San Diego PadresEdit
Lee foi redigido na primeira ronda (14ª geral) do rascunho do MLB de 1993 pelos San Diego Padres, e fez a sua estreia no MLB em 28 de Abril de 1997.
Florida MarlinsEdit
Traded, juntamente com perspectivas, para os Florida Marlins um ano mais tarde para Kevin Brown, Lee foi membro da equipa do campeonato World Series Marlins de 2003. Lee ganhou sua primeira Gold Glove durante a temporada de campeonatos de 2003 e sua espetacular pegada e putout sem assistência em um duro hit Hideki Matsui one-hop line drive snuffed fora de um rally do Yankees e terminou o Jogo 5 da World Series com uma vitória dos Marlins. Os Marlins ganharam a World Series no Jogo 6.
Chicago CubsEdit
Lee foi trocado para os Cubs por Hee-seop Choi. Ele atingiu .278 com 32 home runs e 98 RBIs em seu primeiro ano com os Leõezinhos. Em 2005, Lee teve um primeiro semestre de carreira, com uma média de rebatidas líder da MLB de .376, 72 RBIs, e um empate para a liderança da liga principal em home runs com 27,
O Cubs trocou a super estrela Sammy Sosa, que já havia sido um de seus melhores rebatedores, antes da temporada 2005. Lee mostrou cedo que podia mais do que compensar a perda, e enquanto Sosa teve uma temporada decepcionante em 2005 com o Baltimore Orioles, Lee teve um ano de carreira. No meio da temporada, ele estava entre os líderes do MLB em cada uma das categorias do triplo campeonato: média de rebatidas, home runs e RBIs. Lee acertou seu home run de 200ª carreira em 28 de agosto de 2005, fora do Florida Marlins, ao lado do titular Josh Beckett. Ele terminou o ano com o melhor home run da carreira – 46 home runs. Sua média de rebatidas de 0,335 foi a mais alta por um Leãozinho desde os 0,339 de Bill Madlock em 1976 e fez dele o primeiro Leãozinho desde Bill Buckner em 1980 a conquistar um título de rebatedor da Liga Nacional. Ele também terminou em terceiro lugar na votação do NL MVP e ganhou os prêmios NL Gold Glove e Silver Slugger na primeira base naquele ano.
Lee foi nomeado para a equipe americana do Clássico Mundial de Beisebol 2006, onde foi o primeiro jogador a fazer um home run para a equipe americana no Clássico Mundial de Beisebol.
Em 10 de abril de 2006, Lee assinou um contrato de cinco anos, com o Chicago Cubs, no valor de 65 milhões de dólares. O acordo substituiu seu contrato para a temporada 2006 e o prorrogou como o primeiro jogador da base do Cubs até a temporada 2010 e incluiu uma cláusula de não-comércio. Ele quebrou o pulso menos de duas semanas depois, em uma colisão envolvendo o baserunner Rafael Furcal, e perdeu 59 jogos por causa da contusão. Os Cubs colocaram um recorde de 19-40 durante a temporada de Lee na lista de deficientes. Mais tarde, Lee voltou à lista de deficientes com uma inflamação pós-traumática no osso externo do lado medial do punho.
Em 2008, Lee acertou 20 home runs, 90 RBIs e teve um .291 rebatidas, pois os Leõezinhos tiveram o melhor aproveitamento de rebatidas da temporada regular da Liga Nacional, levando os Leõezinhos ao campeonato da NL Central, perdendo depois na NLDS para o Los Angeles Dodgers, por 3-0. Em 2009, Lee superou um início lento com 21 rebatidas de 29 de maio a 24 de junho e terminou em nono lugar na votação para a NL MVP, já que tinha uma média de rebatidas de 306, e rebatidas para 35 home runs e 111 RBIs.
Em 9 de junho de 2010, Lee bateu seu 300º home run de carreira em um jogo contra os Milwaukee Brewers.
Em 25 de junho de 2010, Lee estava envolvido em uma briga com o arremessador do Cubs Carlos Zambrano após o arremessador ter desistido de quatro corridas na primeira entrada e aparentemente culpou Lee por falhar em campo com um duplo lead-off. Zambrano foi suspenso por seu comportamento.
Atlanta BravesEdit
No final de julho de 2010, Lee usou seus dez e cinco direitos de vetar uma troca para os Los Angeles Angels. Em 18 de agosto de 2010, Lee, com sua aprovação, foi trocado para o Atlanta Braves por Robinson Lopez, Tyrelle Harris, e Jeffrey Lorick. Lee começou a servir como o primeiro base do Braves em 20 de agosto de 2010, incluindo o jogo da pós-temporada no NLDS.
Baltimore OriolesEdit
Lee foi assinado de agência livre para um contrato de um ano com o Baltimore Orioles para a temporada de 2011. Ele jogou em 85 jogos com o difícil Orioles, com um aproveitamento de rebatidas de .246 com 12 home runs e 41 corridas impulsionadas em.
Pittsburgh PiratesEdit
Em 30 de julho de 2011, Lee foi trocado para o Pirates por Aaron Baker, primeiro base da liga A e considerações de dinheiro. Lee acertou dois home runs no seu primeiro jogo como Pirata. Ele foi atingido por um lançamento e quebrou um osso no pulso esquerdo em 3 de agosto, e perdeu a maior parte do mês seguinte, mas depois terminou a temporada produtivamente como o primeiro base do Pittsburgh. Jogando em 28 jogos como Pirata em 2011, Lee bateu .337 com 7 home runs e 18 RBIs.
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