Marion Sinclair morreu em 1988, por isso a canção ainda está sob copyright, de acordo com a lei australiana de copyright. Os direitos de publicação são detidos pela Larrikin Music. Nos Estados Unidos, os direitos são administrados pela Music Sales Corporation em Nova York.
Em junho de 2009, Larrikin Music processou a banda Men at Work por violação de direitos autorais, alegando que parte do riff da flauta do single “Down Under” de 1981 da banda foi copiado de “Kookaburra”. Esta acção seguiu-se a um episódio de Spicks and Specks onde este uso foi a base de uma pergunta do painel. O conselho da gravadora e editora da banda (Sony BMG Music Entertainment e EMI Songs Australia) alegou que, com base no acordo sob o qual a música foi escrita, os direitos autorais foram realmente mantidos pela Girl Guides Association. Em 30 de julho de 2009, o juiz Peter Jacobson, do Tribunal Federal da Austrália, fez uma decisão preliminar que Larrikin era dono dos direitos autorais da música, mas a questão de se os compositores Colin Hay e Ron Strykert tinham ou não plagiado o riff seria determinada em data posterior. Em 4 de Fevereiro de 2010, o Juiz Jacobson proferiu o seu acórdão que Men at Work tinha infringido os direitos autorais de Larrikin, e que ambas as gravações apresentadas ao tribunal “… reproduzem uma parte substancial de Kookaburra”. Larrikin solicitou posteriormente à corte que recebesse entre 40 e 60 por cento dos royalties da música com data retroativa a 1981, mas em 6 de julho de 2010 o Juiz Jacobson concedeu à companhia 5 por cento dos royalties com data retroativa a 2002 – acreditado como sendo uma quantia de seis dígitos.
Em 31 de março de 2011 um recurso da gravadora EMI foi negado pelos juízes Arthur Emmett, Jayne Jagot e John Nicholas, que concluíram que houve uma violação dos direitos autorais da música “Kookaburra Sits in the Old Gum Tree”. Um dos compositores da banda, Colin Hay, disse que depois o resultado foi decepcionante e que eles considerariam sua posição depois de reverem o julgamento mais de perto. Em outubro de 2011, a banda perdeu a sua última oferta no tribunal quando o Tribunal Superior da Austrália recusou-se a ouvir um recurso.