Nos últimos cem anos, a descoberta de novos vírus tem sido um processo gradual. Os vírus foram descritos um a um utilizando um conjunto de técnicas como a microscopia electrónica e a cultura de vírus. Os investigadores estavam normalmente interessados num estado de doença dentro de um organismo, e as expedições em ecologia viral eram raras. O advento da metagenómica usando sequenciamento de alto rendimento revolucionou não só a taxa de descoberta de vírus, mas também a natureza das descobertas. Por exemplo, muito mais doenças podem agora ser atribuídas a agentes virais, os comensais virais não patogénicos são omnipresentes, e a descrição dos viromes ambientais está a progredir.
Esta taxa acelerada de descoberta de vírus vem tanto com possibilidades fantásticas como com riscos significativos. Actualmente, a era genómica define o universo viral através da caracterização de genótipos, mas estes genótipos raramente estão associados a um fenótipo e/ou a uma entidade física. Além disso, a classificação taxonómica de vírus mais avançada reconhece apenas vários milhares de espécies virais, uma grande fracção das quais infecta seres humanos. Isto contrasta fortemente com a diversidade dos organismos celulares dos quais todos os vírus dependem para a sua replicação.
Neste Frontiers in Virology Research Topic on Virus Discovery by Metagenomics, vamos discutir como abordagens metagenómicas e bioinformáticas têm sido usadas para descobrir, classificar e caracterizar novos vírus. Questões difíceis devem ser enfrentadas e controles devem ser colocados em prática. Como na Corrida do Ouro da Califórnia, grandes descobertas em metagenómica viral só podem ser feitas através do reconhecimento e abordagem das armadilhas mais significativas.
Que abordagens experimentais e condutas de análise existem para metagenómicas virais? Quando podemos estar satisfeitos por termos identificado um novo genoma viral? As regras atuais do que é aceito como um genoma viral estão ultrapassadas? Quão severamente a recombinação do genoma viral ameaça uma montagem confiável? Como podemos anotar ou compreender as funções dos novos genes virais? Como podemos determinar o papel de um vírus recém-descoberto em processos de ordem superior? Como a abordagem metagenômica pode ser implementada em um ambiente clínico? O que a composição de uma comunidade viral associada a um hospedeiro nos diz sobre o estado de saúde deste hospedeiro? Quão estável é a composição da comunidade viral ao longo do tempo e do espaço? E, claro: que pérolas do universo viral já descobrimos usando a metagenómica?
Para este tópico de pesquisa, solicitamos trabalhos originais de pesquisa tanto de grupos experimentais como bioinformáticos. Além disso, também reservaremos algum espaço para revisões e perspectivas que abordem as questões listadas acima ou outros tópicos quentes das fronteiras do campo da descoberta de vírus por metagenómica.
Nota Importante: Todas as contribuições para este tópico de pesquisa devem estar dentro do escopo da seção e do periódico ao qual são submetidas, conforme definido em suas declarações de missão. Frontiers se reserva o direito de orientar um manuscrito fora do escopo a uma seção ou revista mais adequada em qualquer estágio da revisão por pares.