Ammonificação é o processo pelo qual o nitrogênio organicamente ligado da biomassa microbiana, vegetal e animal é reciclado após a sua morte. A amonificação é realizada por um conjunto diverso de microrganismos que realizam serviços de decomposição ecológica, e seu produto é amônia ou íon amônia. A amônia é uma fonte adequada de nutrição para muitas espécies de plantas, especialmente aquelas que vivem em solos ácidos. No entanto, a maioria das plantas não pode utilizar a amônia efetivamente, e elas requerem nitrato como sua fonte essencial de nutrição nitrogenada.
Nitrato é sintetizado a partir da amônia por um importante processo bacteriano conhecido como nitrificação. O primeiro passo na nitrificação é a oxidação da amônia para nitrito (NO- 2 ), uma função realizada por bactérias do gênero Nitrosomonas. Uma vez formado, o nitrito é rapidamente oxidado ainda mais para nitrato, por bactérias do gênero Nitrobacter. As bactérias responsáveis pela nitrificação são muito sensíveis à acidez, pelo que este processo não ocorre a taxas significativas no solo ácido ou na água. Esta é a razão pela qual as plantas de habitats ácidos devem ser capazes de utilizar amônia como fonte de nutrição nitrogenada.