Andros był wcześniej gubernatorem Nowego Jorku; przybył do Bostonu 20 grudnia 1686 r. i natychmiast przejął władzę. Przyjął twarde stanowisko, twierdząc, że koloniści porzucili wszystkie swoje prawa jako Anglicy, kiedy opuścili Anglię. Wielebny John Wise wezwał swoich parafian w 1687 roku do protestu i sprzeciwu wobec podatków; Andros kazał go aresztować, skazać i ukarać grzywną. Urzędnik Andros wyjaśnił, „Panie Wise, nie masz więcej przywilejów Lewy następnie nie być sprzedawane za niewolników.”
Jego komisja wezwała do zarządzania przez siebie, ponownie z rady. Początkowy skład rady obejmował przedstawicieli z każdej z kolonii, które dominium wchłonęło, ale kworum rady zostało zdominowane przez przedstawicieli z Massachusetts i Plymouth z powodu niedogodności podróży i faktu, że koszty podróży nie były zwracane.
Kościół AngliiEdit
Wkrótce po przybyciu Andros zapytał każdy z purytańskich kościołów w Bostonie, czy jego dom spotkań może być używany do nabożeństw Kościoła Anglii, ale konsekwentnie mu odmawiano. Zażądał więc kluczy do Trzeciego Kościoła Samuela Willarda w 1687 roku, a nabożeństwa odbywały się tam pod auspicjami Roberta Ratcliffa do 1688 roku, kiedy to zbudowano King’s Chapel.
Prawa podatkoweEdit
Po przybyciu Androsa rada rozpoczęła długi proces harmonizacji praw w całym dominium, aby były bardziej zbliżone do praw angielskich. Praca ta była tak czasochłonna, że w marcu 1687 roku Andros wydał proklamację, w której stwierdził, że istniejące wcześniej prawa pozostaną w mocy, dopóki nie zostaną zrewidowane. Massachusetts nie posiadało wcześniej istniejących praw podatkowych, więc opracowano system podatkowy, który miał obowiązywać w całym dominium, opracowany przez komitet właścicieli ziemskich. Pierwsza propozycja czerpała swoje dochody z ceł importowych, głównie na alkohol. Po długiej debacie nagle przedstawiono i przyjęto inną propozycję, w istocie przywracającą poprzednie prawa podatkowe Massachusetts. Prawa te były niepopularne wśród farmerów, którzy uważali, że podatki od zwierząt hodowlanych są zbyt wysokie. W celu uzyskania natychmiastowych dochodów Andros otrzymał również zgodę na zwiększenie ceł importowych na alkohol.
Pierwsze próby egzekwowania ustaw o dochodach spotkały się z twardym oporem ze strony wielu społeczności Massachusetts. Kilka miast odmówiło wyboru komisarzy, którzy mieli oszacować liczbę ludności i majątków, a urzędnicy z kilku z nich zostali w konsekwencji aresztowani i przywiezieni do Bostonu. Niektórzy zostali ukarani grzywną i zwolnieni, inni zaś zostali uwięzieni, dopóki nie obiecali, że będą wykonywać swoje obowiązki. Przywódcy Ipswich najgłośniej sprzeciwiali się ustawie; zostali osądzeni i skazani za wykroczenia.
Inne prowincje nie opierały się narzuceniu nowego prawa, mimo że stawki były wyższe niż za czasów poprzedniej administracji kolonialnej, przynajmniej w Rhode Island. Stosunkowo ubodzy właściciele ziemscy z Plymouth zostali mocno dotknięci z powodu wysokich stawek od inwentarza żywego.
Prawo o zebraniach miejskichEdit
Jedną z konsekwencji protestów podatkowych było to, że Andros starał się ograniczyć zebrania miejskie, ponieważ to właśnie od nich rozpoczął się protest. Wprowadził więc prawo, które ograniczało zebrania do jednego dorocznego zebrania, wyłącznie w celu wyboru urzędników, i wyraźnie zakazywało zebrań w innym czasie z jakiegokolwiek powodu. Ta utrata lokalnej władzy była powszechnie znienawidzona. Wiele protestów dotyczyło tego, że ustawy o zebraniach miejskich i podatkach były pogwałceniem Magna Carta, która gwarantowała opodatkowanie przez przedstawicieli ludu.
Tytuły ziemskie i podatkiEdit
Andros zadał kolonistom poważny cios, podważając ich tytuł do ziemi; w przeciwieństwie do Anglii, zdecydowana większość Amerykanów była właścicielami ziemskimi. Taylor mówi, że ponieważ „uważali bezpieczny majątek nieruchomy za podstawę swojej wolności, statusu i dobrobytu, koloniści czuli się przerażeni zakrojonym na szeroką skalę i kosztownym wyzwaniem rzuconym ich tytułom własności do ziemi”. Andros został poinstruowany, by upodobnić kolonialne praktyki dotyczące tytułów własności ziemi do tych w Anglii i wprowadzić quit-renty jako sposób na zwiększenie dochodów kolonii. Tytuły wydane w Massachusetts, New Hampshire i Maine pod administracją kolonialną często miały wady formy (na przykład brak odcisku pieczęci kolonialnej), a większość z nich nie zawierała opłaty quit-rent. Nadania ziemskie w kolonialnym Connecticut i Rhode Island zostały dokonane, zanim któraś z tych kolonii miała statut, i w wielu obszarach istniały sprzeczne roszczenia.
Sposób, w jaki Andros podszedł do tej kwestii, był podwójnie dzielący, ponieważ zagrażał każdemu właścicielowi ziemskiemu, którego tytuł był w jakikolwiek sposób wątpliwy. Niektórzy właściciele ziemscy przeszli przez proces potwierdzenia, ale wielu odmówiło, ponieważ nie chcieli zmierzyć się z możliwością utraty swojej ziemi i postrzegali ten proces jako cienko zawoalowany zawłaszczanie ziemi. Purytanie z Plymouth i Massachusetts Bay należeli do tych ostatnich, a niektórzy z nich posiadali rozległe posiadłości ziemskie. Wszystkie istniejące tytuły własności ziemi w Massachusetts zostały przyznane na mocy nieistniejącej już karty kolonialnej; w istocie Andros uznał je za nieważne i wymagał od właścicieli ziemskich ponownego poświadczenia własności, płacenia opłat na rzecz dominium i poddania się opłacie quit-rent.
Andros próbował zmusić do poświadczenia własności poprzez wydawanie pism w sprawie wtargnięcia, ale duzi właściciele ziemscy, którzy posiadali wiele działek, kwestionowali je indywidualnie, zamiast ponownie poświadczać wszystkie swoje ziemie. Liczba nowych tytułów wydanych w czasie reżimu Androsa była niewielka; złożono 200 wniosków, ale tylko około 20 z nich zostało zatwierdzonych.
Connecticut charterEdit
Komisja Androsa obejmowała Connecticut, a on poprosił gubernatora Connecticut Roberta Treat’a o zrzeczenie się karty kolonialnej niedługo po jego przybyciu do Bostonu. Urzędnicy Connecticut formalnie uznali władzę Androsa, w przeciwieństwie do Rhode Island, którego urzędnicy zgodzili się na dominium, ale w rzeczywistości niewiele zrobili, by mu pomóc. Connecticut nadal rządziło zgodnie ze statutem, organizując kwartalne posiedzenia legislatury i wybierając urzędników w całej kolonii, podczas gdy Treat i Andros negocjowali w sprawie oddania statutu. W październiku 1687 roku Andros w końcu zdecydował się pojechać do Connecticut, by osobiście dopilnować tej sprawy. Przybył do Hartford 31 października w asyście gwardii honorowej i tego samego wieczoru spotkał się z przywódcami kolonii. Według legendy, podczas tego spotkania statut został wyłożony na stole, aby wszyscy mogli go zobaczyć. Światła w pokoju niespodziewanie zgasły, a kiedy je zapalono, karta zniknęła. Mówiono, że został ukryty w pobliskim dębie (zwanym później Dębem Karty), tak że przeszukanie pobliskich budynków nie pozwoliło na odnalezienie dokumentu.
Bez względu na prawdziwość legendy, rejestry Connecticut pokazują, że tego dnia rząd formalnie oddał swoje pieczęcie i zakończył działalność. Andros podróżował następnie po całej kolonii, dokonując nominacji sędziowskich i innych, zanim wrócił do Bostonu. 29 grudnia 1687 roku rada dominium formalnie rozszerzyła swoje prawa na Connecticut, kończąc tym samym asymilację kolonii Nowej Anglii.
Włączenie Nowego Jorku i JerseysEdit
7 maja 1688 roku prowincje Nowy Jork, East Jersey i West Jersey zostały dodane do dominium. Były one oddalone od Bostonu, gdzie Andros miał swoją siedzibę, więc Nowy Jork i Jerseys były zarządzane przez gubernatora porucznika Francisa Nicholsona z Nowego Jorku. Nicholson był kapitanem armii i protegowanym sekretarza kolonialnego Williama Blathwayta, który przybył do Bostonu na początku 1687 roku jako członek gwardii honorowej Androsa i został awansowany do jego rady. Latem 1688 roku Andros udał się najpierw do Nowego Jorku, a następnie do Jerseys, aby ustanowić swoją komisję. Rządy dominium w Jerseys były skomplikowane przez fakt, że prawa własności właścicieli zostały unieważnione, ale zachowali oni swoje posiadłości i zwrócili się do Androsa z petycją o tradycyjne prawa włościańskie. Okres dominium w Jerseys był stosunkowo spokojny ze względu na ich odległość od centrów władzy i niespodziewany koniec dominium w 1689 r.
Dyplomacja indiańskaEdit
W 1687 r. gubernator Nowej Francji Jacques-René de Brisay de Denonville, markiz de Denonville, przypuścił atak na wioski Seneków w dzisiejszym zachodnim Nowym Jorku. Jego celem było zakłócenie handlu między Anglikami w Albany a konfederacją Irokezów, do której należeli Seneki, oraz zerwanie Łańcucha Przymierza, pokoju, który Andros wynegocjował w 1677 roku, gdy był gubernatorem Nowego Jorku. Gubernator Nowego Jorku Thomas Dongan zaapelował o pomoc, a król Jakub nakazał Androsowi udzielić wsparcia. James rozpoczął również negocjacje z Ludwikiem XIV z Francji, co zaowocowało złagodzeniem napięć na północno-zachodniej granicy.
Na północno-wschodniej granicy Nowej Anglii Abenaki żywili jednak urazę do angielskich osadników i rozpoczęli ofensywę na początku 1688 roku. Na początku tego roku Andros wyruszył na wyprawę do Maine, podczas której najechał kilka indiańskich osad. Napadł również na placówkę handlową i dom Jeana-Vincenta d’Abbadie de Saint-Castin w zatoce Penobscot. Jego staranne zachowanie katolickiej kaplicy Castina było źródłem późniejszych oskarżeń Androsa o „papiestwo”.
Andros przejął administrację Nowego Jorku w sierpniu 1688 roku i spotkał się z Irokezami w Albany, aby odnowić przymierze. Podczas tego spotkania zdenerwował Irokezów, nazywając ich „dziećmi” (czyli podległymi Anglikom), a nie „braćmi” (czyli równymi sobie). Wrócił do Bostonu w czasie kolejnych ataków na granicy Nowej Anglii ze strony Abenaki, którzy przyznali, że robili to po części dzięki francuskim zachętom. Sytuacja w Maine również ponownie się pogorszyła, a angielscy koloniści napadali na indiańskie wioski i wysyłali jeńców do Bostonu. Andros napiętnował Mainerów za ten nieuzasadniony czyn, nakazał uwolnić Indian i odesłać ich do Maine, czym zaskarbił sobie nienawiść osadników z Maine. Następnie wrócił do Maine ze znacznymi siłami i rozpoczął budowę dodatkowych fortyfikacji, które miały chronić osadników. Andros spędził zimę w Maine, a w marcu wrócił do Bostonu, gdy usłyszał pogłoski o rewolucji w Anglii i niezadowoleniu w Bostonie.