Po zakończeniu apartheidu w 1994 roku, południowoafrykańskie firmy szukały specjalistów do imigracji i duża liczba Nigeryjczyków to zrobiła. Szacuje się, że w 2011 r. w RPA mieszkało 24 000 Nigeryjczyków.
Wielka część dobrej woli RPA wobec Nigeryjczyków za wspieranie ANC podczas apartheidu zniknęła z powodu działalności nigeryjskiej przestępczości zorganizowanej w kraju. Nigeryjskie zorganizowane grupy przestępcze, głównie zaangażowane w nielegalny handel narkotykami, w RPA szybko rosły w latach 1994-1998.
Increasing competition between the two countries for positions at multilateral organizations is also thought to have worsened relations. Nigeria wystąpiła przeciwko RPA, aby zastąpić urzędującego Jeana Pinga, którego Nigeria popiera, południowoafrykańskim ministrem spraw wewnętrznych Nkosazaną Dlamini-Zumą na potężnym stanowisku przewodniczącego Komisji Unii Afrykańskiej. Stosunki uległy dalszemu pogorszeniu, gdy w 2011 roku RPA poparła urzędującego prezydenta Laurenta Gbagbo w walce o kontrolę nad Wybrzeżem Kości Słoniowej. Jednak po wygranych przez Dlamini-Zumę wyborach minister spraw zagranicznych Nigerii, ambasador Olugbenga Ashiru, stwierdził, że choć Nigeria poparła Pinga na stanowisko przewodniczącego Unii Afrykańskiej, to „było to stanowisko pryncypialne wraz z naszymi członkami ECOWAS i trwaliśmy przy nim. Ale jak zwykle, ludzie mogą insynuować, że skoro Nigeria nie była w obozie RPA, to znaczy, że Nigeria jest przeciwko RPA. Nie jesteśmy przeciwko Południowej Afryce”.
Krytyka praw człowiekaEdit
The Mandela-led ANC został stara się pomóc rozwiązać kryzys polityczny w Nigerii od 1993 roku po unieważnieniu wyborów w Nigerii w czerwcu 1993 roku. W czerwcu 1994 wojskowy władca Nigerii, generał Sani Abacha aresztował i skazał na egzekucję 40 przeciwników politycznych, w tym byłego szefa państwa nigeryjskiego Oluseguna Obasanjo, jak również szefa Moshooda Abioli. Mandela wysłał arcybiskupa Desmonda Tutu i ówczesnego wiceprezydenta Thabo Mbeki na kolejne misje do Nigerii, aby lobbowali za uwolnieniem Obasanjo, Abioli i dziewięciu innych osób.
Prawie do szczytu Commonwealthu w 1995 roku Mandela był wprowadzany w błąd przez Abachę, wierząc, że nastąpi zawieszenie egzekucji. Jednak jeden z pierwszych eksperymentów RPA z cichej dyplomacji nie powiodło się, gdy w listopadzie 1995 Abacha ruszył do przodu z egzekucją dziewięciu Ogoni liderów, w tym Ken Saro-Wiwa. After which South African president Mandela then publicly criticised General Abacha for human rights abuses and personally pushed for a two-year suspension of Nigeria’s membership in the Commonwealth of Nations.:177 Mandela also criticised Royal Dutch Shell for going ahead with a US$4 billion gas project in Nigeria despite its unpopularity within Nigeria and the rest of the world.
This led to South Africa being isolated in Africa amusus accusations that it was:
„anipulowana” do zajęcia antynigeryjskiego stanowiska przez „siły brytyjskiego i amerykańskiego imperializmu”.
W ciągu miesiąca RPA zaczęła cofać się w próbie załatania swoich relacji z innymi narodami afrykańskimi; oraz w próbie odzyskania regionalnego prestiżu wśród innych rządów afrykańskich kosztem swojego prestiżu międzynarodowego. 29 marca 1995 roku Wole Soyinka, przywódca wygnanego nigeryjskiego ruchu demokratycznego, próbował zorganizować konferencję w RPA. Rząd RPA zareagował odmową przyznania jakichkolwiek wiz nigeryjskim demokratom na sześć tygodni przed konferencją. Rządząca partia polityczna RPA, ANC, wezwała do odwołania konferencji.
Nigeryjska porażka zmusiła RPA do nowego podejścia w polityce zagranicznej. Leading kraj do porzucenia „go it alone” polityki i do polityki, która starała się budować partnerstwo z innymi państwami afrykańskimi poprzez regionalne i kontynentalne organy. It also made South Africa reluctant to engage in any confrontation with any other African states.:178
Visa restrictions and expulsionsEdit
Relations between the two countries were damaged in 2012 when 125 Nigerian travellers to South Africa were expelled due to not having valid Yellow Fever certificates. W odwecie Nigeria wydaliła 56 południowoafrykańskich biznesmenów. Skłoniło to oba kraje do podjęcia rozmów na temat złagodzenia ograniczeń podróżnych i wizowych między dwoma krajami jako sposobu na wzmocnienie stosunków dwustronnych i handlu.
.