1 Introdução
Clonorchis sinensis, Opisthorchis felineus e Opisthorchis viverrini (phylum Platyhelminthes; classe Trematoda; família Opisthorchiidae) são importantes fascículos hepáticos de origem alimentar que infectam ~ 24 milhões de pessoas em todo o mundo e causam uma carga global de mais de 349.737 anos de vida ajustados à incapacidade (Furst et al., 2012). Como uma gripe hepática generalizada, C. sinensis infecta pelo menos 15 milhões de pessoas predominantemente na China, Vietnã, Coréia e Extremo Oriente russo (Furst et al., 2012; Qian et al., 2016).
C. sinensis causa clonorquíase, que é uma doença tropical negligenciada (Qian et al., 2016). A infecção com C. sinensis leva frequentemente a doenças hepatobiliares crónicas, como a fibrose hepática, e pode induzir colangiocarcinoma (CCA), um cancro maligno do sistema biliar. Assim, a C. sinensis foi classificada como um carcinógeno Classe I pela Agência Internacional de Pesquisa do Câncer (Choi et al., 2004, 2011; Grosse et al., 2009).
Até o momento, nenhuma vacina está disponível para prevenir a clonorquíase, e os seres humanos não têm resistência à reinfecção (Qian et al., 2016). O uso repetido do único medicamento recomendado, o praziquantel (PZQ), aumenta o risco do desenvolvimento de resistência aos medicamentos por acaso (OMS, 2013). Para melhor controlar a clonorquíase, foram realizadas pesquisas sobre a biologia e epidemiologia do parasita, com foco no diagnóstico e tratamento. Um profundo entendimento da biologia molecular de C. sinensis é agora possível, sustentado pelo uso de novos recursos transcriptômicos e genômicos produzidos com tecnologias de seqüenciamento de alto rendimento (Huang et al., 2013; Wang et al., 2011; Yoo et al., 2011; Young et al., 2010). O genoma de C. sinensis da China fornece uma base para explorar as vias e processos moleculares neste fasciolose hepática. Por exemplo, o genoma de C. sinensis codifica um complemento completo de genes necessários para metabolizar os lípidos hospedeiros, mas não contém genes ligados à biossíntese canónica de ácidos gordos (Huang et al., 2013; Wang et al., 2011). Além disso, este genoma codifica um grande número de proteínas secretoras do excreto (ESPs), muitas das quais são inferidas como estando envolvidas em interações hospedeiro-parasitas. Entretanto, não há informações detalhadas sobre as funções de genes/ produtos genéticos biologicamente relevantes ou níveis de variação genética entre diferentes isolados geográficos de C. sinensis.
Tem sido assumidos que um único genoma nuclear de C. sinensis é suficiente para representar todos os isolados geograficamente distintos desta espécie (Huang et al., 2013; Wang et al., 2011). No entanto, evidências de variação cariotípica dentro de C. sinensis e de espécies crípticas dentro da espécie relacionada opisthorchiid fluke, O. viverrini (cf. Petney et al., 2013), destaca a importância de estudar e comparar a genética dos isolados geograficamente distintos de C. sinensis. Estudos anteriores de loci genéticos selecionados sugerem que a variação deste parasita foi influenciada por múltiplos fatores, tais como ciclo de vida, mudança climática e adaptação ambiental (Chelomina et al., 2014; Tatonova et al., 2012, 2013). Por exemplo, parece que baixa nucleotídea e alta variação haplotípica do gene cox1 mitocondrial dentro de C. sinensis está relacionada a uma rápida expansão populacional após a idade do gelo (Chelomina et al., 2014; Tatonova et al., 2012). Entretanto, tal conclusão requer investigações genéticas profundas da população.
É agora viável realizar tais investigações em nível de genoma inteiro usando tecnologias de sequenciamento de alto rendimento e bioinformática avançada. Tal investigação permitiria a exploração das estruturas e subestruturas genéticas das populações de C. sinensis, e da variação dos genes/produtos genéticos que estão envolvidos em processos de infecção e/ou adaptação. O objetivo deste capítulo é fornecer uma base sobre a biologia, epidemiologia, patogenia, diagnóstico e controle da C. sinensis/clonorquíase; rever criticamente o conhecimento atual da genética, biologia molecular e genômica da C. sinensis; e destacar novas tecnologias de seqüenciamento, bem como ferramentas e recursos genômicos que podem agora ser empregados para futuros estudos genéticos deste importante parasita.