Przedkolonialna historia Pohnpei jest podzielona na trzy etapy: Mwehin Kawa lub Mwehin Aramas (ok. 1100 r.); Mwehin Sau Deleur (od ok. 11001 r. do ok. 1628 r.); i Mwehin Nahnmwarki (od ok. 1628 r. do ok. 1885 r.).
W Pohnpei znajdują się interesujące ruiny cywilizacji mikronezyjskiej, zwłaszcza ruiny Nan Madol.
Kolonizacja hiszpańskaEdit
Wyspy Karolińskie, w obrębie których znajduje się obecnie wyspa Pohnpei, zostały odkryte 22 sierpnia 1526 roku przez hiszpańskiego odkrywcę Toribio Alonso de Salazar. 1 stycznia 1528 r. odkrywca Alonso de Saavedra objął wyspy Uluti w posiadanie w imieniu króla Hiszpanii. Archipelag został odwiedzony w 1542 roku, przez Wyspy Matelotes w 1543 i 1545 roku, a przez Legazpi w 1565.
Pierwszym europejskim gościem Ponapé był Pedro Fernández de Quirós, dowodzący hiszpańskim statkiem San Geronimo. Widział wyspę w dniu 23 grudnia 1595 roku; jego opis jest krótki i nigdy nie wylądował na niej. Druga znana europejska wizyta miała miejsce dopiero znacznie później, przez Australijczyka Johna Henry’ego Rowe, jego statek John Bull przybył na wyspę 10 września 1825 roku, będąc zaatakowanym przez tubylców. Pohnpei, wraz z Wyspami Senyavin, zostały definitywnie włączone do europejskich map nawigacyjnych po tym, jak zostały zauważone przez rosyjskiego nawigatora Fiodora Litke w 1828 roku, ponad dwa wieki po pozostałych Wyspach Karolińskich. Na tej wyspie znajdowała się główna siedziba rządu Karolin. Hiszpanie nazwali wyspę Ponapé i założyli na niej miasto Santiago de la Ascensión, które stało się ich pierwszą stolicą. Ponieważ była to siedziba hiszpańskiej kolonii (składającej się z urzędników, wojskowych, misjonarzy i filipińskich robotników) stała się znana po prostu jako Colonia lub Kolonia, sąsiadująca z obecną stolicą, Palikir.
W 1885 roku, na polecenie hiszpańskiego rządu, zorganizowano nową ekspedycję na Filipiny, wówczas kolonię Hiszpanii, w celu przystąpienia do ostatecznego zajęcia archipelagu Karolin, pod hiszpańskim zwierzchnictwem. Wyspa Ponapé, we wschodniej części archipelagu, rozciągniętego na 2 000 000 km2 oceanu, została wybrana na siedzibę rządu poprzez potrójne wsparcie Manila-Guaján-Ponapé, co umożliwiło również skuteczne patrolowanie tej rozległej przestrzeni wód jurysdykcyjnych.
Komandor Posadillo został mianowany szefem ekspedycji i przybył na wyspę pod koniec 1885 roku. Na wyspie zainstalowano skąpy garnizon i sprzęt administracyjny. Firma nie była ekonomicznie opłacalna z powodu „małej różnorodności produktów eksportowych, odległości od rynków, faktu, że mogła zajmować tylko niewielką liczbę kilometrów kwadratowych i kosztów utrzymania rosnącej liczby oddziałów”; wynikało to raczej z wymogów prestiżowych. Z tego powodu, gdy w 1887 roku doszło do powstania rdzennej ludności, która wymordowała całą hiszpańską kolonię, natychmiast nakazano wyruszyć nowej ekspedycji.
Oddziałami, które złożyły się na kolejną hiszpańską ekspedycję, dowodził komandor Diaz Varela. Inny szef marynarki, Don Luis Cadarso y Rey, dołączył do ekspedycji jako gubernator archipelagu. Zginął jedenaście lat później w Cavite, wsiadając na pokład amerykańskiego pancernika Olímpia, okrętu flagowego floty amerykańskiej. Ponapé zostało osiągnięte po dwunastu dniach bolesnej podróży, a to, co zniszczyli tubylcy, zostało odbudowane i zamknięte w forcie. Kiedy zobaczyli ważną obecność wojskową na wyspie, zaakceptowali władzę hiszpańską, doradzaną przez Europejczyka o imieniu Deoane, który mieszkał wśród nich i który mógł być podżegaczem poprzedniej rebelii.
Podczas gdy dominacja hiszpańska trwała na wyspie, okresy pokojowe i potyczki miały miejsce na tym terytorium o skomplikowanej morfologii, która utrudniała operacje. Do rebelii często przyłączali się tubylcy z sąsiednich wysp, nad którymi nie można było sprawować skutecznej kontroli. W ciągu tych lat ofiary hiszpańskie w wyniku tych starć były proporcjonalnie liczne: na przykład w jednym z nich było trzydziestu zabitych i pięćdziesięciu rannych. Często konieczne było zastosowanie bezwzględnej siły. Pozostałości Fortu Alfonso XIII, znanego jako „Hiszpański Mur”, pochodzą z okresu kolonialnego.
Kontrola niemiecka i japońskaEdit
Po wojnie hiszpańsko-amerykańskiej w 1898 roku Niemcy kupiły wyspę od Hiszpanii; pod zwierzchnictwem Niemiec kolonia została oficjalnie nazwana Kolonią. Podczas I wojny światowej Ponapé było okupowane przez Japonię, po czym Liga Narodów zadeklarowała, że Wyspy Karoliny powinny przejść pod administrację japońską, jako dług wojenny za klęskę Niemiec, wraz z Wyspami Marshalla i Marianami (z wyjątkiem Guam, terytorium USA). Suwerenność Japonii trwała od 1914 do 1945 r.
Terytorium Stanów ZjednoczonychEdit
Pohnpei, gdy było dystryktem Terytorium Powierniczego Wysp Pacyfiku, początkowo zawierało Kosrae, które było gminą dystryktu. Podczas II wojny światowej wyspa została ominięta w amerykańskich kampaniach amfibijnych w latach 1943-1945. Instalacje wojskowe były wielokrotnie bombardowane, w tym bombardowania okrętów bojowych USS Massachusetts (BB-59) i USS Iowa (BB-61), jak również atak lotniczy Cowpens (CVL-25). Pod koniec wojny Karoliny stały się częścią Terytorium Powierniczego Wysp Pacyfiku.
Sfederowane Stany Mikronezji uzyskały pełną niepodległość w 1990 roku. Od tego czasu Pohnpei jest osłoniętym portem tropikalnym pod pośrednią kontrolą amerykańską.
.