San Diego PadresEdit
Lee został wybrany w pierwszej rundzie (14. ogółem) draftu MLB w 1993 r. przez San Diego Padres i zadebiutował w MLB 28 kwietnia 1997 r.
Florida MarlinsEdit
Przehandlowany, wraz z prospektami, do Florida Marlins rok później za Kevina Browna, Lee był członkiem mistrzowskiej drużyny Marlins z serii World Series 2003. Lee wygrał swoją pierwszą Złotą Rękawicę podczas mistrzowskiego sezonu 2003, a jego spektakularny chwyt i unassisted putout na ciężko trafionym Hideki Matsui one-hop line drive stłumił rajd Yankees i zakończył Game 5 World Series zwycięstwem Marlins. The Marlins poszedł na wygrać World Series w Game 6.
Chicago CubsEdit
Lee został sprzedany do Cubs za Hee-seop Choi. On uderzył .278 z 32 home runs i 98 RBI w swoim pierwszym roku z Cubs. W 2005 roku, Lee miał karierę w pierwszej połowie sezonu, z MLB-leading .376 średnia bijatyki, 72 RBI, i remis dla lidera ligi głównej w home runs z 27.
The Cubs sprzedał superstar Sammy Sosa, który wcześniej był jednym z ich najlepszych hitters, przed sezonem 2005. Lee pokazał na początku, że może więcej niż zrekompensować stratę, i podczas gdy Sosa miał rozczarowujący sezon 2005 z Baltimore Orioles, Lee miał rok kariery. W połowie sezonu znalazł się wśród liderów MLB w każdej z kategorii potrójnej korony: średnia uderzeń, home runy i RBI. Lee zaliczył swój 200. home run w karierze 28 sierpnia 2005 roku z rąk Josha Becketta, startera Florida Marlins. Zakończył rok z najlepszym w karierze wynikiem 46 home runów. Jego średnia biegaczy .335 była najwyższa od czasu Billa Madlocka .339 w 1976 roku i uczyniła go pierwszym Kubańczykiem od czasu Billa Bucknera w 1980 roku, który zdobył tytuł króla strzelców National League. Zajął również trzecie miejsce w głosowaniu na MVP NL i zdobył nagrody NL Gold Glove i Silver Slugger na pierwszej bazie w tym roku.
Lee został wymieniony do amerykańskiego spisu na 2006 World Baseball Classic, gdzie był pierwszym graczem, który uderzył home run dla zespołu USA w World Baseball Classic.
10 kwietnia 2006 roku Lee podpisał pięcioletnie, 65 milionów dolarów przedłużenie umowy z Chicago Cubs. Umowa zastąpiła jego kontrakt na sezon 2006 i przedłużyła go jako pierwszego bazowego Cubs przez sezon 2010 i zawierała klauzulę no-trade. Niecałe dwa tygodnie później złamał nadgarstek w zderzeniu z bazowym Rafaelem Furcalem i z powodu kontuzji opuścił 59 meczów. W czasie, gdy Lee przebywał na liście inwalidzkiej, Cubs zanotowali bilans 19-40. Później Lee wrócił na listę inwalidzką z pourazowym zapaleniem zewnętrznej kości przyśrodkowej strony nadgarstka.
W 2008 roku Lee uderzył 20 home runów, 90 RBI i miał .291 średnia batting jako Cubs miał najlepszy rekord sezonu regularnego w National League, prowadząc Cubs do mistrzostwa NL Central, później tracąc w NLDS do Los Angeles Dodgers, 3-0. W 2009 roku, Lee pokonał powolny start z 21 meczów hit streak od 29 maja do 24 czerwca i zakończył dziewiąty w głosowaniu na NL MVP, jak miał .306 batting average, i hit dla 35 home runs i 111 RBIs.
On 9 czerwca 2010, Lee hit jego 300th career home run w meczu przeciwko Milwaukee Brewers.
On 25 czerwca 2010 roku, Lee był zaangażowany w awanturę z Cubs miotacz Carlos Zambrano po miotacz dał cztery biegi w pierwszym porze i najwyraźniej obwiniał Lee za brak pola ostro hit lead-off podwójne. Zambrano został zawieszony za swoje zachowanie.
Atlanta BravesEdit
Pod koniec lipca 2010 roku Lee wykorzystał swoje dziesięć i pięć praw do zawetowania handlu do Los Angeles Angels. W dniu 18 sierpnia 2010 roku, Lee, z jego zatwierdzenia, został sprzedany do Atlanta Braves dla mniejszych perspektyw pitching ligi Robinson Lopez, Tyrelle Harris, i Jeffrey Lorick. Lee zaczął służyć jako pierwszy baseman Braves 20 sierpnia 2010 r., W tym postseason play w NLDS.
Baltimore OriolesEdit
Lee został podpisany z wolnej agencji do rocznego kontraktu z Baltimore Orioles na sezon 2011. Grał w 85 meczach z walczących Orioles, batting .246 z 12 home runs i 41 runs batted in.
Pittsburgh PiratesEdit
On 30 lipca 2011, Lee został sprzedany do Piratów za minor league Class A first baseman Aaron Baker i gotówką considerations. Lee uderzył dwa home runy w swoim pierwszym meczu jako Pirat. Został uderzony przez boisko i złamał kość w lewym nadgarstku na 3 sierpnia, i stracił większość następnego miesiąca, ale potem zakończył sezon produktywnie jako pierwszy baseman Pittsburgh. Grając w 28 meczach jako Pirat w 2011 r., Lee pobił .337 z 7 home runami i 18 RBI.