Um peptídeo é o nome atribuído a polímeros curtos de aminoácidos. Eles são classificados pelo número de unidades de aminoácidos na cadeia, chamados resíduos de aminoácidos. Os tripeptídeos têm três resíduos de aminoácidos enquanto os tetrapeptídeos têm quatro. Um polipéptido é formado quando a cadeia de resíduos de aminoácidos excede várias dúzias de comprimento. Uma proteína é uma molécula composta de uma ou mais cadeias de polipeptídeos.
Proteínas são polímeros não ramificados de aminoácidos ligados da cabeça à cauda do grupo carboxil ao grupo aminoácido, através da formação de ligações peptídeo covalentes. A espinha dorsal do peptídeo de uma proteína consiste na seqüência repetida.
-N-Ca- C, onde N representa o nitrogênio amida, Ca representa o átomo de carbono de um aminoácido na cadeia do polímero, e o C final é o carbono carbonilo do aminoácido. Este C é por sua vez ligado à amida N do próximo aminoácido, e assim por diante. A cadeia não ramificada de polipeptídeos tem duas extremidades, uma extremidade amino-terminal ou N-terminal e uma extremidade carboxil-terminal ou C-terminal.