Les triphosphates désoxynucléotidiques (dNTP) sont les éléments constitutifs essentiels des molécules d’acide nucléique et, en tant que tels, sont des composants nécessaires des mélanges PCR car aucun nouvel ADN (amplifié) ne pourrait être généré sans eux. Les quatre désoxynucléotides individuels qui composent une séquence d’ADN (c’est à dire désoxyadénosine triphosphate, dATP ; désoxythymidine triphosphate, dTTP ; désoxycytosine triphosphate, dCTP ; et désoxyguanosine triphosphate, dGTP) sont généralement ajoutés aux mélanges PCR et RT-PCR en quantités équimolaires, bien que si la séquence d’ADN cible à amplifier par PCR comprend principalement du dATP/dTTP (rapport AT) ou principalement du dGTP/dCTP (rapport GC), le rapport molaire des dNTP ajoutés au mélange PCR peut être modifié afin de tenir compte de ce déséquilibre. Les dNTP sont généralement achetés individuellement ou sous forme de mélange (équimolaire) auprès de fournisseurs commerciaux (par exemple Roche, Promega, etc.), et sont chimiquement stables lorsqu’ils sont stockés dans des solutions aqueuses légèrement alcalines à -20°C. Cependant, il faut noter que les dNTP sont naturellement acides en solution ; par conséquent, les solutions de travail et les solutions mères peuvent devoir être neutralisées avec des composés alcalins avant un stockage à long terme. Les solutions de dNTP neutralisées sont normalement ajustées à des solutions mères de 10 mM par spectrophotométrie, ou en ajoutant le volume correct d’eau stérile au produit lyophilisé directement après sa synthèse chimique. Certaines PCR peuvent bénéficier de l’utilisation de dNTP hautement purifiés « PCR-grade » (Roche) qui contiennent moins de 0,9% de déoxynucléotide diphosphates (dNDP), sont purs à >99% et exempts de contaminants tels que les nucléotides modifiés et le tétrapyrophosphate. Ces dNTP de haute pureté (plus chers) peuvent être utiles pour réussir l’amplification de l’ADN par PCR à partir de préparations contenant un très faible nombre de copies de l’ADN cible.
Dans certaines applications et protocoles de PCR, l’un des quatre dNTP peut être remplacé par un dNTP analogue, par exemple l’inosine, la 7-déaza-2′ -désoxyguanosine, ou un dNTP modifié, par exemple un dNTP marqué à la biotine, au fluorophore ou par radioactivité. De telles modifications permettent d’effectuer d’autres applications de traitement post-PCR en aval.