Przeszczep szpiku kostnego jest szybką procedurą, jak transfuzja krwi, która trwa średnio 2 godziny. Ten nowy szpik jest bogaty w komórki zwane progenitorami, które po dostaniu się do krwiobiegu, krążą i złożą się w szpiku kostnym, gdzie się rozwijają.
Pacjent, po poddaniu się zabiegowi, który zniszczy jego własny szpik, otrzyma zdrowe komórki szpiku od dawcy. Komórki te po pobraniu od dawcy pakowane są do worka do kriokonserwacji szpiku kostnego, zamrażane i transportowane w specjalnych warunkach (kontrolowana termo-kostka z termometrem, w temperaturze od 4 stopni Cº do 20 stopni Cº) do miejsca, w którym odbędzie się przeszczep.
Komórki podane pacjentowi mogą pochodzić również z jego własnego szpiku, pobranego przed leczeniem i zamrożonego do późniejszego wykorzystania (w przypadku przeszczepu autologicznego), lub z krwi pępowinowej (w przypadku dawstwa spokrewnionego lub wykorzystania jednostki komórek z Publicznych Banków Krwi Pępowinowej).
W okresie, gdy te komórki nie są jeszcze w stanie produkować wystarczająco dużo białych i czerwonych krwinek oraz płytek krwi, aby utrzymać wskaźniki w normie, pacjent jest bardziej narażony na epizody zakaźne i krwawienia. Z tego powodu pozostaje on w szpitalu, w izolatce.