Nos últimos anos, numerosos LGBT têm sido assassinados com alguns culpados por estes actos, tanto políticos como da comunidade religiosa.
O corpo desmembrado do estudante universitário Jorge Steven López Mercado, de 19 anos, foi descoberto a 14 de Novembro de 2009 em Cayey, uma cidade localizada na região interior da ilha. López era amplamente conhecido como um voluntário de organizações que defendem os direitos dos gays e a prevenção do HIV, e ativistas planejaram vigílias de lembrança para ele em cidades como San Juan, Chicago e Nova York. De acordo com a polícia local, está sob investigação como um possível crime de ódio, sob a recém aprovada lei federal de crimes de ódio dos EUA, que inclui crimes contra pessoas que são (ou percebidos como sendo) gays ou transgêneros. Juan A. Martinez Matos foi preso alguns dias depois que o corpo de López Mercado foi descoberto. Em 12 de Maio de 2010, Martinez Matos declarou-se culpado e foi condenado a 99 anos de prisão pelo assassinato de López Mercado.
Em 19 de Abril de 2010, o corpo de Ashley Santiago, uma mulher transexual que residia na cidade de Corozal, foi descoberto na cozinha da sua casa. Santiago, estilista de um salão local, foi encontrada nua no chão e foi esfaqueada 14 vezes por um assaltante desconhecido.
Em 13 de Setembro de 2010, os corpos de Justo Luis “Michelle” Gonzalez e Miguel Orlando “La Flaca” Soto, dois transexuais foram encontrados assassinados ao longo de uma estrada na pequena cidade de Juana Diaz. Com essas duas mortes, ativistas LGBT da ilha declararam que nove gays e transexuais foram mortos nos últimos 10 meses na ilha, e as autoridades locais não responderam adequadamente a esses crimes. Em outubro de 2012, Malena Suarez, uma mulher transexual vivendo na Carolina, foi encontrada morta em sua casa como resultado de múltiplas facadas. Sua morte marcou o 30º homicídio anti-LGBT em Porto Rico em uma década.