Traktat do Jana XXII
Ockham spotkał się ponownie w Awinionie z Janem Lutterellem; w traktacie skierowanym do papieża Jana XXII były kanclerz Oksfordu potępił naukę Ockhama o Sentencjach, wydobywając z niej 56 tez, które uznał za poważnie błędne. Lutterell został następnie członkiem komisji złożonej z sześciu teologów, która na podstawie fragmentów komentarza Ockhama sporządziła dwa kolejne raporty, z których drugi był bardziej krytyczny. Ockham jednak przedstawił papieżowi inny egzemplarz Ordinatio, w którym dokonał pewnych poprawek. Wydawało się, że zostanie potępiony za swoje nauczanie, ale do potępienia nigdy nie doszło.
W klasztorze, w którym przebywał w Awinionie, Ockham spotkał Bonagratia z Bergamo, doktora prawa cywilnego i kanonicznego, który był prześladowany za sprzeciw wobec Jana XXII w kwestii ubóstwa franciszkańskiego. 1 grudnia 1327 r. do Awinionu przybył generał franciszkanów Michał z Ceseny i zatrzymał się w tym samym klasztorze; on także został wezwany przez papieża w związku ze sporem o posiadanie dóbr. Sprzeczali się o teoretyczny problem, czy Chrystus i jego Apostołowie posiadali dobra, których używali, to znaczy, czy zrzekli się wszelkiej własności (zarówno prywatnej, jak i korporacyjnej), prawa własności i prawa do używania własności. Michał utrzymywał, że ponieważ Chrystus i jego apostołowie wyrzekli się wszelkiej własności i wszelkich praw do własności, franciszkanie byli usprawiedliwieni próbując zrobić to samo.
Stosunki między Janem i Michałem stale się pogarszały, do tego stopnia, że 26 maja 1328 roku Michał uciekł z Awinionu w towarzystwie Bonagratii i Wilhelma. Ockham, który był już świadkiem w apelu potajemnie sporządzonym przez Michała 13 kwietnia, publicznie poparł apel we wrześniu w Pizie, gdzie trzej franciszkanie przebywali pod opieką cesarza Ludwika IV Bawarskiego, ekskomunikowanego w 1324 r. i ogłoszonego przez Jana XXII utratą wszelkich praw do cesarstwa. Podążyli za nim do Monachium w 1330 r. i od tego czasu Ockham pisał żarliwie przeciwko papiestwu w obronie zarówno surowej franciszkańskiej koncepcji ubóstwa, jak i cesarstwa.
Poinstruowany przez swojego przełożonego generalnego w 1328 r. do przestudiowania trzech bulli papieskich na temat ubóstwa, Ockham odkrył, że zawierają one wiele błędów, które wskazywały, że Jan XXII był heretykiem, który utracił swój mandat z powodu swojej herezji. Jego status pseudopapieża został zdaniem Ockhama potwierdzony w latach 1330-31 przez jego kazania, w których twierdził, że dusze zbawionych nie cieszą się wizją Boga zaraz po śmierci, ale dopiero po połączeniu z ciałem na Sądzie Ostatecznym, co było sprzeczne z tradycją i zostało ostatecznie odrzucone.
Niemniej jednak jego głównym sporem pozostawała kwestia ubóstwa, które uważał za tak ważne dla doskonałości zakonnej, że wymagało dyscypliny teorii: kto decyduje się żyć według ewangelicznej reguły św. Franciszka, idzie w ślady Chrystusa, który jest Bogiem, a więc królem wszechświata, ale który pojawił się jako ubogi, wyrzekając się prawa własności, poddając się władzy doczesnej i pragnąc królować na tej ziemi tylko dzięki wierze w Niego. To królowanie wyraża się w postaci Kościoła, który jest zorganizowany, ale nie ma nieomylnej władzy – ani papieża, ani soboru – i jest w istocie wspólnotą wiernych, która trwa przez wieki i z pewnością będzie trwać dłużej, nawet jeśli chwilowo zostanie zredukowana do kilku, a nawet do jednego; każdy, bez względu na status czy płeć, ma bronić w Kościele wiary, która jest wspólna dla wszystkich.
Dla Ockhama władza papieża jest ograniczona przez wolność chrześcijan, która jest ustanowiona przez Ewangelię i prawo naturalne. Jest zatem uprawnione i zgodne z ewangelią, aby stanąć po stronie cesarstwa przeciwko papiestwu lub bronić, jak to uczynił Ockham w 1339 r., prawa króla Anglii do opodatkowania dóbr kościelnych. Od 1330 do 1338 roku, w ogniu tego sporu, Ockham napisał 15 lub 16 mniej lub bardziej politycznych dzieł; niektóre z nich powstały we współpracy, ale Opus nonaginta dierum („Dzieło 90 dni”), najbardziej obszerne, zostało napisane samodzielnie.