A afiliação religiosa na Nigéria está fortemente relacionada com a etnicidade, com divisões regionais bastante distintas entre os grupos étnicos. Os estados do norte, dominados pelos grupos Hausa e Fulani, são predominantemente muçulmanos, enquanto os grupos étnicos do sul têm um grande número de cristãos. No sudoeste, não existe uma religião predominante. A tribo iorubá, que é o grupo étnico majoritário no sudoeste, pratica o cristianismo, muçulmano, e/ou a religião tradicional iorubá, que se centra na crença em um deus supremo e em várias deidades menores.
As estatísticas gerais indicam que cerca de 50% da população é muçulmana, com uma maioria praticando o ramo sunita da fé. Cerca de 40% são cristãos e cerca de 10% praticam as religiões tradicionais africanas ou não praticam nenhuma religião. Muitas pessoas
incluir elementos de crenças tradicionais na sua própria prática do cristianismo ou do islamismo. A comunidade cristã é composta por católicos romanos (a maior denominação), metodistas, anglicanos, batistas, presbiterianos e membros de grupos evangélicos e pentecostais.
Embora a constituição proíba os governos estaduais e locais de declarar uma religião oficial, vários estados adotaram recentemente várias formas da lei criminal e civil islâmica conhecida como Shari’ah, um movimento que muitos cristãos acreditam ser uma adoção do Islã como a religião de facto. A constituição também prevê a liberdade de religião, no entanto, alguns estados restringiram manifestações religiosas, procissões ou reuniões como uma questão de segurança pública. Sabe-se que os empresários e os funcionários públicos têm discriminado indivíduos de uma fé diferente da sua em matéria de prestação de serviços e de práticas de contratação. O mesmo tipo de discriminação existe entre membros de diferentes grupos étnicos. Certos feriados cristãos e muçulmanos são oficialmente observados.
Existe um alto grau de tensão entre cristãos e muçulmanos com um histórico de violência contra ambos os grupos. No entanto, os conflitos podem ter origem principalmente em diferenças étnicas e regionais, uma vez que há uma série de relatos de violência entre diferentes grupos étnicos da mesma religião.