W 1995 roku FACTNet pojawił się w wiadomościach z powodu procesu sądowego dotyczącego przejęcia serwerów i plików FACTNet przez Religious Technology Center (RTC), podorganizację Kościoła Scjentologicznego, utworzoną w celu nadzorowania ochrony jego znaków towarowych i praw autorskich. W sierpniu 1995 roku prawnicy RTC zwrócili się do sędziego w Denver z zarzutem naruszenia praw autorskich i nielegalnego wykorzystania dokumentów scjentologicznych przez FACTNet, głośnego krytyka praktyk tej organizacji. Nalot na domy dwóch dyrektorów został przeprowadzony 21 sierpnia 1995 roku przez dwóch szeryfów amerykańskich i sześciu przedstawicieli RTC, przy czym faktyczne przeszukiwanie obciążających dokumentów zostało przeprowadzone wyłącznie przez RTC. Świadkowie przeszukań zeznali, że szeryfowie pozwolili przedstawicielom RTC na wyjście daleko poza zakres nakazu w poszukiwaniu informacji. Marszałkowie nie przeszukiwali również przedstawicieli przed i po przeszukaniu, co umożliwiło im wyniesienie dysków i innych dokumentów zawierających krytyczne informacje. FACTNet natychmiast oskarżył Kościół Scjentologiczny o próbę uciszenia ich głosu poprzez wykradanie i zanieczyszczanie informacji istotnych dla ich ciągłych ataków i procesów sądowych przeciwko Kościołowi. Naloty sprowokowały debatę zarówno w Internecie, jak i w środowisku uniwersyteckim, z protestującymi na uniwersytecie w Denver, Colorado, trzymającymi znaki z napisami: „Ręce precz od Internetu” i „Scjentologia nęka krytyków”, podczas gdy kontrprotestujący w gmachu sądu hrabstwa Boulder nieśli znaki takie jak: „Tylko kryminaliści szerzą bezprawie w Internecie”
FACTNet złożył pozew i 14 września 1995 roku sędzia federalny orzekł, że konfiskata była nielegalna, ponieważ naruszała prawo FACTNet do wolności słowa w Internecie, i nakazał RTC zwrot wszystkich komputerów i plików, które zostały skonfiskowane. W swoim orzeczeniu w Sądzie Okręgowym Stanów Zjednoczonych, sędzia John Kane stwierdził: „Interesowi publicznemu najlepiej służy swobodna wymiana myśli”. Niemniej jednak, FACTNet twierdzi, że poniósł nieodwracalne szkody, ponieważ tajemnica jego dokumentów została naruszona przez RTC. Adwokat Electronic Frontier Foundation zaaprobował decyzję sędziego w tej sprawie, stwierdzając: „Oni z pewnością nie mają prawa zajmować wszystkiego i łowić wszystko dookoła. Wydaje się, że panuje przekonanie, że rzeczy zawarte w komputerze nie podlegają takiej samej ochronie. Myślę, że prawo nadrabia zaległości”. Helena K. Kobrin, adwokat Kościoła Scjentologii z firmy Moxon & Kobrin, broniła konfiskaty komputerów, mówiąc po decyzji sędziego: „Wczorajsza decyzja była bardzo smutnym dniem dla właścicieli własności intelektualnej i bardzo smutnym dniem dla Internetu.”
W serii spraw, scjentologia (poprzez spółkę zależną Bridge Publications) pozwała FACTNet za rzekome naruszenia praw autorskich. W 1998 roku sędzia federalny John Kane odrzucił wniosek scjentologii o wydanie wyroku skróconego, ponieważ FACTNet zakwestionował własność praw autorskich do dokumentów należących do scjentologii. W 1999 r. zawarto ugodę, której warunki przewidywały, że jeśli FACTNet zostanie kiedykolwiek uznany za winnego naruszenia praw autorskich kościoła, otrzyma stały nakaz zapłacenia kościołowi 1 miliona dolarów.
FACTNet utrzymuje stosunkowo niski profil informacyjny od 1999 r., sporadycznie cytowany za wypowiadanie się przeciwko tematom, które uważa za ważne. Film Battlefield Earth z 2000 roku z Johnem Travoltą w roli głównej wzbudził kontrowersje, ponieważ był oparty na książce L.R. Hubbarda, założyciela Kościoła Scjentologicznego, a Travolta był znanym scjentologiem. The Guardian doniósł o twierdzeniach FACTnet, że film był dziełem prozelityzmu dla scjentologii, zauważając: „FACTnet zasugerował, że wiadomości podprogowe zostały sprytnie wstawione przez scjentologów, aby pozyskać nowych konwertytów do przyłączenia się do kościoła”. Twórcy filmu zapewniali, że nie ma on nic wspólnego z Kościołem Scjentologicznym, ale The New York Times doniósł na temat twierdzeń FACTnet, że: „…film był potajemnie finansowany przez scjentologię, i że scjentologia planuje działania rekrutacyjne, które zbiegną się z premierą filmu”. Profesor socjologii James Richardson nie zgodził się z twierdzeniami FACTnet, stwierdzając: „Szczerze wątpię, że ktoś wyjdzie i przyłączy się do scjentologii tylko dlatego, że zobaczy ten film”. W 2002 roku, po tym jak Lawrence Wollersheim wygrał wyrok w wysokości 8,7 mln USD przeciwko Kościołowi Scjentologii, FACTnet zamieścił na stronie oświadczenie od niego, cytując: „Sekta, która przysięgała, że nigdy nie zapłaci mi ani jednego cienkiego centa, teraz zapłaciła ponad 86 milionów cienkich centów”. FACTNet wyraził poparcie dla jednego z odcinków programu telewizyjnego South Park, przyznając swoim pracownikom tytuł „FACTNet Person(s) of the Year for 2005” za satyryczny odcinek o scjentologii „Trapped in the Closet”. W 2006 roku dyrektor FACTnet, Wollersheim, był konsultowany przy tworzeniu materiału 48 Hours na temat śmierci scjentologa Elli Perkins, „Scientology – A Question of Faith”. Wollersheim został zacytowany w tym artykule, stwierdzając: „Scientology. Są najgorszym przykładem kontroli umysłu w środowisku religijnym, jaki kiedykolwiek istniał”. W programie zauważono również, że Kościół scjentologiczny charakteryzuje go jako „kłamcę i oszusta” i zapewnia, że większość jego członków prowadzi szczęśliwe i spełnione życie.