Stany mają różne wyjątki od tej reguły, z których najbardziej rozpowszechniony jest przypadek browaru, który jest jednocześnie producentem i detalistą, i nie ma obowiązku sprzedaży dystrybutorowi. Niektóre stany dopuszczają udział podmiotu w dwóch poziomach, pozwalając np. małym browarom działać jako ich własny dystrybutor. Wiele stanów zezwala winiarniom na sprzedaż butelek wina klientom na miejscu.
Zwykle producenci przyznają dystrybutorowi wyłączne prawa do wprowadzania ich produktów do obrotu na danym obszarze geograficznym, tak aby nie było, na przykład, dwóch dystrybutorów produktów Anheuser-Busch konkurujących ze sobą.
Reguły różnią się również w zależności od tego, jakiego rodzaju relacje każdy z poziomów może nawiązać z pozostałymi dwoma poziomami. Na przykład producent może nie mieć prawa do oferowania detaliście artykułów promocyjnych lub usług. Innym przykładem jest to, że dystrybutor piwa może być odpowiedzialny za zakładanie i utrzymywanie linii produkcyjnych w restauracji lub może mieć prawny zakaz robienia tego, w zależności od stanu.
Również, kilka stanów to stany kontrolujące napoje alkoholowe – w każdej z tych jurysdykcji rządy państwowe utrzymują monopol na poziomie dystrybucji systemu (przynajmniej w przypadku napojów destylowanych). Niektóre (takie jak Utah i Pensylwania) monopolizują dystrybucję i poziomy detaliczne. Te, które utrzymują monopol tylko na system dystrybucji (takie jak Michigan), nadal można uznać za posiadające system trójwarstwowy – w takich stanach producenci sprzedają do dystrybutora (w tych przypadkach stan w przeciwieństwie do prywatnego operatora), który z kolei sprzedaje do prywatnych punktów sprzedaży detalicznej.
Znaczącym wyjątkiem od systemu trójwarstwowego jest stan Waszyngton. W listopadzie 2011 r. wyborcy w Waszyngtonie zatwierdzili Initiative 1183, która zlikwidowała system sprzedaży detalicznej prowadzonej przez państwo i usunęła wymóg prawny dotyczący trójpoziomowego systemu dystrybucji w sprzedaży napojów alkoholowych. Zgodnie ze zmienionym prawem, poprzedni państwowy system sprzedaży detalicznej napojów alkoholowych został zlikwidowany na rzecz silnie opodatkowanej prywatnej sprzedaży detalicznej. Waszyngton ma najwyższą w kraju stawkę podatku od napojów alkoholowych. Przy stawce podatku alkoholowego wynoszącej około 35 dolarów za galon, jest on o około 50% wyższy niż w Oregonie, który ma kolejną najwyższą stawkę. W Waszyngtonie detaliści mogą ominąć dystrybutorów, kupując bezpośrednio od producentów, mogą negocjować rabaty ilościowe i samodzielnie magazynować swoje zapasy. Prywatna sprzedaż detaliczna rozpoczęła się 1 czerwca 2012 roku. Chociaż prywatna sprzedaż detaliczna powinna zasadniczo zwiększyć konkurencję, w wielu przypadkach producenci zawarli z dystrybutorami umowy o wyłączności na sprzedaż w danym regionie rynku, do tego stopnia, że każda marka jest często dostępna tylko u jednego dystrybutora w stanie (chociaż duzi detaliści, tacy jak Costco, byli w stanie skorzystać z ustawy i w niektórych przypadkach wprowadzili własne marki własne). Wbrew obawom niektórych w procesie politycznym, liczba aresztowań za jazdę pod wpływem alkoholu i wypadków samochodowych związanych z alkoholem rzeczywiście spadła w roku po konwersji do nowego systemu.
Inny rodzaj wyjątku od systemu trójwarstwowego jest w Oklahomie, której przepisy historycznie nakazały system czteropoziomowy dla sprzedaży pakietowej piwa o zawartości alkoholu większej niż 3,2% wagowo (4,0% objętościowo). Browary w tym stanie miały historyczny zakaz sprzedaży dystrybutorom; zamiast tego musiały sprzedawać piwo pośrednikom, którzy z kolei sprzedawali je dystrybutorom. Po przejściu referendum wyborczego w 2016 r., poziomy pośrednika i dystrybutora zostaną skutecznie połączone ze skutkiem od 1 października 2018 r., w wyniku czego powstanie trójstopniowy system wspólny dla reszty Stanów Zjednoczonych.