Ammonifikacja jest procesem, w którym organicznie związany azot z biomasy drobnoustrojów, roślin i zwierząt jest ponownie przetwarzane po ich śmierci. Amonifikacja jest przeprowadzana przez różnorodne mikroorganizmy, które pełnią funkcje rozkładu ekologicznego, a jej produktem jest amoniak lub jon amonowy. Amon jest odpowiednim źródłem pożywienia dla wielu gatunków roślin, szczególnie tych żyjących w kwaśnych glebach. Jednak większość roślin nie może skutecznie wykorzystywać amonu i wymaga azotanu jako podstawowego źródła odżywiania azotem.
Azotan jest syntetyzowany z amonu przez ważny proces bakteryjny znany jako nitryfikacja. Pierwszym krokiem w nitryfikacji jest utlenianie amonu do azotynu (NO- 2 ), funkcja wykonywana przez bakterie z rodzaju Nitrosomonas. Po utworzeniu, azotyn jest szybko utleniany do azotanu przez bakterie z rodzaju Nitrobacter. Bakterie odpowiedzialne za nitryfikację są bardzo wrażliwe na kwasowość, dlatego proces ten nie zachodzi w znacznym stopniu w kwaśnej glebie lub wodzie. Jest to powód, dla którego rośliny kwaśnych siedlisk muszą być zdolne do wykorzystania amonu jako źródła odżywiania azotowego.