W ostatnich latach liczne osoby LGBT zostały zamordowane, a niektórzy obarczają winą za te czyny polityków i społeczność religijną.
Rozczłonkowane ciało 19-letniego studenta college’u Jorge Stevena Lópeza Mercado zostało znalezione 14 listopada 2009 roku w Cayey, mieście położonym w wewnętrznym regionie wyspy. López był powszechnie znany jako wolontariusz organizacji walczących o prawa gejów i zapobiegających HIV, a aktywiści zaplanowali dla niego czuwania pamięci w takich miastach jak San Juan, Chicago i Nowy Jork. Według lokalnej policji, śledztwo w tej sprawie jest prowadzone pod kątem przestępstw z nienawiści, zgodnie z nowo przyjętym w USA federalnym prawem o przestępstwach z nienawiści, które obejmuje przestępstwa przeciwko ludziom, którzy są (lub są postrzegani jako) geje lub osoby transgenderowe. Juan A. Martinez Matos został aresztowany kilka dni po odkryciu ciała Lópeza Mercado. W dniu 12 maja 2010 r. Martinez Matos przyznał się do winy i został skazany na 99 lat więzienia za zabójstwo Lópeza Mercado.
W dniu 19 kwietnia 2010 r. ciało Ashley Santiago, transseksualnej kobiety, która mieszkała w mieście Corozal, zostało znalezione w kuchni jej domu. Santiago, stylistka w lokalnym salonie, została znaleziona naga na podłodze i 14 razy dźgnięta nożem przez nieznanego napastnika.
W dniu 13 września 2010 r. ciała Justo Luisa „Michelle” Gonzaleza i Miguela Orlando „La Flaca” Soto, dwóch transseksualistów, zostały znalezione zamordowane wzdłuż drogi w małym miasteczku Juana Diaz. Wraz z tymi dwoma zgonami, działacze LGBT na wyspie stwierdzili, że w ciągu ostatnich 10 miesięcy na wyspie zostało zabitych dziewięć osób homoseksualnych i transseksualnych, a lokalne władze nie zareagowały odpowiednio na te zbrodnie. W październiku 2012 r. Malena Suarez, transseksualna kobieta mieszkająca w Karolinie, została znaleziona martwa w swoim domu w wyniku wielokrotnych pchnięć nożem. Jej śmierć była 30. zabójstwem na tle anty-LGBT w Puerto Rico w ciągu dekady.