Em 1995 a FACTNet foi apresentada nas notícias devido a um processo judicial sobre a apreensão de servidores e arquivos da FACTNet pelo Religious Technology Center (RTC), uma sub-organização da Igreja de Scientology criada para supervisionar a proteção das suas marcas registadas e direitos autorais. Em agosto de 1995, advogados do RTC foram a um juiz de Denver alegando violação de direitos autorais e uso ilegal de documentos de Scientology pela FACTNet, uma crítica vocal das práticas da organização. Uma rusga à casa de dois diretores foi realizada em 21 de agosto de 1995, por dois marshals dos EUA e seis representantes do RTC, com a busca real de documentos incriminatórios conduzida apenas pelo RTC. Testemunhas das buscas testemunharam que os marechais permitiram que os representantes do RTC fossem muito além do escopo da ordem em sua busca de informações. Os marechais também não revistaram os representantes antes ou depois da busca, o que lhes permitiu transportar discos e outros documentos contendo informações críticas. A FACTNet acusou imediatamente a Igreja de Scientology de tentar silenciar a sua voz, roubando e contaminando informações vitais para os seus contínuos ataques e processos judiciais contra a Igreja. As rusgas provocaram debates tanto na Internet como no ambiente universitário, com manifestantes universitários em Denver, Colorado, segurando sinais que liam: “Hands Off the Internet” e “Scientology Harasses Critics”, enquanto os contraprotestantes no Tribunal do Condado de Boulder carregavam sinais como: “Apenas criminosos espalham a ilegalidade na Internet.”
FACTNet entrou com um processo, e a 14 de Setembro de 1995, um juiz federal considerou a apreensão ilegal porque violava o direito da FACTNet à liberdade de expressão na Internet, e ordenou ao RTC que devolvesse todos os computadores e ficheiros que foram apreendidos. Em sua decisão no Tribunal Distrital dos Estados Unidos, o Juiz John Kane declarou: “O interesse público é melhor servido pela livre troca de ideias.” No entanto, a FACTNet afirma que sofreu danos irreparáveis, pois o sigilo de seus documentos havia sido violado pelo RTC. Um advogado da Fundação Fronteira Eletrônica aprovou a decisão do juiz na matéria, afirmando: “Eles certamente não têm o direito de apreender tudo e de pescar ao redor. Parece haver este pensamento de que as coisas que estão contidas num computador não estão sujeitas às mesmas protecções. Acho que a lei está a apanhar o peixe”. Helena K. Kobrin, uma advogada da Igreja de Scientology com a firma Moxon & Kobrin, defendeu as apreensões dos computadores, dizendo após a decisão do juiz: “A decisão de ontem foi um dia muito triste para os proprietários de propriedade intelectual e um dia muito triste para a Internet”
Numa série de casos, Scientology (através da subsidiária Bridge Publications) processou a FACTNet por alegadas violações de direitos de autor. Em 1998, o juiz federal John Kane negou o pedido de Scientology para um julgamento sumário porque a FACTNet contestou a propriedade de Scientology dos direitos de autor dos documentos. Um acordo foi alcançado mais tarde em 1999, cujos termos eram que se a FACTNet for alguma vez considerada culpada de violações dos direitos autorais da igreja, eles são permanentemente obrigados a pagar à igreja 1 milhão de dólares.
FACTNet tem mantido um perfil relativamente baixo de notícias desde 1999, ocasionalmente citada por falar contra tópicos que eles consideram importantes. O filme Battlefield Earth de 2000, estrelado por John Travolta, gerou controvérsia porque foi baseado num livro de L. R. Hubbard, o fundador da Igreja de Scientology, e Travolta era um Scientologist bem conhecido. O Guardian relatou as alegações da FACTnet de que o filme era uma peça de proselitismo para Scientology, notando: “A FACTnet sugeriu que as mensagens subliminares tinham sido habilmente inseridas pelos Scientologists para conquistar novos convertidos para se juntarem à igreja”. Os realizadores do filme afirmaram que não tinha nada a ver com a Igreja de Scientology, mas o The New York Times relatou as afirmações da FACTnet: “…o filme foi secretamente financiado por Scientology, e que Scientology planeia recrutar esforços para coincidir com o lançamento do filme”. O professor de sociologia James Richardson não concordou com as afirmações da FACTnet, afirmando: “Duvido seriamente que alguém vá sair e juntar-se a Scientology só porque vê este filme”. Em 2002, depois de Lawrence Wollersheim ter ganho um julgamento de 8,7 milhões de dólares contra a Igreja de Scientology, a FACTnet publicou uma declaração dele no site, citando: “O culto que jurou que nunca me pagaria um tostão magro já pagou mais de 86 milhões de tostões magros.” A FACTNet falou em apoio a um episódio do programa de TV South Park, atribuindo ao seu pessoal a “Pessoa(s) FACTNet do Ano 2005” para o episódio satírico sobre Scientology, “Preso no Armário”. Em 2006, o diretor da FACTnet Wollersheim foi consultado para a história das 48 Horas sobre a morte do Scientologist Elli Perkins, “Scientology – Uma Questão de Fé”. O Wollersheim foi citado na peça, afirmando: “Cientologia”. Eles são o pior exemplo de controlo da mente num cenário religioso que alguma vez existiu”. O programa também observou que a Igreja de Scientology o caracteriza como um “mentiroso e uma fraude”, e afirma que a maioria dos seus membros vivem vidas felizes e realizadas.