça previamente o forno a 400ºF. Coloque as amêijoas em uma única camada em uma panela muito grande, e adicione água fria suficiente para subir até a dobradiça traseira das amêijoas (5 a 6 xícaras). Cubra e leve ao lume brando. Reduza o calor conforme necessário para manter uma fervura baixa; cozinhe até as amêijoas abrirem, cerca de 5 minutos. Retire a panela do lume, e descubra. Deixe repousar até que as amêijoas esfriem o suficiente para aguentar. Retire as amêijoas da panela, reservando o caldo. Descarte as amêijoas não abertas. Remova a carne das amêijoas das conchas; corte finamente a carne e reserve.
Usando tesouras de aves, corte através das dobradiças da concha. Disponha as meias cascas em uma chapa de alumínio revestida de folha de alumínio. Deite 2 copos de caldo de amêijoas num copo medidor de líquido, deixando qualquer areia ou resíduo no fundo da panela. Reserve o caldo de amêijoas. Reserve qualquer caldo restante para outro uso, ou descarte.
Manteiga de feltro em uma frigideira grande em média. Adicione a salsicha, e cozinhe, mexendo ocasionalmente, até que a salsicha tenha enchido e liberado seu óleo vermelho, 1 a 2 minutos. Retire a salsicha com uma colher com fendas, e transfira para um prato forrado com toalhas de papel para escorrer. Adicione cebola, aipo e pimentão à frigideira; mexa para cobrir de gordura. Cozinhe, mexendo frequentemente, até que os legumes estejam amolecidos, cerca de 8 minutos. Adicione o alho, e cozinhe, mexendo com frequência, 1 minuto. Retire do fogo.
Adicionar carne de amêijoa picada, salsicha, pão ralado, tomilho e 1 xícara de caldo de amêijoa reservado à frigideira, e volte a aquecer em fogo médio. Dobre para combinar; cozinhe apenas até aquecer, cerca de 1 minuto. (Se a mistura estiver muito seca, adicione 1 xícara de caldo de amêijoas, 1/4 xícara de cada vez, conforme necessário. A mistura deve estar húmida mas não molhada). Mexa em salsa, sal e pimenta preta.
Dividir o recheio entre as cascas de amêijoas em uma assadeira preparada (cerca de 1/4 xícara cada). Asse em forno pré-aquecido até que a cobertura esteja dourada, cerca de 20 minutos. Divida o recheio entre 8 pratos; decore com raminhos de salsa e sirva imediatamente com cunhas de limão.