Obecnie istnieją cztery zachowane kopie Tajemnego Objawienia Jana. Ich podstawowa struktura i treść są w dużej mierze takie same. Jedną zauważalną różnicą między kodeksami jest ich indywidualna długość. Kodeks Berliński i Nag Hammadi Codex III są krótsze niż Nag Hammadi Codices I i II. Kolejnym punktem rozbieżności między kodeksami jest przedstawienie postaci Zbawiciela/Chrystusa. Kodeks Berliński generalnie częściej używa terminu „Chrystus”, podczas gdy narracja w Nag Hammadi Codex III często zastępuje go terminem „Pan” lub „Zbawiciel”. Jednakże Nag Hammadi Codex III zamyka swój tekst modlitwą „Jezus Chrystus, Amen”. Dodatkową różnicą, w odniesieniu do chrześcijańskiego ujęcia tekstów, jest to, że Nag Hammadi Codex III bardziej szczegółowo omawia zejście postaci Chrystusa/Zbawiciela do więziennego świata Demiurga i jego rolę w ułatwieniu odrodzenia i wyzwolenia ludzkości. Te rozróżnienia mogą reprezentować pewien stopień zróżnicowania w sposobie, w jaki gnostycka kosmologia została wpleciona w chrześcijański kontekst.
Poniższe streszczenie Apokryfu pochodzi z tłumaczenia Wessego.
Tekst rozpoczyna się od opisu przez Jana jego własnego stanu smutku i oszołomienia po ukrzyżowaniu Chrystusa. Następnie pojawia się Zbawiciel, przybiera różne formy, a po oddaleniu lęków Jana, przedstawia następującą narrację kosmologiczną.
Najwyższą boską zasadą jest Monada. Monada jest opisana jako „monarchia, która nie ma nic ponad nią”. Jest on najwyższy, absolutny, wieczny, nieskończony, doskonały, święty i samowystarczalny. Podkreśla się jednak również jego transcendentną niewymierność. Nie jest ani policzalny, ani jego cechy nie mogą być nigdy prawdziwie opisane. Monada istnieje w niewyobrażalnej doskonałości.
Monada wytwarza ze swojej myśli żeńską boską istotę lub zasadę o imieniu Barbelo. Jest ona opisana jako „pierwsza myśl” i „obraz” Monady. Podczas gdy Barbelo jest zawsze określana jako „ona”, jest ona również opisywana jako pierwotna matka i ojciec. Jest również uważana za „pierwszego człowieka” i opisywana w różnych kategoriach androgynii. Jest pierwszą z klasy istot określanych jako Aeony, a wymiana pomiędzy nią a Monadą powołuje do życia pozostałe Aeony. Dodatkowo, właściwości Światła i Umysłu rodzą się z refleksji Monady nad Barbelo. Światło jest synonimem Chrystusa, zwanego też „Chrystusem Autogenes”. Światło i Umysł angażują się w dalszą aktywność twórczą, wspomagane i gloryfikujące nadrzędne zasady Barbelo i Monady. Razem powołują do życia kolejne Eony i moce.
W końcu jeden z Aeonów, Sophia „z Epinoia”, zakłóca harmonię tych procesów angażując się w twórczą aktywność bez udziału lub zgody Ducha Monady i bez pomocy męskiego konsorta. Twórcza moc jej myśli wytwarza byt o imieniu Yaltabaoth, który jest pierwszym z serii niekompletnych, demonicznych bytów zwanych Archontami. Yaltabaoth, którego charakter jest złośliwy i arogancki, ma również groteskową postać. Jego głowa jest lwem, a ciało wężem. Zdając sobie sprawę ze zdeformowanej, niedoskonałej natury swego potomka, Sophia próbuje ukryć go gdzieś, gdzie inne Aeony go nie odkryją. Akt ukrywania Yaltabaotha skutkuje tym, że sam Yaltabaoth pozostaje nieświadomy górnego świata i innych Aeonów.
Mimo że Yaltabaoth posiada tylko jednego rodzica i został stworzony bez zgody Ducha Monady, jest wystarczająco potężny, by naśladować procesy twórcze wyższych Aeonów. Stworzył całą masę innych Archontów, z których każdy posiada jego własny, zasadniczo wadliwy charakter, i stworzył dla nich świat do zamieszkania. Ten świat jest zasadniczo gorszy od świata wyższego. Jest stworzony z ciemności, ale ożywiony światłem skradzionym z Sophii. Rezultatem jest świat, który nie jest ani „jasny, ani ciemny”, ale zamiast tego jest „niewyraźny”. W swej arogancji i ignorancji, Yaltabaoth ogłasza się jedynym i zazdrosnym Bogiem tego królestwa.
Uznając niedoskonałość Yaltabaotha i jego fałszywego świata, Sophia żałuje. Przebaczając jej błąd, Duch Monady pomaga innym eonom i potęgom w próbie odkupienia Zofii i jej bękarta. Podczas tego procesu Yaltabaoth i jego Archonci słyszą głos Ducha Monady. Choć są przerażeni tym głosem, jego echo pozostawia ślad w postaci wizerunku Ducha na „wodach”, które tworzą dach ich królestwa. Mając nadzieję na wykorzystanie tej mocy dla siebie, próbują stworzyć kopię tego wizerunku. Efektem końcowym tego procesu jest pierwszy człowiek, Adam.
Rozpoznając okazję do odzyskania światła uwięzionego w ciemności Yaltabaotha i jego świata, Sophia i agenci wyższego porządku, określani różnie jako „plenoria” lub „Epinoia”, a później jako „pleroma”, obmyślają plan. Podstępem nakłaniają Yaltabaotha do wdmuchnięcia w Adama jego własnej duchowej esencji. To jednocześnie ożywia Adama i opróżnia Yaltabaotha z części jego istoty pochodzącej od Sofii.
Widząc świetlistość, inteligencję i ogólną wyższość ożywionego Adama, Yaltabaoth i Archonci żałują swojego stworzenia i robią wszystko, aby go uwięzić lub pozbyć się. Nie udaje im się to, więc próbują go zneutralizować poprzez umieszczenie go w Ogrodzie Eden. W tej narracji, Ogród Eden jest fałszywym rajem, gdzie owocem drzew jest grzech, pożądanie, ignorancja, zamknięcie i śmierć. Podczas gdy dają Adamowi dostęp do Drzewa Życia, ukrywają Drzewo Poznania Dobra i Zła. Zgodnie z tą narracją, Drzewo Wiedzy w rzeczywistości reprezentuje przenikanie pozytywnych sił wyższego świata i Epinoi do królestwa Yaltabaoth.
W tym momencie narracji, Chrystus ujawnia Janowi, że to on spowodował, że Adam spożył owoc z Drzewa Wiedzy. Dodatkowo, zostaje ujawnione, że Ewa jest pomocnikiem wysłanym przez agentów wyższego porządku, aby pomóc uwolnić światło uwięzione w stworzeniu Yaltabaotha i w Adamie. Zostaje ona stworzona, gdy Yaltabaoth próbuje wyciągnąć światło z Adama. Skutkuje to stworzeniem kobiecego ciała. Kiedy Adam ją dostrzega, widzi odbicie swojej własnej istoty i uwalnia się od urzekającej mocy Yaltabaotha.
Narracja opisuje następnie próby Yaltabaotha odzyskania kontroli nad istotą Światła. Jego głównym planem jest zainicjowanie procesu rozmnażania ludzi, dzięki któremu ma on nadzieję stworzyć nowe ludzkie ciała zamieszkane przez fałszywego ducha. Ten fałszywy duch pozwala Yaltabaothowi i jego agentom zwodzić ludzkość, utrzymując ją w niewiedzy o jej prawdziwej naturze, i jest podstawowym środkiem, dzięki któremu Yaltabaoth utrzymuje ludzkość w poddaństwie. Jest źródłem wszelkiego ziemskiego zła i zamętu i powoduje, że ludzie umierają „nie znalazłszy prawdy i nie poznawszy Boga prawdy”.
Po tym objawieniu narracja przybiera formę serii pytań i odpowiedzi między Janem a Zbawicielem. Dotyczą one wielu tematów, ale w dużej mierze mają charakter soteriologiczny. Jan pyta Chrystusa, kto kwalifikuje się do zbawienia, a Chrystus odpowiada, że ci, którzy wejdą w kontakt z prawdziwym Duchem otrzymają zbawienie, podczas gdy ci, którzy są zdominowani przez fałszywego ducha, otrzymają potępienie. W tym kontekście Chrystus ujawnia również swoją rolę jako wyzwalającego agenta wyższej sfery. Chrystus, który określa siebie jako „wspomnienie Pronoia” i „wspomnienie pleromy”, wnosi światło w ciemność więzienia Yaltabaoth. Tutaj budzi więźniów do przytomności i pamięci. Ci, którzy przyjmują i zostają obudzeni przez objawienie Chrystusa, zostają podniesieni i „zapieczętowani (…) w świetle wody pięcioma pieczęciami”. Zostają w ten sposób zachowani od śmierci i potępienia. Ten aspekt roli Chrystusa jest rozwinięty pełniej przez III kodeks Nag Hammadi, natomiast pomija go kodeks berliński.
Na tym kończy się orędzie Chrystusa. Na koniec Zbawiciel stwierdza, że każdy, kto podzieli się tymi objawieniami dla osobistego zysku, zostanie przeklęty. Wersja tekstu z Nag Hammadi Codex III kończy się modlitwą: „Jezus Chrystus, Amen”.